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- PDB-8ckk: Semaphorin-5A TSR 3-4 domains in complex with nitrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ckk
タイトルSemaphorin-5A TSR 3-4 domains in complex with nitrate
要素Semaphorin-5A
キーワードSIGNALING PROTEIN / semaphorin / cell signalling / axon guidance cue / glycosaminoglycan binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


signal clustering / diencephalon development / chondroitin sulfate proteoglycan binding / positive regulation of actin filament depolymerization / semaphorin receptor binding / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / Other semaphorin interactions / syndecan binding ...signal clustering / diencephalon development / chondroitin sulfate proteoglycan binding / positive regulation of actin filament depolymerization / semaphorin receptor binding / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / Other semaphorin interactions / syndecan binding / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / negative regulation of cell adhesion / chemorepellent activity / heparan sulfate proteoglycan binding / axon extension / axonal fasciculation / neural crest cell migration / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of endothelial cell proliferation / axon guidance / cell chemotaxis / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nervous system development / cell-cell signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / positive regulation of cell migration / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin-5A, sema domain / SEMA5B-like, TSP-1 type 1 / Semaphorin / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. ...Semaphorin-5A, sema domain / SEMA5B-like, TSP-1 type 1 / Semaphorin / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / NITRATE ION / Semaphorin-5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Nagy, G.N. / Duman, R. / Harlos, K. / El Omari, K. / Wagner, A. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T000503/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure and function of Semaphorin-5A glycosaminoglycan interactions.
著者: Nagy, G.N. / Zhao, X.F. / Karlsson, R. / Wang, K. / Duman, R. / Harlos, K. / El Omari, K. / Wagner, A. / Clausen, H. / Miller, R.L. / Giger, R.J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2023年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin-5A
B: Semaphorin-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,88423
ポリマ－28,1092
非ポリマー1,77521
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, S-SAD was used for phasing this crystal structure, providing experimental evidence for the position of sulfur atoms of Cys and Met residues.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.894, 68.347, 85.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Semaphorin-5A / Semaphorin-F / Sema F


分子量: 14054.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal 'ET' peptide and C-terminal 'GTLEVLFQ' peptides are recombinant additions encoded by the expression vector.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEMA5A, SEMAF / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13591
#2: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane, 6 M ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.557→53.39 Å / Num. obs: 24530 / % possible obs: 55.4 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 22.67 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.557→1.768 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 1.564 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1226 / CC1/2: 0.624 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 1.633 / % possible all: 8.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5data processing
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.6モデル構築
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→42.75 Å / SU ML: 0.1976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 1194 4.87 %
Rwork0.1966 23334 -
obs0.1981 24526 55.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→42.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1808 0 112 169 2089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00241967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62922660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2727711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.620.589470.3437144X-RAY DIFFRACTION3.11
1.62-1.690.3836200.3228365X-RAY DIFFRACTION8
1.69-1.780.3124470.2842814X-RAY DIFFRACTION17.68
1.78-1.890.2668730.25851406X-RAY DIFFRACTION30.37
1.89-2.040.25831110.23882427X-RAY DIFFRACTION51.79
2.04-2.250.27632090.22693897X-RAY DIFFRACTION84.14
2.25-2.570.27092160.22754639X-RAY DIFFRACTION98.6
2.57-3.240.24282610.20234717X-RAY DIFFRACTION99.94
