PDB-8btt: Structure of human RTCB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8btt

タイトル

Structure of human RTCB

要素

RNA-splicing ligase RtcB homolog

キーワード

LIGASE / human / tRNA splicing

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA exon ligation / tRNA-splicing ligase complex / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / vinculin binding / tRNA processing in the nucleus / IRE1-mediated unfolded protein response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kopp, J. / Gerber, J.L. / Peschek, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic insights into activation of the human RNA ligase RTCB by Archease.
著者: Gerber, J.L. / Morales Guzman, S.I. / Worf, L. / Hubbe, P. / Kopp, J. / Peschek, J.

履歴

登録	2022年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8btt.cif.gz	465.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8btt.ent.gz	318.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8btt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8btt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8btt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8btxC 8odoC 8odpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-splicing ligase RtcB homolog

B: RNA-splicing ligase RtcB homolog

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
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1

A: RNA-splicing ligase RtcB homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric
58.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RNA-splicing ligase RtcB homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric
58.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	215.640, 215.640, 46.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4
Space group name Hall	I4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	RNA-splicing ligase RtcB homolog / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase 分子量: 58386.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTCB, C22orf28, HSPC117 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y3I0, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein: 125 uM in 25 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 10 % glycerol, 1mM TCEP, 2 mM manganese chloride reservoir: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 15 % PEG 4000 drop: 800 nl protein + 600 nl reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.22 Å / Num. obs: 33777 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 62.63 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.184 / R_pim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4030 / CC_1/2: 0.348 / R_pim(I) all: 0.875

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20210205	データ削減
Aimless	1.12.10	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold model for Q9Y3I0

解像度: 2.6→48.22 Å / SU ML: 0.3198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8877
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	1722	5.1 %
R_work	0.1992	32049	-
obs	0.202	33771	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7490	0	2	37	7529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	7628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5171	10296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1134
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1352
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4215	2821

