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Yorodumi- PDB-8cc1: Crystal Structure of Anti-cortisol Fab in Complex with Prednisolone -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cc1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Anti-cortisol Fab in Complex with Prednisolone | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab / cortisol / hapten / glucocorticoid / prednisolone | ||||||
Function / homology | prednisolone Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Eronen, V. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N. | ||||||
Funding support | Finland, 1items
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Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2023 Title: Structural insight to elucidate the binding specificity of the anti-cortisol Fab fragment with glucocorticoids. Authors: Eronen, V. / Tullila, A. / Iljin, K. / Rouvinen, J. / Nevanen, T.K. / Hakulinen, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cc1.cif.gz | 193 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cc1.ent.gz | 144.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cc1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cc1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8cbxC 8cbyC 8cbzC 8cc0C 5mheS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23276.646 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: Antibody | Mass: 24997.072 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
#3: Chemical | ChemComp-TUA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.5 / Details: PEG3350, Ammonium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.873128 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873128 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→42.1 Å / Num. obs: 33018 / % possible obs: 99.93 % / Redundancy: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 26.08 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.3112 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.073 Å / Rmerge(I) obs: 1.926 / Num. unique obs: 3198 / CC1/2: 0.735 / CC star: 0.92 / % possible all: 99.97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5MHE Resolution: 2→42.1 Å / SU ML: 0.2089 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.8012 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→42.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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