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万見
- PDB-8cl8: Krokinobacter eikastus rhodopsin 2 (KR2) extrapolated map 1us aft... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cl8
タイトルKrokinobacter eikastus rhodopsin 2 (KR2) extrapolated map 1us after light activation
要素Sodium pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / KR2 / Light driven sodium pump / Sodium Pump / Photoactivation / Photocycle
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / EICOSANE / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin
機能・相同性情報
生物種Dokdonia eikasta (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bertrand, Q. / Kepa, M.W. / Weinert, T. / Wranik, M. / Standfuss, J.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179351 スイス
Swiss National Science Foundation310030_207462 スイス
Swiss National Science Foundation310030_192566 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers.
著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Beale, J.H. / Stubbs, S. / Zamofing, T. / Schneider, M. / Krauskopf, K. / Gao, L. / Thorn-Seshold, O. / Bostedt, C. / Bacellar, C. / Steinmetz, M.O. / Milne, C. / Standfuss, J.
履歴
登録2023年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,12927
ポリマ－29,7811
非ポリマー7,34826
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint89 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.460, 84.890, 234.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Sodium pumping rhodopsin


分子量: 29780.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: N0DKS8
#2: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 200 mM Sodium acetate pH 4.4 150 mM Magnesium Chloride 34 % PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.028919 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.028919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→15.1 Å / Num. obs: 26536 / % possible obs: 60.4 % / 冗長度: 400.15 % / CC1/2: 0.966 / Net I/σ(I): 6.18
反射 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 172 / CC1/2: 0.315 / % possible all: 3.98
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
CrystFEL0.9.1データ削減
CrystFEL0.9.1データスケーリング
PHASER1.20_4459位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→14.83 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 42.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3583 780 4.96 %
Rwork0.3267 --
obs0.3284 15718 93.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 0 216 62 2376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9253134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.944879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.022372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.550.44221250.41372415X-RAY DIFFRACTION92
2.55-2.750.49511280.38612427X-RAY DIFFRACTION93
2.75-3.020.39711270.35032465X-RAY DIFFRACTION94
3.02-3.450.36071330.31822483X-RAY DIFFRACTION95
3.45-4.330.29951310.28712513X-RAY DIFFRACTION95
4.33-14.830.3181360.30962635X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1586-0.2084-0.22341.32410.26981.6285-0.04480.42110.1125-0.3804-0.09080.1807-0.0688-0.30830.06020.4001-0.0641-0.01910.2980.00550.173557.4154116.9607258.564
21.2516-0.49320.6821.60430.40051.01840.06870.426-0.0048-0.5651-0.03760.072-0.29530.32050.01950.1478-0.1005-0.04770.21570.0490.211466.265111.0542267.932
32.27240.0072-0.00781.4535-0.21692.36950.01990.3078-0.1563-0.4245-0.06090.06090.64750.11270.02380.2635-0.0027-0.00450.1106-0.00440.212263.727101.0724270.376
42.4646-0.02680.42962.21430.29971.774-0.10860.3377-0.2235-0.54930.03920.2216-0.0687-0.31420.16410.1975-0.0494-0.00730.2264-0.01310.161954.4323108.0665265.2342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 97 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 98 through 134 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 228 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 229 through 271 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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