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- PDB-8bpx: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8bpx
タイトルCryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Complete composition)
要素
  • (Acyl carrier protein ...) x 2
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 6
  • (Gamma carbonic anhydrase ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 6
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 6
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 8
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 2
  • (Probable mitochondrial-processing peptidase subunit ...) x 2
  • (Uncharacterized protein ...) x 2
  • 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily protein
  • AT2G31490 protein
  • At1g67350
  • At2g46540/F11C10.23
  • At4g16450
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial
  • ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
  • Excitatory amino acid transporter
  • Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
  • Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial
  • Transmembrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Plant / Mitochondria / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid outer membrane / anther dehiscence / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / vegetative to reproductive phase transition of meristem / chloroplast outer membrane / cold acclimation / mitochondrial processing peptidase / plant-type cell wall / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / P450-containing electron transport chain ...plastid outer membrane / anther dehiscence / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / vegetative to reproductive phase transition of meristem / chloroplast outer membrane / cold acclimation / mitochondrial processing peptidase / plant-type cell wall / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / P450-containing electron transport chain / photorespiration / protein insertion into mitochondrial inner membrane / embryo development ending in seed dormancy / NADH dehydrogenase complex / response to abscisic acid / plant-type vacuole / vacuole / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / cobalt ion binding / quinol-cytochrome-c reductase activity / response to osmotic stress / regulation of reactive oxygen species metabolic process / plastid / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / porin activity / pore complex / ubiquinone binding / protein homotrimerization / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / monoatomic ion transport / response to salt stress / proton transmembrane transport / aerobic respiration / chloroplast / respiratory electron transport chain / carbonate dehydratase activity / electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial outer membrane / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / copper ion binding / heme binding / nucleolus / protein homodimerization activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / At2g27730-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / : / : ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / At2g27730-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Hexapeptide repeat / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Chem-8Q1 / CARDIOLIPIN / CROTONYL COENZYME A / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Chem-PC7 ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Chem-8Q1 / CARDIOLIPIN / CROTONYL COENZYME A / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Chem-PC7 / Chem-PGT / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-Q7G / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-UQ5 / UBIQUINONE-7 / Ubiquinone-9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7-2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A / Acyl carrier protein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / Cytochrome b / Acyl carrier protein 1, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / Cytochrome b-c1 complex subunit 6-1, mitochondrial / Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial / At4g16450 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / Uncharacterized protein At1g67785 / Transmembrane protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Excitatory amino acid transporter / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske-1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / At1g67350 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8-1, mitochondrial / At2g31490 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein / Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily protein / At2g46540/F11C10.23 / Probable mitochondrial-processing peptidase subunit alpha-1, mitochondrial / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Klusch, N. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the respiratory I + III supercomplex from Arabidopsis thaliana at 2 Å resolution.
著者: Niklas Klusch / Maximilian Dreimann / Jennifer Senkler / Nils Rugen / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis ...Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis respiratory supercomplex consisting of complex I and a complex III dimer, with a total of 68 protein subunits and numerous bound cofactors. A complex I-ferredoxin, subunit B14.7 and P9, a newly defined subunit of plant complex I, mediate supercomplex formation. The component complexes stabilize one another, enabling new detailed insights into their structure. We describe (1) an interrupted aqueous passage for proton translocation in the membrane arm of complex I; (2) a new coenzyme A within the carbonic anhydrase module of plant complex I defining a second catalytic centre; and (3) the water structure at the proton exit pathway of complex III with a co-purified ubiquinone in the Q site. We propose that the main role of the plant supercomplex is to stabilize its components in the membrane.
履歴
登録2022年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3
D: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
G: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
O: 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily protein
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
T: Acyl carrier protein 1, mitochondrial
U: Acyl carrier protein 2, mitochondrial
V: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
X: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
Y: Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
b: At2g46540/F11C10.23
c: Transmembrane protein
d: Excitatory amino acid transporter
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B
f: At4g16450
g: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
i: At1g67350
j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A
l: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
m: AT2G31490 protein
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B
q: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
u: Uncharacterized protein At1g67785
v: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
x: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
y: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial
z: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial
AA: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit alpha-1, mitochondrial
AB: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial
AC: Cytochrome b
AD: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske-1, mitochondrial
AE: Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial
AF: Cytochrome b-c1 complex subunit 7-2, mitochondrial
AG: Cytochrome b-c1 complex subunit 8-1, mitochondrial
AH: Cytochrome b-c1 complex subunit 6-1, mitochondrial
AI: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
AJ: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
BA: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit alpha-1, mitochondrial
BB: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial
BC: Cytochrome b
BD: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske-1, mitochondrial
BE: Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial
BF: Cytochrome b-c1 complex subunit 7-2, mitochondrial
BG: Cytochrome b-c1 complex subunit 8-1, mitochondrial
BH: Cytochrome b-c1 complex subunit 6-1, mitochondrial
BI: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
BJ: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,641,254158
ポリマ－1,575,18367
非ポリマー66,07191
水87,0854834
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 AHJKLMN

