PDB-8cl7: Krokinobacter eikastus rhodopsin 2 (KR2) in dark state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cl7

タイトル

Krokinobacter eikastus rhodopsin 2 (KR2) in dark state

要素

Sodium pumping rhodopsin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / KR2 / Light driven sodium pump / Sodium Pump / Photoactivation / Photocycle

機能・相同性

Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / EICOSANE / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin

機能・相同性情報

生物種

Dokdonia eikasta (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Bertrand, Q. / Wranik, M. / Kepa, M.W. / Weinert, T. / Standfuss, J.

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers.
著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...

履歴

登録	2023年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cl7.cif.gz	189 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cl7.ent.gz	155.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cl7_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cl7_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	8cl7_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	8cl7_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8cl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8cl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cl5C 8cl6C 8cl8C 8cl9C 8clbC 8clcC 8cldC 8cleC 8clfC 8clgC 8clhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (4) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (4) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (4)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (4)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sodium pumping rhodopsin

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.460, 84.890, 234.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- LFA
2	1	A-437- HOH
3	1	A-486- HOH
4	1	A-501- HOH

#1: タンパク質	Sodium pumping rhodopsin 分子量: 29894.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: N0DKS8
#2: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL 分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT 分子量: 282.547 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 200 mM Sodium acetate pH 4.4 150 mM Magnesium Chloride 34 % PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.028919 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.028919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→15.976 Å / Num. obs: 28894 / % possible obs: 65.7 % / 冗長度: 960.89 % / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 8.17
反射シェル	解像度: 1.76→1.83 Å / 冗長度: 234.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 370 / CC_1/2: 0.483
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
CrystFEL	0.9.1	データ削減
CrystFEL	0.9.1	データスケーリング
PHASER	1.20_4459	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→15.97 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1845	2000	6.97 %
R_work	0.1553	-	-
obs	0.1573	28709	68.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→15.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2307	0	0	109	2416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2429
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.166	3239
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.678	904
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.8	0.2624	23	0.2379	309	X-RAY DIFFRACTION	11
1.8-1.85	0.3446	34	0.2477	448	X-RAY DIFFRACTION	17
1.85-1.91	0.1687	46	0.2189	622	X-RAY DIFFRACTION	23
1.91-1.97	0.2837	62	0.229	834	X-RAY DIFFRACTION	30
1.97-2.04	0.2119	88	0.2206	1164	X-RAY DIFFRACTION	43
2.04-2.12	0.2361	119	0.198	1588	X-RAY DIFFRACTION	58
2.12-2.22	0.2484	159	0.1792	2136	X-RAY DIFFRACTION	78
2.22-2.33	0.2279	203	0.1735	2701	X-RAY DIFFRACTION	98
2.33-2.48	0.1844	207	0.148	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.67	0.1717	206	0.1412	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.94	0.1467	209	0.1305	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.36	0.152	210	0.141	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-4.22	0.1603	212	0.1321	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-15.97	0.2018	222	0.17	2951	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3452	-2.9294	-0.6897	2.348	-1.0576	6.3474	-0.058	0.5954	-0.596	-0.4601	-0.1328	0.2669	0.6561	-0.2552	0.2187	0.6948	-0.0835	0.0029	0.418	-0.0788	0.221	58.7223	105.6621	243.2312
2	1.7359	0.4044	0.8158	3.1211	1.7821	5.5775	-0.1048	0.3685	0.188	-0.4991	-0.0203	0.2367	-0.5836	-0.488	0.1682	0.2289	-0.0307	-0.046	0.2431	0.0338	0.1938	52.9274	119.3329	260.3858
3	5.7741	-4.4661	5.9605	5.7238	-4.7961	6.1803	-0.6742	-0.1902	0.2222	-0.25	0.2682	-0.2978	-0.8544	-0.8957	0.485	0.3944	0.0341	0.0279	0.259	-0.0387	0.3121	56.9868	124.5185	285.6795
4	1.4359	0.1762	0.4902	1.4329	0.4883	5.8793	-0.0586	0.4406	-0.0131	-0.4636	0.066	0.0408	-0.4007	0.0665	0.0381	0.3024	-0.0469	-0.0311	0.2086	0.0112	0.183	59.5986	117.7987	257.573
5	2.9458	-0.214	-0.496	3.4023	-3.5466	3.8734	-0.2976	0.2889	0.104	-0.2934	0.0121	-0.118	-0.8976	1.5799	0.3072	0.6729	-0.0631	0.0333	0.6218	-0.0236	0.213	65.4419	113.7348	245.6884
6	0.5128	-0.1929	0.9235	0.9812	-1.0866	7.8715	-0.0303	0.087	-0.0782	-0.1401	-0.0522	-0.0622	0.0461	0.4174	0.1035	0.0947	-0.0175	0.0198	0.1656	0.0197	0.2057	66.3894	110.2772	274.5351
7	1.5971	0.4146	0.6158	1.8379	2.0344	5.1928	-0.0608	0.2314	-0.1732	-0.4834	0.0662	-0.3747	0.3455	1.2527	-0.226	0.3424	0.0954	0.0926	0.3199	-0.0044	0.2787	71.5273	102.8764	266.477
8	2.4796	-0.706	-1.6673	1.6439	1.7418	4.8753	-0.0243	0.2317	-0.4473	-0.4129	-0.0762	-0.1172	1.027	0.1112	0.1837	0.4559	0.0278	0.0436	0.177	-0.0195	0.3207	65.2982	97.1532	271.3945
9	1.3855	-0.0468	-1.5538	1.1288	-0.4924	4.5241	-0.1261	0.0148	-0.304	-0.2179	0.0467	0.2113	0.6579	-0.3805	0.2388	0.1795	-0.0962	-0.0086	0.1642	0.0401	0.2442	55.055	104.0774	277.2404
10	7.5961	2.5227	6.6966	5.0619	1.1514	7.5879	-0.1098	1.1054	-0.7063	-0.7186	-0.1784	0.3154	0.647	0.1408	0.087	0.9878	-0.1628	-0.0268	0.5533	-0.2102	0.416	54.565	96.2839	249.8997
11	2.5909	0.1155	1.5152	2.9761	1.2038	4.7773	-0.1413	-0.0096	-0.0026	-0.1988	0.0033	0.2317	0.1612	-0.5279	0.2229	0.1033	-0.061	-0.0097	0.1374	0.0148	0.1965	53.9443	111.465	270.818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 54 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 98 through 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 107 through 134 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 135 through 163 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 164 through 193 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 194 through 222 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 223 through 236 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 237 through 272 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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