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- PDB-8chu: Crystal structure of human PURA repeat I-II K97E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8chu
タイトルCrystal structure of human PURA repeat I-II K97E mutant
要素Transcriptional activator protein Pur-alpha
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA/DNA binding / PUR repeat / PC4-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


purine-rich negative regulatory element binding / dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / lymphocyte proliferation / double-stranded telomeric DNA binding / SMAD binding / DNA replication initiation / transcription regulator inhibitor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / epithelial cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding ...purine-rich negative regulatory element binding / dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / lymphocyte proliferation / double-stranded telomeric DNA binding / SMAD binding / DNA replication initiation / transcription regulator inhibitor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / epithelial cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nervous system development / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / postsynapse / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PurA ssDNA and RNA-binding protein / Purine-rich element binding protein family / DNA/RNA-binding repeats in PUR-alpha/beta/gamma and in hypothetical proteins from spirochetes and the Bacteroides-Cytophaga-Flexibacter bacteria.
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator protein Pur-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Janowski, R. / Niessing, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: PURA syndrome-causing mutations impair PUR-domain integrity and affect P-body association.
著者: Proske, M. / Janowski, R. / Bacher, S. / Kang, H.S. / Monecke, T. / Koehler, T. / Hutten, S. / Tretter, J. / Crois, A. / Molitor, L. / Varela-Rial, A. / Fino, R. / Donati, E. / De Fabritiis, ...著者: Proske, M. / Janowski, R. / Bacher, S. / Kang, H.S. / Monecke, T. / Koehler, T. / Hutten, S. / Tretter, J. / Crois, A. / Molitor, L. / Varela-Rial, A. / Fino, R. / Donati, E. / De Fabritiis, G. / Dormann, D. / Sattler, M. / Niessing, D.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator protein Pur-alpha
B: Transcriptional activator protein Pur-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8814
ポリマ－35,7942
非ポリマー862
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.020, 77.320, 225.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

HOH

21A-340-

HOH

31A-344-

HOH

41A-350-

HOH

51A-353-

HOH

61B-419-

HOH

71B-427-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional activator protein Pur-alpha / Purine-rich single-stranded DNA-binding protein alpha


分子量: 17897.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PURA, PUR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00577
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: in 0.1 M Tris pH 8.5, 12% (v/v) glycerol, 1.5 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 13362 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 987 / CC1/2: 0.619 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→39.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 11.23 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2722 638 4.8 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2044 12724 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.87 Å2 / Biso mean: 57.158 Å2 / Biso min: 28.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.67 Å20 Å2-0 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3----2.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→39.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2268 0 5 87 2360
Biso mean--59.89 55.54 -
残基数----283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132323
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.6533110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2521.5885117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1495281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.4820.784153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.87415430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.531528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02540
LS精密化 シェル解像度: 2.452→2.516 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 61 -
Rwork0.354 925 -
all-986 -
obs--99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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