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Yorodumi- PDB-8cgy: Trypanosoma brucei IMP dehydrogenase (ori) crystallized in High F... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cgy | ||||||||||||
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Title | Trypanosoma brucei IMP dehydrogenase (ori) crystallized in High Five cells reveals native ligands ATP, GDP and phosphate. Diffraction data collection at 100 K in cellulo; XDS processing | ||||||||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / IMP dehydrogenase / purine biosynthetic enzyme / native cofactors | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / glycosome / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Trypanosoma brucei (eukaryote) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||||||||
Authors | Boger, J. / Schoenherr, R. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Bourenkov, G. / Schneider, T. / Redecke, L. | ||||||||||||
Funding support | Germany, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: A streamlined approach to structure elucidation using in cellulo crystallized recombinant proteins, InCellCryst. Authors: Schonherr, R. / Boger, J. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Konig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T.R. / Redecke, L. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cgy.cif.gz | 423 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cgy.ent.gz | 288.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cgy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cgy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8c51C 8c53C 8c5kC 8cd4C 8cd5C 8cd6C 8cgxC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55765.656 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S488T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei (eukaryote) / Cell line (production host): High Five / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P50098, IMP dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.46 Å3/Da / Density % sol: 72.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: in cell Details: crystallized in Trichoplusia ni (High Five) cells infected with recombinant baculovirus encoding TbIMPDH ori in adhesion culture (MOI 1) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 26, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→92.62 Å / Num. obs: 40798 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 474 % / Biso Wilson estimate: 53.74 Å2 / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 20.37 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 9383 / CC1/2: 0.87 |
Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target |
Serial crystallography sample delivery fixed target | Description: Micro mesh mount |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3→92.62 Å / SU ML: 0.3636 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.5046 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→92.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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