[日本語] English
万見
- PDB-8clf: Z-SolQ2Br bound to tubulin (T2R-TTL) complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8clf
タイトルZ-SolQ2Br bound to tubulin (T2R-TTL) complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin-Tyrosine Ligase
キーワードCELL CYCLE / Drug-tubulin-complex Cell cycle inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton ...positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cilium / protein heterodimerization activity / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-V1O / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wranik, M. / Bertrand, Q. / Kepa, M. / Weinert, T. / Steinmetz, M. / Standfuss, J.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179351 スイス
Swiss National Science Foundation310030_207462 スイス
Swiss National Science Foundation310030_192566 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers.
著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Beale, J.H. / Stubbs, S. / Zamofing, T. / Schneider, M. / Krauskopf, K. / Gao, L. / Thorn-Seshold, O. / Bostedt, C. / Bacellar, C. / Steinmetz, M.O. / Milne, C. / Standfuss, J.
履歴
登録2023年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin-Tyrosine Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,24718
ポリマ－246,2376
非ポリマー3,01112
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21390 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area81550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.650, 160.330, 180.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain


分子量: 48966.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 48391.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4


分子量: 14336.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Tubulin-Tyrosine Ligase


分子量: 37184.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 42分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-V1O / 5-[[4-(2-bromoethyl)-3,5-dimethoxy-phenyl]diazenyl]-2-methoxy-phenol


分子量: 395.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19BrN2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: 6% PEG4000 (w/v), 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→15.35 Å / Num. obs: 95765 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 381.3 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 6.13
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 9439 / CC1/2: 0.25
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: Hydroxyethylcellulose / 解説: High-viscosity injection / Injector diameter: 75 µm

