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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8btt | ||||||
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タイトル | Structure of human RTCB | ||||||
![]() | RNA-splicing ligase RtcB homolog | ||||||
![]() | LIGASE / human / tRNA splicing | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / : / tRNA-splicing ligase complex / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / vinculin binding / tRNA processing in the nucleus / placenta development / nuclear envelope / in utero embryonic development ...3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / : / tRNA-splicing ligase complex / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / vinculin binding / tRNA processing in the nucleus / placenta development / nuclear envelope / in utero embryonic development / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kopp, J. / Gerber, J.L. / Peschek, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic insights into activation of the human RNA ligase RTCB by Archease. 著者: Gerber, J.L. / Morales Guzman, S.I. / Worf, L. / Hubbe, P. / Kopp, J. / Peschek, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 465.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 318.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8btxC ![]() 8odoC ![]() 8odpC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58386.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y3I0, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein: 125 uM in 25 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 10 % glycerol, 1mM TCEP, 2 mM manganese chloride reservoir: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 15 % PEG 4000 drop: 800 nl protein + 600 nl reservoir |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→48.22 Å / Num. obs: 33777 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 62.63 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4030 / CC1/2: 0.348 / Rpim(I) all: 0.875 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Alphafold model for Q9Y3I0 解像度: 2.6→48.22 Å / SU ML: 0.3198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8877 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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