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- PDB-8c5k: HEX-1 (in cellulo, in situ) crystallized and diffracted in High F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5k
タイトルHEX-1 (in cellulo, in situ) crystallized and diffracted in High Five cells. Growth and SX data collection at 296 K on CrystalDirect plates
要素Woronin body major protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Woronin body / self-assembly / HEX-1 / in vivo
機能・相同性
機能・相同性情報


Woronin body / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / cell septum / translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hex1, S1 domain / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Woronin body major protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa OR74A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Lahey-Rudolph, J.M. / Schoenherr, R. / Boger, J. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Koenig, P. / Bourenkov, G. ...Lahey-Rudolph, J.M. / Schoenherr, R. / Boger, J. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Koenig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T. / Redecke, L.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Joachim Herz StiftungPhD scholarship ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC306 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A streamlined approach to structure elucidation using in cellulo crystallized recombinant proteins, InCellCryst.
著者: Schonherr, R. / Boger, J. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Konig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T.R. / Redecke, L.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Woronin body major protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1511
ポリマ－19,1511
非ポリマー00
水41423
1
A: Woronin body major protein

A: Woronin body major protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3012
ポリマ－38,3012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area1920 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.650, 58.650, 191.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-220-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Woronin body major protein


分子量: 19150.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 株: ATCC 24698 / 遺伝子: hex-1, NCU08332 / プラスミド: pFB1 / 詳細 (発現宿主): cyto / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P87252
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 % / 解説: hexagonal, spindle-like shape
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell
詳細: Infected with rBV HEX-1 and grown in High-Five cells in suspension culture, MOI 1

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.971 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→49.09 Å / Num. obs: 11210 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 246 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R split: 0.0586 / Net I/σ(I): 10.41
反射 シェル解像度: 2.16→2.237 Å / 冗長度: 68 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1066 / CC1/2: 0.595 / CC star: 0.864 / R split: 0.871 / % possible all: 99.72
Serial crystallography sample delivery解説: CrystalDirect plate (96 well) / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: in cellulo in situ growth
詳細: 90 degree mounting of Crystal Direct plate on goniometer, well polymer foil coating with D-lys
Sample dehydration prevention: crystallization foil seal / Sample holding: CrystalDirect / Sample solvent: ESF921 insect cell medium with 25% FBS / Support base: goniometer
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 91354 / Frames indexed: 55640 / Frames total: 595419 / Lattices indexed: 57052

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158-000精密化
CrystFEL0.10.0データスケーリング
Coot0.9.7モデル構築
PHASER1.19.2-4158-000位相決定
CrystFEL0.9.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1khi

1khi


解像度: 2.16→49.09 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 1120 9.99 %
Rwork0.1816 --
obs0.1866 11208 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 0 0 23 1116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2631518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.318153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011196
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork
2.16-2.260.34371340.31011216
2.26-2.380.27861339.990.26571200
2.38-2.530.32221370.23971230
2.53-2.720.27051370.22331236
2.72-2.990.27361390.20461247
3-3.430.2671400.19611261
3.43-4.320.20671440.15271291
4.32-49.090.19181560.1531407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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