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万見
- PDB-8c7o: Unliganded transcriptional pleiotropic repressor CodY from Staphy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c7o
タイトルUnliganded transcriptional pleiotropic repressor CodY from Staphylococcus aureus
要素Global transcriptional regulator CodY
キーワードTRANSCRIPTION / GTP SENSING / PLEIOTROPIC TRANSCRIPTION REGULATOR / DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY, N-terminal / GTP-sensing helix-turn-helix, CodY, C-terminal / GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / CodY GAF-like domain / CodY helix-turn-helix domain / GAF-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Global transcriptional regulator CodY
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hainzl, T. / Sauer-Eriksson, A.E.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into CodY activation and DNA recognition.
著者: Hainzl, T. / Bonde, M. / Almqvist, F. / Johansson, J. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2023年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月15日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Global transcriptional regulator CodY
B: Global transcriptional regulator CodY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,63721
ポリマ－57,8492
非ポリマー1,78819
水1,76598
1
A: Global transcriptional regulator CodY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6569
ポリマ－28,9241
非ポリマー7318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Global transcriptional regulator CodY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,98112
ポリマ－28,9241
非ポリマー1,05711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.803, 163.852, 46.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Global transcriptional regulator CodY


分子量: 28924.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: codY, SAHV_1245 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7X1N2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein, 270 microM in 20 mM Tris-Cl pH 8, 200 mM NaCl, 1 mM DTT Well, 200 mM ammoniumsulphate, 100 mM NaAc pH4.6, 22-25% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.76 Å / Num. obs: 33429 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3376 / CC1/2: 0.44 / Rpim(I) all: 0.799 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 -5 %
Rwork0.213 --
obs-33428 99.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4018 0 94 98 4210
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 --
Rwork0.343 3376 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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