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- PDB-8cbx: Crystal Structure of Anti-Cortisol Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cbx
タイトルCrystal Structure of Anti-Cortisol Fab fragment
要素
  • anti-cortisol (17) Fab (heavy chain)
  • anti-cortisol (17) Fab (light chain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / cortisol / hapten / glucocorticoid
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Eronen, V. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland322619 フィンランド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural insight to elucidate the binding specificity of the anti-cortisol Fab fragment with glucocorticoids.
著者: Eronen, V. / Tullila, A. / Iljin, K. / Rouvinen, J. / Nevanen, T.K. / Hakulinen, N.
履歴
登録2023年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-cortisol (17) Fab (light chain)
H: anti-cortisol (17) Fab (heavy chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4683
ポリマ－48,2742
非ポリマー1941
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.015, 80.015, 254.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: 抗体 anti-cortisol (17) Fab (light chain)


分子量: 23276.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 anti-cortisol (17) Fab (heavy chain)


分子量: 24997.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: PEG3350, citric acid / PH範囲: 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.01 Å / Num. obs: 33324 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 40.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1166 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.002→2.074 Å / Rmerge(I) obs: 1.051 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 3095 / CC1/2: 0.715 / CC star: 0.913

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MHE

5mhe


解像度: 2→40.01 Å / SU ML: 0.2483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8211
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 1730 5.19 %
Rwork0.2233 31588 -
obs0.2241 33318 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 13 142 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00863408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07254629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0629509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.40231219
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.31031400.31752413X-RAY DIFFRACTION95.01
2.06-2.130.3531520.31972556X-RAY DIFFRACTION99.6
2.13-2.20.31671440.29832585X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.32541440.28052590X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.40.29561610.27392579X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.520.29021560.2722599X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.680.28671210.25642643X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.890.28361470.26382625X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.180.251330.24712652X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.640.25121390.22312698X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.580.19791330.18392725X-RAY DIFFRACTION100
4.58-40.010.18581600.18462923X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.072146908250.528886349531-0.7097799393636.07425335842-0.1830563118682.74525118307-0.1124810684860.835179577767-0.36343669008-1.403654944850.3525121594230.6839512141340.53609500161-0.148207651407-0.1524231898010.57646244175-0.133765512429-0.1376782194990.545795031229-0.008921882405980.27851067149616.94921681722.537757166133.405076828
21.38305995527-0.564767810621-0.4488744150075.21426898937-0.8905787981522.00773300178-0.000502693536790.197308194324-0.3629981645240.05629247873470.04537475146180.6281822261930.119789870493-0.480898844708-0.002497703845990.324583783438-0.138234300470.01326258991520.3632542166350.01653177863390.34519075337815.048282765220.4601047405142.889407356
34.816183992450.226408436363-1.994738657921.50976982058-0.9026897820051.999630258950.2220146010050.247599051192-0.00688664942652-0.178484165267-0.1789813172660.04750101351070.1545091593030.0398872292101-0.04045925316550.429554062966-0.0625030406023-0.02258158989460.328977811685-0.03650776052770.13233441819936.360435130720.2637436111131.265618943
47.5909877903-3.67649145184-2.935397264775.323223988741.697254084965.010778108940.03327483579771.23618772413-0.355719555085-0.573774571647-0.08816801042470.3774185201560.543471122442-0.578401976230.04261961341220.505874303262-0.1496369451260.06401613413480.5029992468660.04138775809380.34268805083344.631014079225.1387739995120.244584183
57.18097286082-4.50633284922-2.111377116664.716399103412.216217342891.03838827233-0.03030870019140.440247599981-0.325086013522-0.18559847569-0.04171405706320.01211410866710.0615313451563-0.5384145065420.09335017530880.528239678737-0.1748615272520.1106459325640.5291348028870.1014656595380.3664816633738.508931855724.2560237865129.497274726
68.11726804181-0.593504474065-0.8606396488263.66224765573-2.491472550264.752768154160.4796076968081.34763536596-1.47114798817-1.16321983595-0.808337849502-0.1103473026630.794755623152-0.2649757205280.3077353202260.9202301779880.05497803037040.1340254264880.57583709408-0.1143474926410.57242794008754.162251786115.7824970035117.929384127
78.63147169077-2.43391589467-5.325212881726.536801709542.115921188246.558978339310.8036370828120.8216948211170.605476187813-0.836822972023-0.2873556926030.650339518399-0.410517335578-0.932821050066-0.4631216924170.561281479303-0.03072030984220.01182891361750.7936000656240.2225299086460.44392779908445.723521311330.0649498506115.970680861
89.77433273656-4.62908602202-6.332279676536.196361519554.581733553194.78741227902-0.362224720568-0.4964372230080.3141397335570.2865865756340.699969418295-0.269915375560.6827742021820.850768739273-0.3697700500770.4849693460840.039798917990.01641073870060.7255385524780.126935983340.37795918526258.499042725327.8016550236117.406394654
92.917489076751.252516693790.08015088319124.50660069984-1.142335245292.836949867840.0312652853385-0.0568737493881-0.4030243286320.135765571064-0.142356802014-0.3941679436180.559545712040.08855353812880.05779671755140.627825736289-0.1807396114530.05343273440060.234378750698-0.02626709880650.55739713749626.26275528032.54921408659148.671389584
102.906090441420.9735000455040.5298762112375.193505351710.005998232285041.16952597617-0.1652531476340.111655243519-0.687852275372-0.1158399009380.09952708814220.01783221631720.674150213746-0.1675727026190.01351357648790.775266844637-0.2357653064730.0446152599260.301892964579-0.04424952446290.68510889847821.6357628758-1.4592258413147.947750211
113.582941276980.417071174008-2.404938979080.444062545814-0.830677261282.52867852325-0.255327244657-0.0303902248852-0.407654005763-0.177165708037-0.200749144286-0.1287997345910.3048832741990.3539496113150.4660826327190.644433919681-0.0643919012494-0.01098591163140.421470162410.07245584432840.35793681140644.425611638513.4840210803137.337738907
124.415478961511.10546788194-0.5774528815044.98490389346-0.1260257768323.054042863090.0590060438839-0.134583328588-0.16691794760.752426282551-0.345586235376-0.169143802630.6062640036730.4870231809720.291033267420.730981893623-0.04874405872430.02045261064830.5063975485250.1155486463470.30087014307852.728557358719.5993625783136.922042944
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 1 through 18 )LA1 - 181 - 18
22chain 'L' and (resid 19 through 88 )LA19 - 8819 - 88
33chain 'L' and (resid 89 through 125 )LA89 - 12589 - 125
44chain 'L' and (resid 126 through 152 )LA126 - 152126 - 152
55chain 'L' and (resid 153 through 171 )LA153 - 171153 - 171
66chain 'L' and (resid 172 through 185 )LA172 - 185172 - 185
77chain 'L' and (resid 186 through 201 )LA186 - 201186 - 201
88chain 'L' and (resid 202 through 211 )LA202 - 211202 - 211
99chain 'H' and (resid 1 through 51 )HB1 - 511 - 51
1010chain 'H' and (resid 52 through 105 )HB52 - 10552 - 105
1111chain 'H' and (resid 106 through 140 )HB106 - 140106 - 140
1212chain 'H' and (resid 141 through 221 )HB141 - 221141 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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