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4487精密化
CrystFEL0.8.0データ削減
CrystFEL0.8.0データスケーリング
PHENIX1.20_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→15.35 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 1481 1.74 %
Rwork0.168 --
obs0.1689 85178 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17237 0 181 30 17448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2522564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.790.37411330.30777534X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.890.35531340.29857540X-RAY DIFFRACTION100
2.89-30.33131330.26497534X-RAY DIFFRACTION100
3-3.140.34161340.25477558X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.30.25391330.20687530X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.50.25731340.17657597X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.770.22171340.15427583X-RAY DIFFRACTION100
3.77-4.140.20091350.13937601X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.730.17291350.12287662X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.90.1631370.14567716X-RAY DIFFRACTION100
5.9-15.350.19291390.15417842X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58680.1343-0.07663.33340.60222.54380.05840.06730.2094-0.20660.228-0.3539-0.49360.2887-0.27680.5704-0.04610.0760.5817-0.15830.613729.345687.673955.9811
22.13382.13220.17662.98711.17147.16620.3114-0.03670.42760.21-0.0151.1922-0.7411-0.7109-0.22670.51330.07810.17060.5988-0.11380.77849.762986.501671.82
31.7984-1.0513-0.83335.49172.18034.1428-0.0347-0.03810.03280.81410.13450.13640.19040.212-0.10.43950.0219-0.00340.5121-0.13320.550423.559478.779270.1417
42.5491-0.6023-0.35792.60990.68522.92480.07010.1290.2279-0.3767-0.09620.0083-0.4383-0.13510.01270.47620.02430.01140.4935-0.10760.475619.393861.639121.7921
55.5537-0.28130.14825.40110.12332.45330.09410.1557-0.2013-0.2402-0.05320.7156-0.1243-0.5791-0.05760.5110.02740.03610.6948-0.23010.51858.952860.725538.2614
61.307-0.66740.50773.24192.21014.3501-0.1066-0.2520.13680.51650.04270.05740.3156-0.35660.09160.3746-0.09050.07270.5252-0.04710.489515.450852.039738.1112
71.73490.0012-0.20152.3604-0.17621.55790.00290.19630.1701-0.2011-0.00350.0825-0.1760.00060.00610.4499-0.03780.01370.4772-0.03110.416416.943633.1498-9.911
81.4011-0.43480.03421.90220.76331.745-0.0952-0.11240.05040.1862-0.03880.10660.1649-0.20530.13790.3815-0.0710.02260.418-0.04620.39928.387825.38895.3858
94.0078-0.7599-0.05873.38330.55383.4582-0.1590.58610.2513-0.79490.08110.011-0.1961-0.26240.00970.9153-0.1468-0.02460.947-0.00850.482115.682212.7832-41.7174
102.0143-0.391-0.02482.70430.09772.3923-0.37751.0202-0.2561-1.01890.3363-0.53880.41840.3427-0.07131.1168-0.21860.26751.2105-0.30320.703529.67330.8703-46.5275
113.12730.6238-0.08492.0863-0.84232.4452-0.1370.3709-0.4511-0.43430.2352-0.39550.33660.4526-0.00780.7558-0.08210.14950.7844-0.26710.590327.2876-0.1734-34.1684
122.85690.1143-0.07882.368-0.08632.7111-0.13790.5159-0.3798-0.48220.04320.04870.5459-0.3861-0.00721.0167-0.18690.11660.8107-0.27260.663215.4994-9.255-34.2332
132.08880.61491.86072.4654-2.03665.7006-0.30.3650.09150.07990.3873-0.098-0.322-0.0521-0.16010.5434-0.06090.13930.5907-0.15850.587817.03585.3898-23.4267
142.9351-1.1785-1.67814.35291.68681.52920.2980.8332-0.8069-1.0859-0.35740.72390.2001-0.44270.13850.9951-0.1935-0.03260.948-0.25350.876-0.0174-5.3368-26.2515
153.6593-1.2124-0.37133.60610.32172.4744-0.30480.3715-0.2544-0.0060.14190.15210.3215-0.35780.10120.5258-0.18870.04160.4915-0.10310.4589.4169-2.2146-20.9943
164.5949-1.6283-1.02384.03590.32652.6486-0.2096-0.0264-0.9092-0.12370.1756-0.31330.8770.6999-0.22590.82660.00140.05080.6901-0.27290.895130.4205-15.9435-23.7862
173.97590.28241.12925.6635-0.78653.52990.1875-0.52140.35430.7282-0.4738-0.1833-0.38560.37660.21110.8762-0.0654-0.0820.867-0.10170.73928.562294.34882.2109
180.2316-0.0907-0.27066.20916.39466.6481-0.15680.016-0.00640.44920.3508-0.14620.55970.6194-0.35340.68480.0720.07430.8323-0.18710.820743.123729.87314.8171
196.49481.3442-1.14446.20850.70747.6786-0.4050.4051-0.8135-0.31160.3442-0.0651.5685-0.31340.08491.0574-0.08940.15590.6731-0.14180.6986.577256.452769.7073
204.24280.955-0.54123.2219-1.28645.1446-0.1577-0.8691-0.75450.5265-0.1398-0.54990.68610.87040.20040.91720.25540.08550.75110.13410.729510.159859.7838100.9887
210.50320.9359-0.681.8318-1.6152.0665-0.41420.0903-1.41450.14230.1359-1.16791.91830.91470.49822.14530.33460.2221.31290.18822.0345.162741.1002103.9036
222.80930.2856-2.16611.7855-0.53084.4959-0.49220.1645-0.44410.2180.37070.21090.8803-0.36960.04480.8719-0.0050.13270.48660.04460.6697-3.39659.089390.9927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 273 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 274 through 311 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 312 through 439 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 243 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 244 through 311 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 312 through 438 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 259 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 260 through 440 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 64 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 65 through 127 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 128 through 180 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 181 through 238 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 239 through 273 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 274 through 311 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 312 through 401 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 402 through 441 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 6 through 46 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 47 through 141 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 1 through 66 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 67 through 223 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 224 through 257 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 258 through 378 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る