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万見
- PDB-8cl5: Lysozyme in matrix of lipidic cubic phase of monoolein (LCP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cl5
タイトルLysozyme in matrix of lipidic cubic phase of monoolein (LCP)
要素LYSOZYME, Chain A
キーワードHYDROLASE / lysozyme / lysozyme activity / catalytic activity / hydrolase activity
生物種Asplenium bulbiferum subsp. bulbiferum (植物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Bertrand, Q. / Kepa, M.W. / Weinert, T. / Wranik, M. / Standfuss, J.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179351 スイス
Swiss National Science Foundation310030_207462 スイス
Swiss National Science Foundation310030_192566 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers.
著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Beale, J.H. / Stubbs, S. / Zamofing, T. / Schneider, M. / Krauskopf, K. / Gao, L. / Thorn-Seshold, O. / Bostedt, C. / Bacellar, C. / Steinmetz, M.O. / Milne, C. / Standfuss, J.
履歴
登録2023年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME, Chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7487
ポリマ－14,3311
非ポリマー4176
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area6410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.920, 77.920, 37.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

HOH

21A-334-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LYSOZYME, Chain A


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Asplenium bulbiferum subsp. bulbiferum (植物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 120分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 3
詳細: 25 mg/mL, 100 mM sodium acetate, lysozyme solution added to 28% (w/v) sodium chloride, 8% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→14.995 Å / Num. obs: 26527 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 423.46 % / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 7.31
反射 シェル解像度: 1.31→1.36 Å / Num. unique obs: 1466 / CC1/2: 0.204 / % possible all: 98.59
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
CrystFEL0.9.1データ削減
CrystFEL0.9.1データスケーリング
PHASER1.20_4459位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→14.47 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1479 1999 7.54 %
Rwork0.1246 --
obs0.1264 26527 92.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→14.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 16 114 1131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.349476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.108166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.31-1.340.3714260.4185320X-RAY DIFFRACTION17
1.34-1.370.31961170.30521435X-RAY DIFFRACTION77
1.37-1.410.29411490.21111824X-RAY DIFFRACTION98
1.41-1.460.19051500.14561846X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.510.14681520.111869X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.570.13441550.10381886X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.640.14771520.10591871X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.730.13491540.09821891X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.840.1371530.09781876X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.980.1121540.09881903X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.180.13861540.10371886X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.490.1421580.11551925X-RAY DIFFRACTION100
2.49-3.140.13881590.13371951X-RAY DIFFRACTION100
3.14-14.470.15311660.13412045X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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