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- PDB-8cc0: Crystal Structure of Anti-cortisol Fab in Complex with Cortisone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cc0
タイトルCrystal Structure of Anti-cortisol Fab in Complex with Cortisone
要素
  • anti-cortisol (17) Fab (heavy chain)
  • anti-cortisol (17) Fab (light chain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / cortisol / hapten / glucocorticoid / cortisone
機能・相同性Cortisone
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Eronen, V. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland322619 フィンランド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural insight to elucidate the binding specificity of the anti-cortisol Fab fragment with glucocorticoids.
著者: Eronen, V. / Tullila, A. / Iljin, K. / Rouvinen, J. / Nevanen, T.K. / Hakulinen, N.
履歴
登録2023年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-cortisol (17) Fab (light chain)
H: anti-cortisol (17) Fab (heavy chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6343
ポリマ－48,2742
非ポリマー3601
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.411, 79.411, 251.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: 抗体 anti-cortisol (17) Fab (light chain)


分子量: 23276.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 anti-cortisol (17) Fab (heavy chain)


分子量: 24997.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-UQC / Cortisone / (8S,9S,10R,13S,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-oxidanyl-17-(2-oxidanylethanoyl)-1,2,6,7,8,9,12,14,15,16-decahydrocyclopenta[a]phenanthrene-3,11-dione / 17alpha,21-Dihydroxypregn-4-ene-3,11,20-trione / コルチゾン


分子量: 360.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: PEG3350, Ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→41.98 Å / Num. obs: 41193 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 24.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2356 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / Rmerge(I) obs: 1.414 / Num. unique obs: 3991 / CC1/2: 0.76 / CC star: 0.929

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHASER1.19.2_4158位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MHE

