PDB-8bqc: CjCel5B endo-glucanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bqc

タイトル

CjCel5B endo-glucanase

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate / cellulase

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cellvibrio japonicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: A Multiplexing Activity-Based Protein-Profiling Platform for Dissection of a Native Bacterial Xyloglucan-Degrading System.
著者: McGregor, N.G.S. / de Boer, C. / Foucart, Q.P.O. / Beenakker, T. / Offen, W.A. / Codee, J.D.C. / Willems, L.I. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2022年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bqc.cif.gz	129.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bqc.ent.gz	96.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bn7C 8bqaC 8bqbC 8oz1C 1tvnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoglucanase

33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.339, 53.481, 63.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.746, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endoglucanase 分子量: 33519.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (バクテリア) 遺伝子: cel5B, CJA_2983 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3PCS3, cellulase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 % / 解説: Plate clusters
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PS: 10 mg/mL in 5 mM Na-MOPS pH 7.5, 25 mM NaCl 1:1 with WS containing 0.2 M LiCl, 20% PEG3350 PH範囲: 5.5-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→42.05 Å / Num. obs: 35379 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 2.693 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1983 / CC_1/2: 0.32 / R_pim(I) all: 1.093 / R_rim(I) all: 2.91 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1tvn

1tvn

解像度: 1.57→42.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.909 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2267	1760	4.981 %	0.05
R_work	0.1839	33573	-	-
all	0.186	-	-	-
obs	-	35333	88.374 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.864 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.38 Å²	-0 Å²	0.257 Å²
2-	-	0.404 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.629 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→42.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2290	0	0	247	2537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.011	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.628	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.479	1.557	4831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.297	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.047	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.406	10	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.731	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.117	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.079	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.179	1.924	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.179	1.924	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.651	2.88	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.652	2.883	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.743	2.062	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.727	2.062	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.584	3.04	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.583	3.042	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.506	26.346	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.401	25.545	2818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.61	0.342	160	0.325	2731	X-RAY DIFFRACTION	98.7363
1.61-1.654	0.303	159	0.308	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.789
1.654-1.701	0.28	153	0.29	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.9644
1.701-1.754	0.273	107	0.27	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.963
1.754-1.811	0.276	131	0.243	2495	X-RAY DIFFRACTION	99.9239
1.811-1.875	0.275	111	0.233	2407	X-RAY DIFFRACTION	99.9206
1.875-1.945	0.353	37	0.355	504	X-RAY DIFFRACTION	21.8498
1.945-2.024	0.266	113	0.211	1893	X-RAY DIFFRACTION	85.5437
2.024-2.114	0.313	68	0.205	1374	X-RAY DIFFRACTION	63.4404
2.114-2.217	0.205	72	0.181	2088	X-RAY DIFFRACTION	99.9537
2.217-2.337	0.253	66	0.171	1384	X-RAY DIFFRACTION	69.9469
2.337-2.478	0.219	112	0.168	1830	X-RAY DIFFRACTION	99.8971
2.478-2.648	0.28	76	0.161	1765	X-RAY DIFFRACTION	99.8915
2.648-2.86	0.184	83	0.151	1325	X-RAY DIFFRACTION	81.4344
2.86-3.131	0.214	76	0.167	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.131-3.498	0.169	69	0.176	1133	X-RAY DIFFRACTION	82.7254
3.498-4.035	0.215	64	0.15	899	X-RAY DIFFRACTION	76.7331
4.035-4.93	0.199	44	0.124	1046	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.925	0.152	40	0.137	812	X-RAY DIFFRACTION	100
6.925-42.05	0.123	19	0.134	473	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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