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- PDB-8ckm: Semaphorin-5A TSR 3-4 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ckm
タイトルSemaphorin-5A TSR 3-4 domains
要素Semaphorin-5A
キーワードSIGNALING PROTEIN / semaphorin / cell signalling / axon guidance cue / glycosaminoglycan binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


signal clustering / diencephalon development / chondroitin sulfate proteoglycan binding / semaphorin receptor binding / positive regulation of actin filament depolymerization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Other semaphorin interactions / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / syndecan binding ...signal clustering / diencephalon development / chondroitin sulfate proteoglycan binding / semaphorin receptor binding / positive regulation of actin filament depolymerization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Other semaphorin interactions / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / syndecan binding / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / chemorepellent activity / negative regulation of cell adhesion / axon extension / heparan sulfate proteoglycan binding / axonal fasciculation / neural crest cell migration / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of endothelial cell proliferation / cell chemotaxis / axon guidance / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell signaling / nervous system development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / positive regulation of cell migration / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin-5A, sema domain / Semaphorin / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Thrombospondin type 1 domain ...Semaphorin-5A, sema domain / Semaphorin / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Nagy, G.N. / Duman, R. / Harlos, K. / El Omari, K. / Wagner, A. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T000503/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Semaphorin-5A TSR 3-4 domains
著者: Nagy, G.N. / Duman, R. / Harlos, K. / El Omari, K. / Wagner, A. / Jones, E.Y.
履歴
登録2023年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin-5A
B: Semaphorin-5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1092
ポリマ－28,1092
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, S-SAD was used for phasing an isomorphous crystal structure providing experimental evidence of sulfur atoms in Cys and Met residues
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)104.110, 27.650, 92.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Semaphorin-5A / Semaphorin-F / Sema F


分子量: 14054.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal 'ET' peptide and C-terminal 'GTLEVLFQ' peptides are recombinant additions encoded by the expression vector
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEMA5A, SEMAF / プラスミド: pHL-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13591

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 38 % PEG 200, 0.1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→51.41 Å / Num. obs: 7316 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 73.79 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.72→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 5.129 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 382 / CC1/2: 0.467 / Rpim(I) all: 3.725 / Rrim(I) all: 6.373

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5data processing
PHENIX1.19rc5_4047精密化
Coot0.9.6モデル構築
XDS20200417データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→51.4 Å / SU ML: 0.514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 46.7273
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3311 334 4.64 %
Rwork0.2878 6858 -
obs0.29 7192 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 146.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→51.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1571 0 0 0 1571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00251615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5062203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9383573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-3.430.44911570.43243329X-RAY DIFFRACTION96.43
3.43-51.40.30951770.26093529X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.170233344961.681573416640.5778661731691.401052185610.5757924890481.35268220083-1.787596350981.007406276350.672664311955-1.439920363164.581015746393.33271304912-3.13121625229-0.0242804537818-1.179793994662.104114592890.5615712972710.3783569246962.56448282411-0.4600447554031.5846845901514.615-23.61551.257
25.00089605728-0.4732424633430.61660924564.29990156294.665632702638.54167181968-0.644935971905-1.30192043601-0.0575648798594-0.3182024250391.15852584970.1404561147710.8811299459330.12763154484-1.182739313051.766746889940.450613699454-0.1427729607441.864010803390.01410457469751.101623365769.36-20.95157.408
36.057738459090.5069605687620.3928946343993.715487389874.149825189354.603060573770.023960437953-0.1856668662990.775388011467-0.06603697081-1.042832954530.231221610911-0.218056769628-0.7627581434610.6665995201390.7788285201550.06512177388110.05855197024211.167018142320.125981736851.263805745612.46110.75993.998
49.14966770846-2.95791598439-0.9444447621193.789208650034.466913808176.6292651368-2.33151462681.22968342119-0.251514254568-0.5949954942172.106603111452.49053135419-1.29554741934.780081933550.5686035303310.8283356097350.002382036299340.05308593805921.740286866630.4709175022351.336198336393.596-0.78285.68
56.38882101835-1.47755015374-0.1206871659324.239489133597.173604159753.921505755990.3158638860032.437659371620.5141125573790.268934034715-0.7256597748750.3230389755260.267723288816-2.06509747847-0.4271628934960.9321051082890.2571226459260.0889519549010.9264635034210.2574367707080.91372200174-5.1846.07884.223
61.918351201840.4817682850750.5038225997613.233934704030.5005672193046.43620230918-0.537099928266-0.829922937122-0.82077029121.30241333549-1.564539069333.409182691291.22535743411-1.286268105812.69110865032.019231097550.0436104618770.3314966097451.20232976973-0.1245110418331.49943085026-5.622-33.67954.011
70.466229231103-2.13833266350.192434691740.4706034989820.563024861142-0.3016760418680.4800944423660.197278729368-0.362325942859-0.2816239422160.190151293063-1.171849788741.052300497741.15491000147-0.08453226392012.173221227830.3829867373070.05756250920531.33054136776-0.02400288737271.16566814771-2.089-25.23458.319
88.04264794624-1.29544013959-0.8751069867676.195471622-0.248210404365.5386607164-0.271650433298-0.1573347794031.949284344910.457524620574-0.2990843029520.154338786923-0.1726336943330.844389056302-0.2234217811730.680464444398-0.02568491085740.106255997240.950393406090.193272969791.65649123994-9.1578.01193.985
92.66577561915-0.485597618830.6404938691926.068927470214.051877354498.844284227890.04260753028230.5734065704530.457296573452-0.0101895841289-0.1905781914630.146352877010.796634327790.1612688220650.3542735385260.8984810193670.09385799814460.22045304381.456307835550.3525199448240.987562051675-1.042-0.1586.124
100.5907867104280.8251910553171.809778465693.5841278717-1.226817461741.91542734505-0.941704911749-1.420060574733.464147139042.14513514469-3.306267383432.6355335634-5.775239125670.633161120982-0.384519145362.18360160923-0.324685503753-0.5080923294131.35004512356-0.5356431937543.425403020315.45523.202104.492
114.45100557161-1.86196423447-4.33860713353.164430428910.4757528132224.82262937462-0.253326372114-0.818006279842-0.593879857578-1.381992972391.05770213728-1.212606720610.5509113618961.17930826614-0.2156369431821.038390969610.0730447065443-0.03701509337041.60650972272-0.0583798162681.186344383689.87836.878100.765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 656:663 )A656 - 663
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 664:702 )A664 - 702
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 703:729 )A703 - 729
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 730:736 )A730 - 736
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 737:755 )A737 - 755
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 655:663 )B655 - 663
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 664:702 )B664 - 702
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 703:728 )B703 - 728
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 729:752 )B729 - 752
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 753:764 )B753 - 764
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 765:772 )B765 - 772

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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