PDB-8ckr: Crystal structure of an 8-repeat consensus TPR superhelix with in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ckr

タイトル

Crystal structure of an 8-repeat consensus TPR superhelix with in Hepes with Ca

要素

Consensus tetratricopeptide repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / CTPR / polymorphism / metal coordination.

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Liutkus, M. / Rojas, A.L. / Cortajarena, A.L.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Diverse crystalline protein scaffolds through metal-dependent polymorphism.
著者: Liutkus, M. / Sasselli, I.R. / Rojas, A.L. / Cortajarena, A.L.

履歴

登録	2023年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ckr.cif.gz	49.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ckr.ent.gz	32.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ckr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ckr_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ckr_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	8ckr_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	8ckr_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/8ckr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/8ckr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bu0C 8ch0C 8chyC 8cigC 8cmqC 8cp8C 8cqpC 8cqqC 8ot7C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Consensus tetratricopeptide repeat protein

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.317, 68.317, 72.335
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-428- HOH
2	1	A-479- HOH

#1: タンパク質	Consensus tetratricopeptide repeat protein 分子量: 34186.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 20mM CaCl2 100 mM Hepes 30% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→59.17 Å / Num. obs: 48472 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 729150
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Num. measured all: 101260 / Num. unique obs: 6993 / CC_1/2: 0.438 / R_pim(I) all: 0.605 / R_rim(I) all: 2.322 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
SCALA	7.0.078	データスケーリング
MOSFLM	7.2.2	データ削減
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→59.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.001 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19866	2472	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1868	-	-	-
obs	0.18741	45944	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.941 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.3→59.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1148	0	22	94	1264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.662	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.652	1.582	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.636	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.93	24.512	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.818	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.403	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.883	2.418	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.863	2.416	546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.679	3.624	683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.69	3.627	684
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.688	2.861	668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.685	2.865	669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.586	4.158	973
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.758	28.074	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.76	28.105	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	151	-
R_work	0.378	3384	-
obs	-	-	99.92 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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