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万見
- PDB-8c7s: Transcriptional pleiotropic repressor CodY from Staphylococcus au... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c7s
タイトルTranscriptional pleiotropic repressor CodY from Staphylococcus aureus in complex with Ile, GTP, and a 30-bp DNA fragment encompassing two overlapping binding sites
要素
  • (DNA (30-MER)) x 2
  • Global transcriptional regulator CodY (Fragment)
キーワードTRANSCRIPTION / GTP SENSING / PLEIOTROPIC TRANSCRIPTION REGULATOR / GTP / DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY, N-terminal / GTP-sensing helix-turn-helix, CodY, C-terminal / GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / CodY GAF-like domain / CodY helix-turn-helix domain / GAF-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ISOLEUCINE / DNA / DNA (> 10) / Global transcriptional regulator CodY
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Hainzl, T. / Sauer-Eriksson, A.E.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into CodY activation and DNA recognition.
著者: Hainzl, T. / Bonde, M. / Almqvist, F. / Johansson, J. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2023年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月15日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: DNA (30-MER)
N: DNA (30-MER)
A: Global transcriptional regulator CodY (Fragment)
B: Global transcriptional regulator CodY (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,36911
ポリマ－75,7724
非ポリマー1,5977
水1629
1
M: DNA (30-MER)
N: DNA (30-MER)
A: Global transcriptional regulator CodY (Fragment)
B: Global transcriptional regulator CodY (Fragment)
ヘテロ分子

M: DNA (30-MER)
N: DNA (30-MER)
A: Global transcriptional regulator CodY (Fragment)
B: Global transcriptional regulator CodY (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,73822
ポリマ－151,5448
非ポリマー3,19414
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.112, 104.112, 257.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 MN

#1: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9178.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#2: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9259.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Global transcriptional regulator CodY (Fragment)


分子量: 28666.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: codY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B0CMV4

-
非ポリマー , 4種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein, 140 microM, 20 mM TrisCl pH 8, 150 mM NaCl, 20 mM Ile, 2 mM GTP, 35 microM dsDNA, 3% DMSO Well, 150 mM ammoniumsulphate,100 mM MES pH 5.4, 23-25% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→44.7 Å / Num. obs: 16453 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 69.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 24.4 % / Rmerge(I) obs: 2.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1599 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.733 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→44.68 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 -5.04 %
Rwork0.214 --
obs-16453 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4018 1230 97 9 5354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7722194
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002758
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.150.40381470.35442537X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.260.3051240.27592563X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.390.39041410.27072543X-RAY DIFFRACTION99
3.39-3.550.32151170.26882575X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.730.28671370.2192585X-RAY DIFFRACTION100
3.73-3.970.26611290.20172556X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.270.19911150.18762580X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.70.2531400.17242571X-RAY DIFFRACTION100
4.7-5.380.25781400.1682558X-RAY DIFFRACTION100
5.38-6.770.24871550.1892543X-RAY DIFFRACTION100
6.78-44.680.1841490.15232538X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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