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- PDB-8c51: Trypanosoma brucei IMP dehydrogenase (cyto) crystallized in High ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c51
タイトルTrypanosoma brucei IMP dehydrogenase (cyto) crystallized in High Five cells revealing native ligands ATP, GDP and phosphate. Diffraction data collection at 100 K in cellulo
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードTRANSFERASE / IMP dehydrogenase / purine biosynthetic enzyme / native cofactors
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase / glycosome / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lahey-Rudolph, J.M. / Schoenherr, R. / Boger, J. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Koenig, P. / Bourenkov, G. ...Lahey-Rudolph, J.M. / Schoenherr, R. / Boger, J. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Koenig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T. / Redecke, L.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research05K18FLA, InCellSX ドイツ
Joachim Herz StiftungPhD scholarship ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC306 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A streamlined approach to structure elucidation using in cellulo crystallized recombinant proteins, InCellCryst.
著者: Schonherr, R. / Boger, J. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Konig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T.R. / Redecke, L.
履歴
登録2023年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2198
ポリマ－111,1292
非ポリマー2,0916
水1,13563
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,87832
ポリマ－444,5158
非ポリマー8,36324
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area45530 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area131240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.750, 205.750, 92.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-729-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.499849396732, -0.866084647687, -0.00692557782897), (-0.866089505772, -0.49987830009, 0.00326390723311), (-0.00628876601835, 0.00436670821762, -0.999970691211) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.499849396732, -0.866084647687, -0.00692557782897), (-0.866089505772, -0.49987830009, 0.00326390723311), (-0.00628876601835, 0.00436670821762, -0.999970691211)
ベクター: 89.0664859815, 154.470840524, 12.4839386356)

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 55564.375 Da / 分子数: 2
変異: T488S; C-terminal A expression tag insertion, and deletion of C-terminal SKL, N-terminal Gly expression tag insertion,
由来タイプ: 組換発現
詳細: sequence lacking SKL transport signal for targeting the peroxysome, thus cytoplasmic construct. Cloning-derived G and A artefacts at N- and C-termini
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
組織: Glycosome / プラスミド: IMPDH cyto / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 参照: UniProt: P50098, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: thick needles with a square base
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell
詳細: in cellulo rBV IMPDH cyto (MOI 1) infected High Five cells, adhesion culture.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→77.82 Å / Num. obs: 77541 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 1797 % / CC1/2: 0.9973 / CC star: 0.9993 / R split: 0.0862 / Net I/σ(I): 10.06
反射 シェル解像度: 2.399→2.456 Å / 冗長度: 1018 % / Mean I/σ(I) obs: 1.809 / Num. unique obs: 5119 / CC1/2: 0.2331 / CC star: 0.6149 / R split: 0.089 / % possible all: 99.32
Serial crystallography sample delivery解説: micro-mesh / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target詳細: semi-automated cryo-cooling procedure / Motion control: MD3-diffractometer
Sample dehydration prevention: 90 % humidity air stream during blotting
Sample holding: mesh / Sample solvent: ESF921 cell culture medium / Sample unit size: 25 µm / Support base: goniometer
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 75741 / Frames total: 96949 / Lattices indexed: 82831

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
CrystFELCrystFEL 0.10.1データ削減
CrystFELCrystFEL 0.9.1データスケーリング
Coot0.9.7モデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JCN

1jcn


解像度: 2.4→72.74 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2404 1120 1.44 %1
Rwork0.2252 ---
obs0.2254 77524 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→72.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6737 0 128 63 6928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6249549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.979991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411099
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.510.42531360.39279381X-RAY DIFFRACTION99
2.51-2.640.34361380.35879414X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.810.37981390.33459435X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.020.31051390.30119478X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.330.33631400.27089507X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.810.23781400.2219554X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.80.17711420.18259642X-RAY DIFFRACTION100
4.8-72.740.19421460.18099993X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86190.60730.57191.37540.22531.15370.001-0.1828-0.02090.0576-0.0159-0.04280.05330.000600.6730.0660.06550.62920.05790.631424.564289.3944-19.8474
20.8617-0.68651.111.0237-0.57550.69840.0238-0.1780.24470.0879-0.0219-0.44820.10490.1628-0.00010.90960.0935-0.0160.83820.04880.847653.551992.0169-0.406
31.75240.25980.65672.7492-0.05231.5975-0.01490.18670.1107-0.1076-0.2825-0.20370.06010.1938-0.00020.82970.14610.0150.93370.11510.82960.500279.52710.1781
42.41071.11710.19291.2372-0.61011.0249-0.05630.06350.11420.25390.0139-0.37450.00940.3255-0.00030.66150.0485-0.03720.72410.03360.728641.6714102.6847-19.2778
51.47050.15550.97742.03220.05680.8875-0.17660.02050.04490.0123-0.0259-0.19120.1140.489-0.00010.57050.0338-0.00660.66690.02520.640925.5354102.6017-25.0042
62.03140.69341.27570.71790.14650.93040.1172-0.3322-0.03270.3216-0.10590.07090.2172-0.1996-0.00010.72520.0440.03260.71110.06430.679121.667989.3799-12.3996
71.0116-0.0375-0.14222.31090.70461.01680.12610.1343-0.1415-0.1351-0.1105-0.11420.0443-0.0510.00190.63610.03110.05260.66350.03620.647124.105488.501532.5792
82.3427-0.4238-0.87210.54860.04451.2031-0.0921-0.0161-0.03960.0672-0.040.07680.28740.0458-0.00060.93550.12870.08590.84180.01460.75246.139162.065312.7085
90.4884-0.31570.3491.42820.26521.34710.13090.1152-0.4884-0.236-0.106-0.24490.2991-0.0582-0.00020.84410.02660.05430.7426-0.05240.773526.885966.643227.5547
100.9844-1.2442-0.52482.94380.76631.6421-0.1042-0.0171-0.1544-0.0010.1140.02190.2133-0.02510.00010.70020.00590.04550.58910.00930.696514.168673.698537.194
111.3801-0.2681-0.14860.84860.69010.5483-0.21530.1952-0.0591-0.24520.0447-0.12220.3031-0.270.00020.650.06570.08070.68920.03330.686619.584586.227330.2523
120.36840.03610.08791.71770.95631.5272-0.16750.1818-0.0389-0.41960.1828-0.0067-0.11220.4478-0.00040.78420.02740.05270.73640.05160.653323.183792.033224.5967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 92 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 226 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 227 through 300 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 301 through 363 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 364 through 493 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 92 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 93 through 226 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 227 through 260 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 261 through 350 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 351 through 385 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 386 through 493 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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