PDB-8ckl: Semaphorin-5A TSR 3-4 domains in complex with sucrose octasulfate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ckl

タイトル

Semaphorin-5A TSR 3-4 domains in complex with sucrose octasulfate (SOS)

要素

Semaphorin-5A

キーワード

SIGNALING PROTEIN / semaphorin / cell signalling / axon guidance cue / glycosaminoglycan binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

signal clustering / diencephalon development / chondroitin sulfate proteoglycan binding / semaphorin receptor binding / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of actin filament depolymerization / Other semaphorin interactions / syndecan binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Nagy, G.N. / Duman, R. / Harlos, K. / El Omari, K. / Wagner, A. / Jones, E.Y.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure and function of Semaphorin-5A glycosaminoglycan interactions.
著者: Nagy, G.N. / Zhao, X.F. / Karlsson, R. / Wang, K. / Duman, R. / Harlos, K. / El Omari, K. / Wagner, A. / Clausen, H. / Miller, R.L. / Giger, R.J. / Jones, E.Y.

履歴

登録	2023年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ckl.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ckl.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ckl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ckl_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ckl_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8ckl_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	8ckl_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/8ckl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/8ckl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ckgC 8ckkC 8ckmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Semaphorin-5A

B: Semaphorin-5A

ヘテロ分子

29.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, S-SAD was used for phasing of an isomorphous structure - the molecular replacement template, providing experimental evidence for the position of sulfur atoms within Cys and Met residues.

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.106, 30.770, 84.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.970, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and ((resid 654 and (name N or name...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 654 through 675 or (resid 676...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 654 - 755 / Label seq-ID: 6 - 107

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
d_1	A	A
d_2	B	B

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.966373104628, -0.205420685331, -0.15467826185), (-0.165334894852, 0.0356607335705, 0.985592555078), (-0.196945157836, 0.978023851508, -0.0684247812234)ベクター: ...

#1: タンパク質

Semaphorin-5A / Semaphorin-F / Sema F

分子量: 14054.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal 'ET' peptide and C-terminal 'GTLEVLFQ' peptides are recombinant additions encoded by the expression vector
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEMA5A, SEMAF / プラスミド: pHL-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13591

#2: 多糖

2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 982.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose octasulfate

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_1OSO/3=O/3=O_3OSO/3=O/3=O_4OSO/3=O/3=O_6OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2OSO/3=O/3=O_3OSO/3=O/3=O_4OSO/3=O/3=O_6OSO/3=O/3=O]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf1SO33SO34SO36SO3]{[(2+1)][a-D-Glcp2SO33SO34SO36SO3]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 8 % PEG 8000, 0.1 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→82.9 Å / Num. obs: 5008 / % possible obs: 55.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 73.54 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.561→2.841 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 2.67 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 250 / CC_1/2: 0.098 / R_pim(I) all: 1.091 / R_rim(I) all: 2.889 / % possible all: 10.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC	1.0.5	data processing
PHASER		位相決定
Coot	0.9.6	モデル構築
XDS	BUILT 20200417	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.56→82.9 Å / SU ML: 0.4093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.0547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	239	4.78 %
R_work	0.2554	4757	-
obs	0.2566	4996	55.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→82.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1515	0	99	0	1614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5615	2276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0387	243
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	276
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3601	595

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.02253170192 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.56-3.23	0.4658	58	0.3658	1066	X-RAY DIFFRACTION	25.52
3.23-82.9	0.2663	181	0.2464	3691	X-RAY DIFFRACTION	85.06

