PDB-8oz1: CjCel5D endo-xyloglucanase bounc to CB665 covalent inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oz1

タイトル

CjCel5D endo-xyloglucanase bounc to CB665 covalent inhibitor

要素

Cellulase, putative, cel5D

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate / inhibitor / covalent / xyloglucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / de Boer, C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: A Multiplexing Activity-Based Protein-Profiling Platform for Dissection of a Native Bacterial Xyloglucan-Degrading System.
著者: McGregor, N.G.S. / de Boer, C. / Foucart, Q.P.O. / Beenakker, T. / Offen, W.A. / Codee, J.D.C. / Willems, L.I. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2023年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oz1.cif.gz	411.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oz1.ent.gz	255.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8oz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8oz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bn7C 8bqaC 8bqbC 8bqcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cellulase, putative, cel5D

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.360, 57.132, 65.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.528, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Cellulase, putative, cel5D

分子量: 44396.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)
遺伝子: cel5D, CJA_3010 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3PD52, cellulase

#5: 糖

ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 426分子

#2: 化合物	ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-RBH / ~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R})-2-(hydroxymethyl)-4,5,6-tris(oxidanyl)oxan-3-yl]-2-oxidanyl-ethanamide 分子量: 395.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₇N₄O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-YLL / (1R,2S,3S,4S,5R,6R)-6-(HYDROXYMETHYL)CYCLOHEXANE-1,2,3,4,5-PENTOL 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20 mg/mL enzyme in 50 mM NaPi pH 7.0 mixed 1:1 with 0.1 M MIB buffer, pH 4, 25% PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→51.78 Å / Num. obs: 91883 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.149 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3497 / CC_1/2: 0.577 / R_pim(I) all: 0.542 / % possible all: 75.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→51.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 2.204 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1691	4537	4.939 %	Random selection
R_work	0.1344	87325	-	-
all	0.136	-	-	-
obs	-	91862	97.103 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.393 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.888 Å²	0 Å²	0.919 Å²
2-	-	-1.644 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→51.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2954	0	38	424	3416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.011	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.644	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.733	1.569	6487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.916	5	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.304	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.464	10	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.515	10	161
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	763
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	2663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.118	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.282	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.084	1.663	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.084	1.663	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.61	3.002	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.622	3.006	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.503	1.884	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.503	1.884	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.182	3.366	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.182	3.366	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.931	18.631	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.689	16.74	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.329	3	5939

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.278	273	0.261	5089	X-RAY DIFFRACTION	77.0181
1.334-1.37	0.246	294	0.229	5677	X-RAY DIFFRACTION	87.8993
1.37-1.41	0.22	295	0.203	6070	X-RAY DIFFRACTION	96.2498
1.41-1.453	0.203	315	0.168	6022	X-RAY DIFFRACTION	99.124
1.453-1.501	0.182	317	0.134	5922	X-RAY DIFFRACTION	99.8719
1.501-1.554	0.167	272	0.12	5737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.554-1.612	0.155	311	0.104	5495	X-RAY DIFFRACTION	99.9828
1.612-1.678	0.147	264	0.106	5313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.752	0.172	256	0.106	5114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.752-1.838	0.16	247	0.1	4889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.838-1.937	0.155	249	0.117	4652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-2.055	0.168	254	0.125	4353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.055-2.196	0.171	225	0.124	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.196-2.372	0.152	207	0.119	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.598	0.154	199	0.107	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.598-2.903	0.139	160	0.117	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.903-3.351	0.157	142	0.136	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.351-4.099	0.152	123	0.139	2427	X-RAY DIFFRACTION	100
4.099-5.779	0.187	79	0.16	1897	X-RAY DIFFRACTION	100
5.779-51.78	0.24	55	0.188	1078	X-RAY DIFFRACTION	99.5606

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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