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.68	0.3547	155	0.294	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.76	0.3298	148	0.2728	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.86	0.338	135	0.2887	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.86-2.98	0.3288	146	0.2541	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.11	0.3115	153	0.2527	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.28	0.2637	149	0.2217	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.48	0.2922	132	0.2134	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.48-3.75	0.2782	152	0.1876	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.13	0.227	124	0.1748	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.72	0.2099	149	0.1605	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.72-5.95	0.2392	145	0.1902	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.95-48.22	0.2231	134	0.186	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.66569708141	-0.683513643647	0.254032128766	0.779544780769	-0.796183162819	1.00419329277	-0.0537444705408	-0.132178186318	0.555671689049	0.248875923168	0.0484344177441	-0.509393640479	-0.365353188455	0.428484385527	3.12280579507E-6	0.837789993991	-0.127294059188	0.0941351659303	0.712081455959	0.000485724203937	1.21432102826	148.649789842	81.727430996	-8.40063939937
2	2.95296671336	-0.211306656883	-0.310844273305	1.86100550672	-0.261755861902	0.987539357674	0.0290565357925	-0.280207883564	0.273430489422	0.110827547849	0.0090124750016	-0.220122418255	-0.220818763285	-0.0528668631728	0.000444982020671	0.625612098671	0.0325974140494	-0.0397845765133	0.585444999741	-0.167283591113	0.510904379682	128.807355259	67.4821768887	1.92783519929
3	1.88842850993	0.153147378868	-0.874143707834	1.55796173141	0.0122127962896	0.394547447672	0.0208951526147	-0.0190112227443	-0.377005416773	0.156083307435	0.0698865171088	0.0298078725463	0.0576649034384	-0.0215284308962	3.86495612736E-5	0.594901569673	0.0302450507589	-0.0542451797915	0.593742114711	-0.0848392778267	0.413696304328	124.76788359	55.7835264496	4.87563467502
4	2.86576535633	0.214131749404	-1.41520621161	2.73826228688	-0.416741178082	0.701672908743	-0.120101741452	-0.00654042501592	0.283025161784	0.257311952165	0.12071791343	0.3588170499	-0.438184130197	-0.101733464029	0.000186047998154	0.575904825052	0.100243546035	0.00185228503076	0.642943093095	-0.0647426867508	0.586467035797	115.265777987	72.2140063742	-2.32866399061
5	0.475961950515	0.674042931543	0.201420353699	1.38281510708	-0.568212409795	1.54696248843	0.175151336882	-0.914141951107	0.299869459516	0.481263045554	-0.150337992324	-0.724162464543	-0.11574038496	0.359085570512	-1.4025268563E-5	0.637727304004	0.0495580144686	-0.169442723504	0.744937290783	-0.157218271387	0.946882781519	146.779374807	62.4587988653	7.7267742934
6	2.78651768321	-0.354114820121	-0.256081721609	1.97139108779	-0.257231579434	1.05598233227	0.0500929605382	0.0698455040091	0.477182001854	-0.136061824248	0.0773330778783	-0.177099047481	-0.210198500102	-0.115859648097	-0.00202155427481	0.434613367018	-0.00346763170112	0.00193807634718	0.397545069548	-0.0731730043811	0.36199086413	123.798720675	69.3521265466	-4.23501229243
7	2.35931746961	0.268789157522	-0.522228095928	1.39849436787	-0.879747809583	0.881551393174	-0.214856947018	0.22668196011	-0.260871438809	0.0681975905493	0.0326783953437	0.197714328839	0.308695011221	-0.445180423453	5.33339212862E-5	0.602298991343	-0.0507989145634	0.116096754114	0.602466748493	0.0350318047206	0.685071272143	63.6588339514	24.9989987765	8.97771257069
8	1.63836607777	0.222864229687	0.099673053676	1.01600045981	0.454597376091	0.809256463038	-0.11119936971	-0.414054312057	-0.701212739339	0.528176634477	0.171816818616	-0.0200140241676	0.426348400723	0.104722507529	0.000365538433686	0.696608833454	-0.000634913699265	0.0662839614112	0.618909356366	0.0802575442358	0.741970425077	72.3029936041	22.9468573069	9.80466309226
9	1.71745353016	1.19685642792	-0.941546645917	2.27245883027	0.120054430689	0.646703917828	0.14945216138	-0.0446691662462	0.0912687918826	0.00365512212179	-0.00310380597182	0.235343460354	0.0107128494835	0.0283100820486	1.42322959316E-5	0.578643545183	0.0402958908094	0.0747517460608	0.630944069229	0.0614012133587	0.497802408206	79.5764389947	39.0068800253	6.59864819772
10	0.729927326107	0.539795216061	-0.198200730424	0.359582686717	-0.0984870624566	0.0240425940015	-0.0749585591651	-1.02086940271	-0.364236751395	0.859380328308	0.399531935709	-1.6619425898	0.125590434874	0.8925664681	-2.01887354112E-5	0.854157971711	-0.0135212005925	-0.257693550605	0.835379180989	0.155681766473	1.18990121419	109.457797232	37.3885324309	12.7443520898
11	1.75102064774	0.209828237728	-0.448380033277	1.51273016297	-0.474341348554	0.249631173724	0.0774494412901	0.450971453432	0.917709747041	0.311704561349	0.0476956011335	0.0986852227676	-0.103731756301	-0.0462236981803	5.32107471101E-5	0.654460311329	-0.0245132963781	0.0563308693234	0.637687858169	0.0398601193158	0.717908502246	93.7135715361	55.0528119585	8.01331073179
12	4.08788487984	0.403916928008	-0.552899575456	2.95135622289	0.00682549843721	0.0689077020072	0.0554102315687	-0.196135394919	-0.565473036477	0.187573418475	0.123347237294	-0.723768329345	0.232416008521	0.222946502194	0.000246942036755	0.643956162752	-0.0185394450871	-0.00432986997366	0.627002118214	0.087656057731	0.612762874211	98.5602726472	37.2937668761	5.95935013432
13	0.510192229223	0.388612213839	0.322505857058	0.287587844067	0.0846019916954	1.01939661713	0.272723265086	-0.79147250225	0.451710828455	0.710686489422	-0.100689133441	0.419442101276	-0.3287181461	-0.193500830289	0.00018133832567	0.866954886018	-0.0726097916136	0.250567803825	0.726273766364	0.0320996926034	0.884950233873	71.4634018992	45.7898907066	19.2529209522
14	1.05283553012	0.769189701545	-0.228299839893	2.30025949994	0.331571064414	0.58282892906	-0.0196241197067	0.0485617688594	0.0246764400925	0.0643078373673	0.0461784692882	-0.100705019184	-0.0259336980324	0.146567692914	8.39523084308E-6	0.576713628444	-0.0364409558405	0.0521535523441	0.622632965554	0.0395353142662	0.487930029802	94.7524878564	45.8631689985	6.08339150762
15	2.17721826606	0.85667301877	-1.17363792515	2.01858717005	0.385332487327	1.6316098681	-0.0756095719701	0.733846766799	-0.195707796483	-0.392102217932	0.14038880917	0.149436225441	0.0940799020075	-0.0827879240414	-0.000173365882049	0.624372784396	-0.0425081894055	0.0284726753412	0.782538015964	0.0481378056872	0.523026169435	84.1124638314	38.6594208352	-4.19831141727
16	1.71176610241	1.83728386101	-0.176098982786	2.14262921625	0.16285698869	0.603196273127	-0.255336543805	-0.552517556678	-0.709120469459	0.353153693346	0.0820133406861	-0.642648963691	0.0158306214398	-0.191644009586	-0.00386926587486	0.660914140837	0.0318727087459	0.047830359661	0.571731300737	0.0635376598109	0.680003577484	94.4257021433	25.8581592719	7.48417075966

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -9 through 55 )	A	A	-9 - 55	1 - 65
2	2	chain 'A' and (resid 56 through 182 )	A	A	56 - 182	66 - 187
3	3	chain 'A' and (resid 183 through 215 )	A	A	183 - 215	188 - 220
4	4	chain 'A' and (resid 216 through 262 )	A	A	216 - 262	221 - 267
5	5	chain 'A' and (resid 263 through 300 )	A	A	263 - 300	268 - 305
6	6	chain 'A' and (resid 301 through 505 )	A	A	301 - 505	306 - 490
7	7	chain 'B' and (resid -7 through 32 )	B	C	-7 - 32	1 - 40
8	8	chain 'B' and (resid 33 through 74 )	B	C	33 - 74	41 - 78
9	9	chain 'B' and (resid 75 through 132 )	B	C	75 - 132	79 - 136
10	10	chain 'B' and (resid 133 through 164 )	B	C	133 - 164	137 - 162
11	11	chain 'B' and (resid 165 through 208 )	B	C	165 - 208	163 - 206
12	12	chain 'B' and (resid 209 through 262 )	B	C	209 - 262	207 - 260
13	13	chain 'B' and (resid 263 through 300 )	B	C	263 - 300	261 - 298
14	14	chain 'B' and (resid 301 through 363 )	B	C	301 - 363	299 - 361
15	15	chain 'B' and (resid 364 through 422 )	B	C	364 - 422	362 - 420
16	16	chain 'B' and (resid 423 through 505 )	B	C	423 - 505	421 - 484

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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