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- PDB-8cbz: Crystal Structure of Anti-cortisol Fab in Complex with Corticosterone -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cbz | ||||||
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Title | Crystal Structure of Anti-cortisol Fab in Complex with Corticosterone | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab / cortisol / hapten / glucocorticoid / corticosterone | ||||||
Function / homology | CORTICOSTERONE![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eronen, V. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insight to elucidate the binding specificity of the anti-cortisol Fab fragment with glucocorticoids. Authors: Eronen, V. / Tullila, A. / Iljin, K. / Rouvinen, J. / Nevanen, T.K. / Hakulinen, N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 197.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 148 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 755.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 759.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8cbxC ![]() 8cbyC ![]() 8cc0C ![]() 8cc1C ![]() 5mheS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23276.646 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 24997.072 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-C0R / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 288.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.5 / Details: PEG3350, Ammonium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873128 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→46.28 Å / Num. obs: 39905 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 35.4 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1357 / Net I/σ(I): 20.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.86→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.437 / Num. unique obs: 3897 / CC1/2: 0.805 / CC star: 0.944 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5MHE Resolution: 1.86→41.86 Å / SU ML: 0.166 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.3125 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.86→41.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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