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- PDB-8cht: Crystal structure of human PURA (fragment Glu57-Glu212, PUR repea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cht
タイトルCrystal structure of human PURA (fragment Glu57-Glu212, PUR repeat I and II)
要素Transcriptional activator protein Pur-alpha
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA/DNA binding / PUR repeat / PC4-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / purine-rich negative regulatory element binding / lymphocyte proliferation / double-stranded telomeric DNA binding / SMAD binding / DNA replication initiation / transcription regulator inhibitor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / epithelial cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding ...dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / purine-rich negative regulatory element binding / lymphocyte proliferation / double-stranded telomeric DNA binding / SMAD binding / DNA replication initiation / transcription regulator inhibitor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / epithelial cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nervous system development / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynapse / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PurA ssDNA and RNA-binding protein / Purine-rich element binding protein family / DNA/RNA-binding repeats in PUR-alpha/beta/gamma and in hypothetical proteins from spirochetes and the Bacteroides-Cytophaga-Flexibacter bacteria.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Transcriptional activator protein Pur-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Janowski, R. / Niessing, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: PURA syndrome-causing mutations impair PUR-domain integrity and affect P-body association.
著者: Proske, M. / Janowski, R. / Bacher, S. / Kang, H.S. / Monecke, T. / Koehler, T. / Hutten, S. / Tretter, J. / Crois, A. / Molitor, L. / Varela-Rial, A. / Fino, R. / Donati, E. / De Fabritiis, ...著者: Proske, M. / Janowski, R. / Bacher, S. / Kang, H.S. / Monecke, T. / Koehler, T. / Hutten, S. / Tretter, J. / Crois, A. / Molitor, L. / Varela-Rial, A. / Fino, R. / Donati, E. / De Fabritiis, G. / Dormann, D. / Sattler, M. / Niessing, D.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator protein Pur-alpha
B: Transcriptional activator protein Pur-alpha
C: Transcriptional activator protein Pur-alpha
D: Transcriptional activator protein Pur-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2128
ポリマ－70,9724
非ポリマー2394
水5,603311
1
A: Transcriptional activator protein Pur-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8022
ポリマ－17,7431
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional activator protein Pur-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8022
ポリマ－17,7431
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcriptional activator protein Pur-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8052
ポリマ－17,7431
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcriptional activator protein Pur-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8022
ポリマ－17,7431
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.920, 58.140, 81.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional activator protein Pur-alpha / Purine-rich single-stranded DNA-binding protein alpha


分子量: 17743.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PURA, PUR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00577
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2
詳細: 0.1 M Tris buffer pH 8.2, 0.2 M sodium acetate, and 30% (w/v) PEG 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50.01 Å / Num. obs: 43138 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3147 / CC1/2: 0.743

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.155 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 2122 4.9 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1772 41016 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.48 Å2 / Biso mean: 32.4 Å2 / Biso min: 11.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0 Å20.17 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4581 0 16 314 4911
Biso mean--52.76 40.71 -
残基数----573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0194746
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3141.9736365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.157310569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0875592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.7922.903248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.68215904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2051560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021050
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 153 -
Rwork0.242 2983 -
all-3136 -
obs--96.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51810.2096-0.27610.8020.13790.6912-0.00320.0304-0.0762-0.07120.050.043-0.0424-0.0068-0.04680.0181-0.0125-0.01520.0267-0.00250.0768-1.2717-3.4485-37.0732
20.4710.13970.0320.21850.1630.77240.02560.0307-0.0786-0.0036-0.00550.0693-0.0348-0.0032-0.02010.0092-0.0029-0.01680.0121-0.01530.121131.2461-3.5971-37.4256
30.09320.07130.31980.22320.34681.30940.0061-0.00620.00450.03340.0765-0.02370.00390.0161-0.08260.06240.01290.01160.0405-0.00680.04965.90565.4189-7.9945
40.3223-0.30270.46130.8381-0.28960.6975-0.0817-0.0567-0.03580.04280.151-0.0404-0.1303-0.0557-0.06930.0726-0.01740.06250.0404-0.03250.062239.30383.6326-8.4885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 191
2X-RAY DIFFRACTION2B36 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3C36 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4D36 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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