PDB-8bqb: CjCel5C endo-glucanase bound to CB396 covalent inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bqb

タイトル

CjCel5C endo-glucanase bound to CB396 covalent inhibitor

要素

Cellulase, putative, cel5C

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate / inhibitor / covalent / cellulase

機能・相同性

cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / Glycoside hydrolase superfamily / beta-D-glucopyranose / Chem-YLL / Cellulase, putative, cel5C

機能・相同性情報

生物種

Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / de Boer, C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: A Multiplexing Activity-Based Protein-Profiling Platform for Dissection of a Native Bacterial Xyloglucan-Degrading System.
著者: McGregor, N.G.S. / de Boer, C. / Foucart, Q.P.O. / Beenakker, T. / Offen, W.A. / Codee, J.D.C. / Willems, L.I. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2022年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bqb.cif.gz	390.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bqb.ent.gz	314 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bn7C 8bqaC 8bqcC 8oz1C 4htyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellulase, putative, cel5C

B: Cellulase, putative, cel5C

C: Cellulase, putative, cel5C

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cellulase, putative, cel5C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cellulase, putative, cel5C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cellulase, putative, cel5C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.441, 176.159, 115.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	9 - 336	9 - 336
2	1	1	GLU	GLU	9 - 336	9 - 336
3	2	2	GLU	GLU	9 - 336	9 - 336
4	2	2	GLU	GLU	9 - 336	9 - 336
5	3	3	ASN	ASN	9 - 337	9 - 337
6	3	3	ASN	ASN	9 - 337	9 - 337

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質

Cellulase, putative, cel5C

分子量: 40201.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)
遺伝子: cel5C / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3PF55

#2: 化合物

ChemComp-YLL / (1R,2S,3S,4S,5R,6R)-6-(HYDROXYMETHYL)CYCLOHEXANE-1,2,3,4,5-PENTOL

分子量: 194.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 % / 解説: Plate clusters
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PS: 12 mg/mL in 20 mM MOPS 7.5, 50 mM NaCl 1.5:1 with WS containing 30% MPD, 6% PEG4000, with seeding from higher [PEG] crystals. Soaked with ligand overnight. PH範囲: 7.5-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→102.72 Å / Num. obs: 33580 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.352 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.369 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 2.98 / Num. unique obs: 1744 / CC_1/2: 0.377 / R_pim(I) all: 0.948 / R_rim(I) all: 3.131 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HTY

4hty

解像度: 2.701→102.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 14.439 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2243	1688	5.043 %	0.05
R_work	0.1851	31785	-	-
all	0.187	-	-	-
obs	-	33473	93.492 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.418 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.298 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.679 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.618 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.701→102.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8043	0	69	22	8134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	8378
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.642	11396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.447	1.563	16750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.914	5	986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.177	5	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.27	10	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.095	10	435
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	6811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.855	4.856	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.854	4.857	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.708	7.262	4936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.708	7.262	4937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.654	4.979	4425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.654	4.979	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.395	7.374	6460
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.395	7.374	6461
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.084	58.266	9646
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.083	58.266	9647
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.06	0.05	11605
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.055	0.05	11678
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.061	0.05	11637

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05967	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05967	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05523	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05523	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06117	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06117	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.701-2.771	0.379	119	0.323	2383	X-RAY DIFFRACTION	95.8988
2.771-2.847	0.329	117	0.292	2424	X-RAY DIFFRACTION	99.9213
2.847-2.929	0.32	146	0.278	2349	X-RAY DIFFRACTION	99.9599
2.929-3.019	0.296	115	0.264	2277	X-RAY DIFFRACTION	99.8747
3.019-3.118	0.301	103	0.23	2238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.118-3.228	0.258	109	0.229	2151	X-RAY DIFFRACTION	99.9558
3.228-3.349	0.278	121	0.223	2052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.349-3.486	0.273	51	0.216	984	X-RAY DIFFRACTION	49.0289
3.486-3.641	0.256	95	0.191	1925	X-RAY DIFFRACTION	99.8517
3.641-3.818	0.216	81	0.173	1290	X-RAY DIFFRACTION	70.4522
3.818-4.024	0.203	58	0.154	1236	X-RAY DIFFRACTION	70.1735
4.024-4.268	0.19	103	0.137	1659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.268-4.562	0.171	86	0.127	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
4.562-4.927	0.189	77	0.134	1472	X-RAY DIFFRACTION	100
4.927-5.396	0.153	80	0.129	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
5.396-6.031	0.193	64	0.14	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
6.031-6.96	0.208	61	0.152	1085	X-RAY DIFFRACTION	100
6.96-8.514	0.169	41	0.13	945	X-RAY DIFFRACTION	100
8.514-12	0.141	38	0.114	741	X-RAY DIFFRACTION	100
12-102.72	0.166	23	0.3	445	X-RAY DIFFRACTION	99.5745

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)