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.71924566994	1.47305299355	2.05523331023	2.83352371561	1.83919044018	2.94532301768	0.138274325201	0.390479039256	-0.293424696103	-0.612719954795	0.850817471483	-0.856830554688	0.117076307905	0.321191987897	-0.436046988309	1.82582098144	0.00933867596026	0.0853943741939	0.44792438039	-0.102914898914	0.725960272506	17.2682087471	-18.0141651923	5.6666472594
2	2.21320650762	-0.403988289045	0.0751957878149	1.84116584775	-0.399972153518	2.55539885369	0.0520329750878	-0.0486174198313	0.191737349373	-0.348512613053	0.241766687048	0.555996538702	0.119095407738	-0.463567524709	1.26601769977	-0.0728713055955	-0.0228964069791	0.112634321533	0.32478138455	0.135235723279	0.531515948247	7.87369411391	13.2719789373	39.0085533747
3	0.979961483942	0.540157538322	-0.284675216897	0.973199853735	0.743746932216	1.29264068898	-0.316357864679	0.185952589907	-0.417806253097	-0.571560245238	0.117844770895	0.0227585747942	1.13884921721	0.0380395670593	-1.0394165762	1.41374701094	0.081558896538	-0.123080536899	0.141104356629	-0.0305760884836	0.20240791758	2.88797220546	-21.6606401399	12.1327869904
4	2.41736937086	1.07077683525	-1.90518189956	7.01918507715	-1.09691920004	1.51391410118	0.296252642799	0.145637617249	-0.928324392009	-1.91327994948	-0.112571887412	0.226180258984	0.620192047051	0.189716897012	0.252039081015	1.9983970959	0.279182468268	0.0797963870976	0.569215070954	0.278261658137	0.999364330353	8.22987257275	-34.0112333558	4.67639196455
5	4.89354835861	-0.693858371385	-0.457922853373	4.95321295272	-1.26735769789	0.495112314565	-0.683862462237	0.207023339119	-1.05859569228	-1.44014380787	-0.0381942988514	0.130642406393	0.335585840222	-0.0558702587203	0.554819400237	1.92334844781	-0.161080604603	-0.371561806567	0.480733538387	0.12156225958	1.08990431101	4.77734998988	-17.7811407509	9.87989246279
6	1.85054579377	-1.27148524277	-1.45607435127	4.37180465007	-0.992810143982	2.26989704194	-0.0259110645163	0.293307453429	-0.093594547116	-0.846503144742	-0.349525166013	0.174672286433	0.61392711395	-0.44102785975	-0.100886130779	0.000786380266411	0.076294245431	-0.0110531395338	0.523807783643	0.115456271432	0.536080485348	0.478907257905	4.45736798722	31.4319241723
7	4.75309776715	-3.10931219047	-2.40812292465	3.81166041774	-1.25235349392	5.73676218692	0.0213876996729	-0.175334442106	1.17287625121	0.466209302716	0.891935396013	0.301640708997	-0.395061019864	0.172437985705	0.0994137690499	0.188213906232	0.070107274513	0.0372597337266	0.506578570537	0.172668504444	0.78916802684	-3.33247043056	22.1807395943	49.5217633871
8	0.473080047344	1.10045642417	1.48654469482	4.3218414881	2.04743064754	5.76375393343	-0.128252417389	0.19328241339	-1.17668328923	-0.157809551364	0.177310369591	-0.0101438322776	1.45574113776	-0.0272261925947	0.0308840965175	0.399822265951	-0.0195949689861	0.0742242454518	0.279106032007	-0.0332308914468	0.772065821375	3.52355447541	4.12563788494	32.4803268055
9	3.6047524345	1.71217805584	3.12253868776	2.57067207794	0.67419224645	3.08514105439	0.180975614545	-0.0650865233004	-0.542786502416	0.108488210833	0.151214552685	0.159119389157	0.299745078942	-0.336826029399	0.424698394521	0.0904619354133	-0.063399014388	0.0242830153544	0.511727192958	-0.139934286869	0.322031577728	11.0507921549	11.3365570716	44.4747060422
10	1.53707634179	-0.330272601917	-0.05960901592	0.163652149164	-0.221549196415	0.894825835731	0.300131383001	0.188229723769	0.0382859571483	-0.0696378890973	0.041236671329	-0.0282232313347	-0.02778613129	0.124565781484	1.10225091993	0.13508146959	0.134256223545	0.042559748785	0.600244658772	-0.185354701498	0.622619548353	17.0857888882	45.2013624849	51.6573449824

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 654 through 696 )	A	A	654 - 696	1 - 43
2	2	chain 'A' and (resid 697 through 756 )	A	A	697 - 756	44 - 96
3	3	chain 'B' and (resid 654 through 677 )	B	B	654 - 677	1 - 24
4	4	chain 'B' and (resid 678 through 690 )	B	B	678 - 690	25 - 37
5	5	chain 'B' and (resid 691 through 696 )	B	B	691 - 696	38 - 43
6	6	chain 'B' and (resid 697 through 712 )	B	B	697 - 712	44 - 59
7	7	chain 'B' and (resid 713 through 729 )	B	B	713 - 729	60 - 69
8	8	chain 'B' and (resid 730 through 742 )	B	B	730 - 742	70 - 82
9	9	chain 'B' and (resid 743 through 752 )	B	B	743 - 752	83 - 92
10	10	chain 'B' and (resid 753 through 773 )	B	B	753 - 773	93 - 101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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