5mhe


解像度: 1.85→41.98 Å / SU ML: 0.2042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.2381
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 2165 5.25 %
Rwork0.1905 39073 -
obs0.1915 41187 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→41.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 26 388 3726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00853429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05964673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1257517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6389477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.30531360.32122477X-RAY DIFFRACTION96.53
1.89-1.940.28441490.27242533X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.2631580.22252538X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.22631440.21092539X-RAY DIFFRACTION99.96
2.05-2.120.25941490.20262548X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.190.24881500.20872558X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.280.26721390.21922575X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.380.24151630.20382560X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.510.24991470.20292576X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.670.20761230.19952630X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.870.21961470.20722607X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.160.20741290.19692646X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.620.20131410.17232669X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.560.15461310.14962715X-RAY DIFFRACTION100
4.56-41.980.16211590.1722902X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87294393813-2.02503813217-0.3296848689756.723982516060.608614709162.03078118921-0.0696573626925-0.179713599107-0.240656384450.7681173082650.0210568049595-0.1900604611650.2596536294320.1234065631010.03182536846530.221757091564-0.0102113396413-0.05131087109990.2158841479510.0208558665550.0980394437476-17.189445604122.4979355396-6.00186977874
21.94291812347-0.436729394829-0.02180289365344.63581568650.4719561997911.12647288706-0.0312532583468-0.0155759010387-0.127093894507-0.001386188120390.0121644370313-0.515270680916-0.01483032003510.1736738743060.03763021956190.1391390448150.0109781815270.01256981056560.1551196677520.02052780630080.171697863271-13.622566280119.2197107477-15.8366737304
30.286273299128-0.2899046880130.08015394878062.476986115740.6191959014970.3169568418210.00716479908342-0.0407112594039-0.05137705492180.252315144655-0.06332008268390.04492365590090.07518446683460.02480271808140.05451564158870.144970535688-0.001636872424270.00755699273990.1563720669230.01944046602580.137869651877-22.004892547722.1353024608-10.3384218578
46.455941756775.34586611988-0.5573765671034.50076997491-0.3931516030041.73140602073-0.1945702631230.1590735826930.027848088204-0.2284897698270.161924494240.2160663271880.185881811322-0.2382649566650.05432058956950.197904627744-0.000407417793760.02885202142430.199599237173-0.01928008078840.120402900921-57.162881048419.41502343941.70556025675
56.646175658343.22419448439-3.331597754422.99766618306-2.070634947133.25473470067-0.0436922300164-0.682312230243-0.1871073059190.244546971715-0.0537895713148-0.166065780776-0.0358644435520.3067054913550.1254995951320.2227408064270.0660581672240.004849720873130.2117306526380.007402950917540.176158674911-44.396052542824.92605295556.70824921827
65.320527537290.9699946150970.8149943273666.200014644851.108916840730.277897580912-0.2649946501220.0481358611437-0.340165605296-0.2021045823220.126008025667-0.3716303297670.2817607432320.07823488135540.1272271669430.1348296298070.04640468498490.02308868402830.168045735532-0.02703676048080.143814875914-38.258410187624.1387863564-2.44273664111
78.498120107772.45264408353-3.537946346594.5897724823-1.898762210416.83670659643-0.0105757583501-0.822220989301-0.7631941500030.718454527528-0.1639191353350.2014454484070.385371405873-0.0002087672129710.1616496749140.3786348400540.01629308436840.08790746598310.225353774530.05282287979790.267930630113-53.737194922315.54199865289.07384964035
89.053722779413.10473386266-3.167460622866.95119067132-0.8451955956416.774634745470.156899677229-0.5045224576020.2468835943460.304017003002-0.0758942982387-0.1602304262390.07406963801620.292865836248-0.06309220783230.2229679020150.04254007601160.004361126873770.173913125264-0.04126665697540.11336309295-50.625532580228.955465971810.2885838385
92.21438727357-0.0561022055616-0.3269891537393.0140446927-0.09471616378672.213584339110.05083233185090.0436176439715-0.0664753508761-0.14288650103-0.0781444435410.07734962411570.150005549083-0.007624316775890.03307495584740.1777428914010.0269785127657-0.01632870970690.1047129071590.00512127314980.176493100739-23.68321650660.398563345295-20.7185790423
101.74135064761-0.2954671494470.3158451980150.2212999810220.1207394653790.2465752050770.0617110264503-0.0449717423045-0.1342865591680.00122475779029-0.1033470183060.1591187967510.07374163747220.02896182892940.03603840714670.25579304850.01243236282720.005460970368070.161650946251-0.02282576830440.282441783351-34.9654788624.47480203811-15.600879149
114.94548090132-0.160597521295-0.8257957838320.150228927415-0.9024325140586.072597105150.0230554893179-0.09204090504370.4895254018920.202512253383-0.1144580986820.191227464757-0.480291838645-0.284803212610.0672144166190.179700899230.0273820973705-0.00433285258060.180012606619-0.001585372825630.161707058705-57.449419726726.1257727781-1.89653965241
122.72986659121-1.474480154370.1214249456.4453108682-0.3782693022711.007014268960.05549100338740.12461771887-0.144343905861-0.40203812253-0.1143622886720.2541850505450.123764658576-0.1493728357950.07606872691070.265112957974-0.003673418900320.005076655032810.195162047133-0.01642119059310.121122696365-52.500463460319.4148596652-9.69495871488
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 1 through 18 )LA1 - 181 - 18
22chain 'L' and (resid 19 through 74 )LA19 - 7419 - 74
33chain 'L' and (resid 75 through 110 )LA75 - 11075 - 110
44chain 'L' and (resid 111 through 125 )LA111 - 125111 - 125
55chain 'L' and (resid 126 through 152 )LA126 - 152126 - 152
66chain 'L' and (resid 153 through 171 )LA153 - 171153 - 171
77chain 'L' and (resid 172 through 185 )LA172 - 185172 - 185
88chain 'L' and (resid 186 through 211 )LA186 - 211186 - 211
99chain 'H' and (resid 1 through 105 )HB1 - 1051 - 105
1010chain 'H' and (resid 106 through 125 )HB106 - 125106 - 125
1111chain 'H' and (resid 126 through 140 )HB126 - 140126 - 140
1212chain 'H' and (resid 141 through 221 )HB141 - 221141 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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