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- PDB-8cj5: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 A651V m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cj5
タイトルArabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 A651V mutant with bound phosphate
要素Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
キーワードPLANT PROTEIN / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Citric acid cycle / TCA cycle / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development / carbon fixation / cellular response to phosphate starvation / apoplast / tricarboxylic acid cycle / photosynthesis / protein tetramerization / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.00135289121 Å
データ登録者Haesaerts, S. / Loris, R. / Larsen, P.
資金援助 米国, ベルギー, 2件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA)2021-67014-34888 米国
Research Foundation - Flanders (FWO)G011420N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesaerts, S. / Frausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.
履歴
登録2023年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,0424
ポリマ－222,8522
非ポリマー1902
水48627
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,0858
ポリマ－445,7054
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.830, 156.620, 142.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRSERSER(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA33 - 9940 - 106
22METMETLYSLYS(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA101 - 121108 - 128
13SERSERTHRTHR(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA137 - 300144 - 307
24ASPASPARGARG(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA302 - 336309 - 343
15ALAALAVALVAL(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA339 - 447346 - 454
26LEULEUGLUGLU(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA449 - 480456 - 487
17ARGARGPHEPHE(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA482 - 677489 - 684
28GLUGLUPHEPHE(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA680 - 738687 - 745
19LEULEUPROPRO(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA740 - 756747 - 763
210GLYGLYILEILE(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA764 - 794771 - 801
111HISHISHISHIS(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA796 - 873803 - 880
212GLNGLNTHRTHR(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA885 - 916892 - 923
113LYSLYSLYSLYS(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA930 - 933937 - 940
214LEULEUGLYGLY(chain 'A' and ((resid 33 through 35 and (name N...AA935 - 967942 - 974
115TYRTYRSERSER(chain 'B' and ((resid 33 through 35 and (name N...BB33 - 9940 - 106
216METMETLYSLYS(chain 'B' and ((resid 33 through 35 and (name N...BB101 - 121108 - 128
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220LEULEUGLUGLU(chain 'B' and ((resid 33 through 35 and (name N...BB449 - 480456 - 487
121ARGARGPHEPHE(chain 'B' and ((resid 33 through 35 and (name N...BB482 - 677489 - 684
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228LEULEUGLYGLY(chain 'B' and ((resid 33 through 35 and (name N...BB935 - 967942 - 974

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide


分子量: 111426.219 Da / 分子数: 2 / 変異: A651V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.981 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.04 Å / Num. obs: 58634 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.34 % / Biso Wilson estimate: 113.969140974 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.242 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3→3.5 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 3.867 / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 8677 / CC1/2: 0.838

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.00135289121→49.0386618174 Å / SU ML: 0.611432642802 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32517119902 / 位相誤差: 32.0447421462
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265775553378 2841 5.0165983896 %
Rwork0.214557067552 53791 -
obs0.217167515667 56632 96.7952552686 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 127.994922724 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.00135289121→49.0386618174 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14382 0 10 27 14419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005975479332714785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84932191106920039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04786717155572216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006198748418362604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.81615314848993
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0014-3.05310.75816297402850.6095453764031506X-RAY DIFFRACTION54.8999309869
3.0531-3.10860.5556002254471260.4914193778762350X-RAY DIFFRACTION85.5267702936
3.1086-3.16840.4357686066971400.4236917512842642X-RAY DIFFRACTION96.4298093588
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.695803161090.477190097187-0.1930215014331.50877965986-0.01532842403290.4976594897620.0318217649163-0.7034527962350.06816273110850.330664699858-0.03727772721960.16482610710.0442966407728-0.0249242988968-0.009060156047740.803558520827-0.034720146924-0.07633928716730.8691533254250.07457863009330.794334971424126.21987119257.5027759102169.95498038
21.36461105489-0.376192307961-0.2279854362381.728244605970.1722840245260.4534182100170.0840124022442-0.04651121897260.0118940473522-0.0194055032807-0.0624091974751-0.2125399939030.0550267421286-0.0610259507738-0.01847241098830.626425182439-0.0571039724829-0.0506470380390.6289938272410.039819006060.638031669658148.28132623762.7435589658146.109079376
33.90556905667-0.1909643298890.4825009051311.29998504521-0.2554953799230.986187654840.058501706173-0.26426685047-0.5567247080380.146970787475-0.0469512421711-0.2275229842360.2037765989110.090099707588-0.005912090593070.77790789631-0.0610971335333-0.09943219511270.6831728566710.2075576304020.849562931001134.13007706935.6438847991164.642799383
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62.10634875284-1.055841925870.2935673561931.92537034858-0.3584726051432.839879734260.7048336383541.19222488605-0.165317873909-0.983154078002-0.7656399123-0.3671896863530.3511443142110.4252666414390.03513178107931.232155175670.5947883192940.07217421898841.415985480610.07222654938241.06818414431160.01147365856.045815475883.9964105274
72.00567033820.00220770468936-0.6554533633491.00593125952-0.4168106468890.9190375933720.2033983864690.8799269545850.0843336966-0.41156792403-0.254699287491-0.8531977769180.2189257962650.8021295923850.06955750302931.425420768620.5570406521870.3590527979582.132400144750.3054772461291.52477231637169.74739301175.084981912868.79824678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 221 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 222 through 706 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 707 through 967 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 33 through 221 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 222 through 519 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 520 through 679 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 680 through 967 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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