PDB-8cd5: structure of HEX-1 from N. crassa crystallized in cellulo, diffra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cd5

タイトル

structure of HEX-1 from N. crassa crystallized in cellulo, diffracted at 100K and resolved using CrystFEL

要素

Woronin body major protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / naturally crystallizing / Woronin body / self-assembly / HEX-1 / in vivo

機能・相同性

機能・相同性情報

Woronin body / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / cell septum / translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neurospora crassa (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Boger, J. / Schoenherr, R. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Koenig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T. / Redecke, L.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A streamlined approach to structure elucidation using in cellulo crystallized recombinant proteins, InCellCryst.
著者: Schonherr, R. / Boger, J. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Konig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T.R. / Redecke, L.

履歴

登録	2023年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cd5.cif.gz	88.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cd5.ent.gz	55.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cd5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cd5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c51C 8c53C 8c5kC 8cd4C 8cd6C 8cgxC 8cgyC 1khiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Woronin body major protein

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.230, 57.230, 198.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

#1: タンパク質	Woronin body major protein 分子量: 19150.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: hex-1, NCU08332 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P87252
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: baculovirus infected and grown in Trichoplusia ni (High Five) cells in adhesion culture (MOI 1)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→48.08 Å / Num. obs: 52622 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 7367 % / B_iso Wilson estimate: 27.54 Å² / CC_1/2: 0.9997 / Net I/σ(I): 31.47
反射シェル	解像度: 1.56→1.616 Å / Num. unique obs: 610 / CC_1/2: 0.2865
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	解説: Micro mesh mount

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1khi

1khi

解像度: 1.56→48.08 Å / SU ML: 0.2431 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.9466
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2162	2745	5.22 %
R_work	0.1996	49877	-
obs	0.2004	52622	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→48.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1112	0	0	98	1210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7048	1564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1311	160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.58	0.4784	135	0.4579	2470	X-RAY DIFFRACTION	97.86
1.58-1.61	0.3477	131	0.4092	2430	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.61-1.64	0.3361	140	0.3939	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.64-1.67	0.3597	143	0.3472	2467	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.67-1.71	0.327	138	0.318	2513	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.71-1.75	0.3092	137	0.2903	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.3086	136	0.2784	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.79-1.84	0.3059	139	0.2569	2500	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.84-1.89	0.2209	134	0.2356	2483	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.89-1.95	0.218	137	0.2127	2474	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.95-2.02	0.2243	142	0.1846	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.1713	137	0.1934	2503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.2	0.2148	137	0.1937	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.32	0.2225	140	0.1989	2451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.46	0.1869	137	0.1866	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.65	0.2038	144	0.2038	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.92	0.2278	136	0.204	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.34	0.1948	132	0.1913	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-4.2	0.2023	138	0.1697	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-48.08	0.1955	132	0.1724	2507	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.11531705343	0.175311840483	-0.551199154344	0.904628822002	0.537175142758	0.767660525502	-0.37629365171	0.402074675759	0.9234365709	-0.610500209355	-0.121843708384	-0.204766423391	-0.360341323744	0.13330325155	-0.00416165382957	0.396974370823	-0.0454675916849	-0.0560363973531	0.406020842592	0.00312767893676	0.441831550126	29.5991896879	32.5836324188	45.0341100883
2	2.46686803498	1.20735814691	-1.12746032402	2.7375723204	0.595036989694	1.48438550217	-0.0123794794697	-0.263021416964	0.0264523491084	0.00980036007237	-0.106000461594	-0.0780450444076	0.0636019537698	0.239183475223	0.000479244256016	0.267779984142	-0.0151849545251	0.0196838110868	0.296065247999	0.0179653461664	0.239289265137	33.4852646361	24.8717238919	38.0822222514
3	0.887861942843	-0.121176918659	-0.886061594474	0.805403434636	0.35796983449	1.01802363598	-0.0459483762555	0.336618274208	0.197774523576	0.0181750053511	-0.0518602996851	-0.0193820510508	-0.146417884355	0.442917348082	-4.3970173296E-5	0.26861202335	-0.0217522607995	0.00371377600197	0.284525131886	-0.00995557732139	0.237929556996	30.0834209916	24.7555430157	32.4104636367
4	0.896257318564	0.602709697723	0.703059371156	0.563707165874	0.155541097925	1.67371546894	-0.447527628146	-0.0183961704606	0.620366515703	-0.410651799352	-0.236605994011	0.306763540253	-0.992798484213	0.160683724273	-0.0175554769047	0.399239864886	-0.0604318619892	-0.00782579102927	0.413269769719	0.0166506970142	0.379646392327	37.5021274163	30.1981742606	36.7368702285
5	0.162175227683	-0.0898190491186	0.468136191792	-0.000282510715424	-0.261158903535	1.00655338202	-0.16307056325	0.274462242198	-0.149641805628	0.191646908476	0.0192291710186	-0.105771917701	-0.369743609419	0.318895790398	0.000491392164927	0.378371280502	-0.033275133523	-0.0685318640105	0.339402939923	0.015617174345	0.302457996725	35.5264655932	35.4232309504	47.1353476756
6	1.43403241372	-0.125597020299	-0.434807931299	1.23883320253	-1.05651356861	1.07058473025	-0.375266655665	-0.17441279187	-0.100593724673	-0.179940969756	0.203880318236	0.354581332785	-0.134871274852	-0.117845244228	-0.00290439363113	0.28611712707	0.0435154364454	0.00498605656482	0.34314073628	0.0117974187437	0.354321882142	5.54646101947	29.8071275088	37.5944589105
7	4.92797150801	-2.21310948871	1.41744089879	4.63924932666	1.14616715339	2.57804358335	-0.0925505850162	0.0429417335568	-0.283087916925	-0.000476042621169	0.00151377022106	0.224684840153	0.0843222989712	-0.0275371907927	-0.000659340085573	0.27492708096	0.00298499509846	0.0397391964181	0.298268195352	0.0249227525695	0.331890944976	8.29963803634	26.6485553831	35.7920750896
8	1.44238632722	0.95040433276	1.06257401681	1.14525707952	0.293192036582	1.01339930552	-0.137208114374	-0.86324573363	0.230756891733	0.742888551384	0.131502996427	0.0969640355882	-0.229916333008	-0.286178235404	0.00293038665997	0.500365628782	0.112996204426	0.0540662480292	0.561902208266	0.00667722494784	0.435288837056	10.648800313	27.0566948792	43.0668949326

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 29 through 39 )	29 - 39	1 - 11
2	2	chain 'A' and (resid 40 through 66 )	40 - 66	12 - 38
3	3	chain 'A' and (resid 67 through 78 )	67 - 78	39 - 50
4	4	chain 'A' and (resid 79 through 87 )	79 - 87	51 - 59
5	5	chain 'A' and (resid 88 through 103 )	88 - 103	60 - 75
6	6	chain 'A' and (resid 104 through 112 )	104 - 112	76 - 84
7	7	chain 'A' and (resid 113 through 161 )	113 - 161	85 - 133
8	8	chain 'A' and (resid 162 through 175 )	162 - 175	134 - 147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)