3.24-42.750.19142500.16694925X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22424270158-1.050901529010.09213392072314.07098284168-2.855047797822.913196500220.03319560103050.0933901716630.0765465174073-0.4162692705210.1128968958470.1493946264270.17844383198-0.045149911832-0.06251260590080.235665185474-0.0370732885249-0.06525954163560.134741354135-0.003352463540710.1425703473443.6856262710936.597228209865.1143625678
20.1524377148360.478111246127-0.5642472472019.22172796697-2.185487074230.1637900416090.0352989513255-0.003459281627410.02965287105190.148708012546-0.04834935141090.116849501523-0.08858404757430.04450181449670.01056080257030.248621026678-0.0475034344409-0.09888470114940.1811889630680.03073065793040.1179700471894.9053562527225.25863350470.5963818389
30.9970709495962.15689832839-0.3275957024685.133732906011.301543748587.60262002103-0.213258973314-1.76498869892-1.249738313330.910653215753-0.128271167908-0.3443184470571.43877755615-0.04262287517920.2329797333270.352669602016-0.007498810847890.1186701852850.4087215755140.3036837140630.5126949303832.54725456995-25.534288752388.3111959387
41.319823431152.14968087652-0.7170042792177.05528736577-3.246855846582.67960128292-0.0702107970945-0.0344329767277-0.176856916618-0.0392033822253-0.147057215018-0.345904474711-0.179334275326-0.02904963014920.187137786840.1234230218880.01636196028960.003452411087790.153597892910.02025832765470.1294145978051.81145903367-4.8711717374680.1467627901
54.48151554313-3.230782741951.312368976767.01281589347-0.6640539107162.051732103530.127269682085-0.418283101801-0.2354552111970.27690610373-0.151518883592-0.3564858581150.4514815140540.2775189310710.1099339431940.121377766638-0.0365805976679-0.0527433138140.2145324585170.07209605656870.21335139839915.7780738575-15.187327429187.2987747357
61.933454588351.6317185107-0.6264252499668.783861625150.1098024057671.71669651527-0.0139020920938-0.0114885396765-0.1641874285380.589042518060.253076303403-0.8640541599380.1741431405690.0830009952327-0.1784614266470.2132854055470.00814650835828-0.09701993670950.164935322344-0.02385358424580.2487359162318.444751676339.222515855275.541011002
70.2689929190510.593263802647-0.3616215167373.495957536510.3013314384811.21550755244-0.03061029188380.115238847836-0.0378594690995-0.3196203637630.1096668194140.1732443032760.0532399260401-0.121126123026-0.04196129233190.214245906555-0.0245833365186-0.06884164277050.2166777849010.01442108299540.26422799438615.908730489745.816906734272.8133289114
81.32278281362-0.0657897281079-0.5687943463643.48892832946-0.737385166621.650651723-0.229720842348-0.2029448446670.335369340571-0.5542246190830.262425057526-0.53077253905-0.110765442945-0.0698747570854-0.01573750935580.2186174308740.017621578006-0.02099256800040.1640973667050.02170698155560.28947829275813.60684748034.8889997617281.0182859902
96.361066248230.220628868989-0.1816144249840.0518365635357-0.5164188269756.050519217570.1799574703740.524977021034-1.40453925153-0.335880901787-0.0516938087681-0.05078556489031.97303821125-0.373683951080.1580126822930.5842217928090.0208734972314-0.1100730659240.3915321617820.2191538213830.58496072093910.5378491203-25.803702373989.2501843388
101.59106562068-0.8703625702060.5885108244173.03757197229-0.5159703110751.57718523116-0.0693234047747-0.1817396848230.1050375455720.2237631202820.0554234559236-0.275656622186-0.284190651747-0.05344487026160.04463875883740.161183319026-0.00975520151845-0.01740793923590.1780117984910.05853719865680.21433369006711.4027344522-4.656275405883.9920476539
112.241220327941.906882362460.6797147561063.058248307630.06698643319640.6885357727640.127472885516-0.1416283682740.3215591304480.654003565046-0.07720644156570.530012503254-0.178175393659-0.0226714754833-0.02556307786190.1939736657420.03981008373760.103342542220.191520895870.03783465118120.223266074526-0.574428294274-5.4879129243785.0886444837
123.51821287127-1.26743764169-2.350531565878.640393618321.09240583331.73746517960.1408864356430.325905973044-0.374510952555-0.5786771153160.08135764768580.9336664135271.068558296970.0236188798731-0.1450989764360.4719233960210.0244482425368-0.09142136703620.300598293443-0.06486174208440.216917338210.551886833863-31.438255720181.0865144187
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 651 through 677 )AA651 - 6771 - 27
22chain 'A' and (resid 678 through 712 )AA678 - 71228 - 62
33chain 'A' and (resid 713 through 722 )AA713 - 72263 - 72
44chain 'A' and (resid 723 through 742 )AA723 - 74273 - 92
55chain 'A' and (resid 743 through 763 )AA743 - 76393 - 113
66chain 'B' and (resid 652 through 677 )BB652 - 6771 - 26
77chain 'B' and (resid 678 through 696 )BB678 - 69627 - 45
88chain 'B' and (resid 697 through 712 )BB697 - 71246 - 61
99chain 'B' and (resid 713 through 722 )BB713 - 72262 - 71
1010chain 'B' and (resid 723 through 742 )BB723 - 74272 - 91
1111chain 'B' and (resid 743 through 752 )BB743 - 75292 - 101
1212chain 'B' and (resid 753 through 772 )BB753 - 772102 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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