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- PDB-8ckg: Semaphorin-5A TSR 3-4 domains in complex with sulfate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ckg
タイトルSemaphorin-5A TSR 3-4 domains in complex with sulfate
要素Semaphorin-5A
キーワードSIGNALING PROTEIN / semaphorin / cell signalling / axon guidance cue / glycosaminoglycan binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


signal clustering / diencephalon development / chondroitin sulfate proteoglycan binding / positive regulation of actin filament depolymerization / semaphorin receptor binding / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / Other semaphorin interactions / syndecan binding ...signal clustering / diencephalon development / chondroitin sulfate proteoglycan binding / positive regulation of actin filament depolymerization / semaphorin receptor binding / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / Other semaphorin interactions / syndecan binding / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / negative regulation of cell adhesion / chemorepellent activity / heparan sulfate proteoglycan binding / axon extension / axonal fasciculation / neural crest cell migration / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of endothelial cell proliferation / axon guidance / cell chemotaxis / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nervous system development / cell-cell signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / positive regulation of cell migration / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin-5A, sema domain / SEMA5B-like, TSP-1 type 1 / Semaphorin / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. ...Semaphorin-5A, sema domain / SEMA5B-like, TSP-1 type 1 / Semaphorin / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Semaphorin-5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.714 Å
データ登録者Nagy, G.N. / Duman, R. / Harlos, K. / El Omari, K. / Wagner, A. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T000503/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure and function of Semaphorin-5A glycosaminoglycan interactions.
著者: Nagy, G.N. / Zhao, X.F. / Karlsson, R. / Wang, K. / Duman, R. / Harlos, K. / El Omari, K. / Wagner, A. / Clausen, H. / Miller, R.L. / Giger, R.J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2023年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin-5A
B: Semaphorin-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0228
ポリマ－28,1092
非ポリマー9136
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, S-SAD was used for phasing, providing experimental evidence for the position of sulfur atoms within Cys and Met residues, and the location of the intermolecular disulfides.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area13540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)105.081, 29.286, 90.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-942-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Semaphorin-5A / Semaphorin-F / Sema F


分子量: 14054.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEMA5A, SEMAF / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13591
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4349.5
22.4349.5
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.530% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.530% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
2502N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I2410.9686
シンクロトロンDiamond I2322.7552
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2020年1月26日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2020年3月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96861
22.75521
反射

Entry-ID: 8CKG

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)Rrim(I) all
1.714-88.9252098570.76.229.30.9950.0960.04119.3
2.3-88.71056885.621.456.160.9990.1140.024217.20.117
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible allRrim(I) all
1.714-1.8553.71.2110500.3380.7116.9
2.3-2.3819.93.6730.88540.5610.807271.83.769

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5data processing
CRANK2位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.6モデル構築
XDS20200417データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.714→51.67 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 1000 4.77 %
Rwork0.206 --
obs0.2072 20984 70.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.714→51.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1645 0 54 99 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8722365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.701646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.714-1.80.377290.3149375X-RAY DIFFRACTION9
1.8-1.910.2671930.28531422X-RAY DIFFRACTION40
1.92-2.070.27811210.23512560X-RAY DIFFRACTION64
2.07-2.270.2421630.22293397X-RAY DIFFRACTION84
2.27-2.60.26741960.23453980X-RAY DIFFRACTION99
2.6-3.280.292140.2184056X-RAY DIFFRACTION100
3.28-51.670.18612040.18354187X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27230.16460.05561.14181.83344.42040.25310.7113-0.1639-1.3790.1066-0.12880.32450.27860.37091.64470.3392-0.11220.6444-0.07250.14829.7229-23.557451.1902
21.9536-3.4212-2.24949.52584.88634.96120.0247-0.13250.26090.12550.268-0.48060.4580.3911-0.23890.20860.053-0.01520.2613-0.01170.26657.6787-6.775.741
33.46833.4025.42865.6634.91049.50110.0068-0.3870.47460.2267-0.20050.3806-0.1475-0.40490.01250.1601-0.01170.02220.2019-0.03670.3305-0.535614.643894.7009
45.1628-2.2773-3.79545.64743.19464.20890.18530.17660.2373-0.07730.0432-0.02690.33110.1357-0.00070.1650.0594-0.03430.24120.01350.24932.5329-0.651278.2639
53.7188-2.735-2.48094.07920.88432.19010.1438-0.49620.42850.10980.1438-0.0158-0.21080.3994-0.35780.0873-0.0136-0.03530.28190.00580.262-12.046510.11488.4611
60.2283-0.76340.03324.01361.61611.24080.40010.3594-0.1844-1.3615-0.55750.6760.623-0.29510.12311.00460.0795-0.17640.5903-0.04970.4165-3.9391-23.407460.9539
73.631-2.1938-2.28485.97214.67946.66120.2182-0.03780.2766-0.0687-0.05850.0176-0.0056-0.2347-0.20680.0995-0.0431-0.03340.2370.03610.3063-8.79255.133187.1861
80.58891.56950.61043.751.44440.44820.0619-0.01420.08320.1103-0.0620.11630.07030.0575-0.03390.235-0.01550.00970.2526-0.02590.26254.182520.421896.738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 654 through 696 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 697 through 707 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 708 through 729 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 730 through 742 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 743 through 763 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 654 through 712 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 713 through 742 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 743 through 772 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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