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13969.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P92533, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 36020.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P92558, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 23690.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P60497, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 11193.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q04614, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 74497.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P29388, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 55995.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P93313, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#14: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 55486.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O05000, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 8種, 8分子 BCDGIQRe

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial


分子量: 24071.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42577, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / NADH dehydrogenase subunit 9


分子量: 22910.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q95748, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / NADH dehydrogenase subunit 7


分子量: 45062.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P93306, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1467


分子量: 81619.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FGI6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial


分子量: 25536.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42599, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Protein FROSTBITE1


分子量: 17160.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FJW4
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 12251.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M9M6
#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B


分子量: 9914.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LZI6

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 EF

#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial


分子量: 28423.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22769, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 53522.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FNN5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
タンパク質 , 12種, 14分子 OYbcdfgimxACBCAEBE

#15: タンパク質 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily protein / F21O3.19 protein / Uncharacterized protein At3g07480 / Uncharacterized protein F21O3.19


分子量: 17626.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SRR8
#25: タンパク質 Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial / Chloroplastic outer envelope pore protein of 16 kDa 3 / AtOEP16-3 / OEP16-3 / Mitochondrial complex ...Chloroplastic outer envelope pore protein of 16 kDa 3 / AtOEP16-3 / OEP16-3 / Mitochondrial complex I subunit B14.7


分子量: 17017.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O48528
#28: タンパク質 At2g46540/F11C10.23 / Expressed protein / F11C10.23/F11C10.23 / Fiber


分子量: 6810.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZPY5
#29: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 9876.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VZT9
#30: タンパク質 Excitatory amino acid transporter


分子量: 9220.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94AL6
#32: タンパク質 At4g16450 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / Uncharacterized protein At4g16450


分子量: 11383.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q84W12
#33: タンパク質 ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein


分子量: 12648.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SLC8
#34: タンパク質 At1g67350 / F1N21.17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase


分子量: 11808.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FYF8
#38: タンパク質 AT2G31490 protein / At2g31490 / Expressed protein / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-5 / Uncharacterized ...At2g31490 / Expressed protein / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-5 / Uncharacterized protein At2g31490 / B15 -- 1 beta subcomplex subunit 4


分子量: 8305.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SIQ8
#45: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / GAMMA CAL2


分子量: 27985.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SMN1
#50: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 44310.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P42792
#52: タンパク質 Cytochrome c1 2, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 4-2 / Complex III subunit IV-2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 4-2 / ...Complex III subunit 4-2 / Complex III subunit IV-2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 4-2 / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex cytochrome c1 subunit 2 / Cytochrome c-1 2


分子量: 33728.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FKS5

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 6種, 6分子 PSWXZa

#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial


分子量: 43988.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SK66
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 10865.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FIJ2
#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6


分子量: 15102.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LHI0
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B


分子量: 11985.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LGE7
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / Protein MATERNAL EFFECT EMBRYO ARREST 4


分子量: 16145.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8RWA7
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 7349.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C9Z5

+
Acyl carrier protein ... , 2種, 2分子 TU

#20: タンパク質 Acyl carrier protein 1, mitochondrial / MtACP-1 / ACP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 13735.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P53665
#21: タンパク質 Acyl carrier protein 2, mitochondrial / MtACP-2 / ACP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 14183.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O80800

+
Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 2種, 2分子 Vq

#22: タンパク質 Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial


分子量: 19201.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FLX7
#42: タンパク質 Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 18346.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M9M9

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 6種, 6分子 jklnop

#35: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2


分子量: 7582.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LDK3
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A


分子量: 8064.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O64725
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial


分子量: 13225.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FGK0
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / B22 subunit of eukaryotic mitochondrial complex I / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone ...B22 subunit of eukaryotic mitochondrial complex I / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 13638.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q945M1
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7


分子量: 11757.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SKC9
#41: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B


分子量: 12462.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94C12

+
Uncharacterized protein ... , 2種, 2分子 uv

#43: タンパク質 Uncharacterized protein At1g67785


分子量: 7546.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VZ65
#44: タンパク質 Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial


分子量: 11965.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZUX4

+
Gamma carbonic anhydrase ... , 2種, 2分子 yz

#46: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / GAMMA CA2 / Transcription factor APFI


分子量: 30102.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C6B3, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#47: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / GAMMA CA1


分子量: 30010.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FWR5, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類

+
Probable mitochondrial-processing peptidase subunit ... , 2種, 4分子 AABAABBB

#48: タンパク質 Probable mitochondrial-processing peptidase subunit alpha-1, mitochondrial / Alpha-MPP 1 / Complex III subunit II / Core protein II / Cytochrome b-c1 complex subunit 2-1 / ...Alpha-MPP 1 / Complex III subunit II / Core protein II / Cytochrome b-c1 complex subunit 2-1 / mitochondrial / Inactive zinc metalloprotease alpha-1 / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase core protein 2-1


分子量: 54459.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZU25
#49: タンパク質 Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial / Beta-MPP / Complex III subunit I / Core protein I / Cytochrome b-c1 complex subunit 1 / ...Beta-MPP / Complex III subunit I / Core protein I / Cytochrome b-c1 complex subunit 1 / mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase core protein 1


分子量: 59234.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42290, mitochondrial processing peptidase

+
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 6種, 12分子 ADBDAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJ

#51: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske-1, mitochondrial / Complex III subunit 5-1 / Rieske iron-sulfur protein 1 / RISP1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase ...Complex III subunit 5-1 / Rieske iron-sulfur protein 1 / RISP1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit 1


分子量: 29645.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94JS0, quinol-cytochrome-c reductase
#53: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7-2, mitochondrial / Complex III subunit 7-2 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7-2


分子量: 14620.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4JWS8
#54: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8-1, mitochondrial / Complex III subunit 8-1 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit ...Complex III subunit 8-1 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8-1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 8517.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SG91
#55: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6-1, mitochondrial / Complex III subunit 6-1 / Complex III subunit VI / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 6-1 / Complex III subunit VI / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 6-1


分子量: 7997.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q0WWE3
#56: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 9


分子量: 8461.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LXJ2
#57: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10


分子量: 5980.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94K78

+
非ポリマー , 19種, 4925分子

#58: 化合物
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#59: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#60: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#61: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#63: 化合物 ChemComp-UQ9 / Ubiquinone-9 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(2E,6E,10E,14Z,18E,22E,26E,30Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18 ,22,26,30,34-nonaen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 795.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H82O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#64: 化合物
ChemComp-Q7G / 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside


分子量: 1165.315 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O25 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#65: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#66: 化合物
ChemComp-PC7 / (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-PC


分子量: 763.100 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#67: 化合物
ChemComp-UQ5 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5


分子量: 522.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#68: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#69: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#70: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#71: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#72: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#73: 化合物 ChemComp-COO / CROTONYL COENZYME A


分子量: 835.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#74: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#75: 化合物 ChemComp-UQ7 / UBIQUINONE-7 / ユビキノンQ7


分子量: 658.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H66O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#76: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4834 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Complete composition)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 215000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
5CTFFIND4.1.13CTF補正
8Coot0.9.5モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
10RELION3.1.3初期オイラー角割当
11RELION3.1.3分類
12RELION3.1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1215138
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213993 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00413475
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63718282
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2751817
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451986
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052354

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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