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- PDB-8bp2: 2.8A STRUCTURE OF ZOLIFLODACIN WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bp2
タイトル2.8A STRUCTURE OF ZOLIFLODACIN WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA
要素
  • (DNA gyrase subunit ...) x 2
  • DNA (20-MER)
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Zoliflodacin / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bax, B.D. / Morgan, H. / Warren, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI) 英国
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: A 2.8 angstrom Structure of Zoliflodacin in a DNA Cleavage Complex with Staphylococcus aureus DNA Gyrase.
著者: Morgan, H. / Lipka-Lloyd, M. / Warren, A.J. / Hughes, N. / Holmes, J. / Burton, N.P. / Mahenthiralingam, E. / Bax, B.D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: A 2.8 angstrom structure of zoliflodacin in a DNA-cleavage complex with Staphylococcus aureus DNA gyrase
著者: Morgan, H. / Lipka-Lloyd, M. / Warren, A.J. / Hughes, N. / Holmes, J. / Burton, N.P. / Mahenthiralingam, E. / Bax, B.D.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: DNA gyrase subunit B
AAA: DNA gyrase subunit A
DDD: DNA gyrase subunit B
CCC: DNA gyrase subunit A
EEE: DNA (20-MER)
EbE: DNA (20-MER)
FFF: DNA (20-MER)
FbF: DNA (20-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,24322
ポリマ－178,2278
非ポリマー2,01714
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23600 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area56810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.542, 94.542, 417.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

-
DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 BBBDDDAAACCC

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 21274.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P66937, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 55537.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99XG5, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

-
DNA鎖 , 1種, 4分子 EEEEbEFFFFbF

#3: DNA鎖
DNA (20-MER)


分子量: 6150.966 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 241分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-R8U / Zoliflodacin / (4'~{R},6'~{S},7'~{S})-17'-fluoranyl-4',6'-dimethyl-13'-[(4~{S})-4-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl]spiro[1,3-diazinane-5,8'-5,15-dioxa-2,14-diazatetracyclo[8.7.0.0^{2,7}.0^{12,16}]heptadeca-1(17),10,12(16),13-tetraene]-2,4,6-trione / EXT-0914


分子量: 487.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22FN5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.3 / 詳細: 90 mM bistris pH 6.3, 9% PEG 5000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→25 Å / Num. obs: 52704 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.78→2.83 Å / Num. unique obs: 2554 / CC1/2: 0.318

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5CDM

5cdm


解像度: 2.8→24.854 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 44.615 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.443 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 2538 4.945 %
Rwork0.1908 48785 -
all0.193 --
obs-51323 99.405 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å21.115 Å20 Å2
2--2.23 Å2-0 Å2
3----7.233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10545 801 130 227 11703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01211815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.67116137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76851343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.11421.151643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.392151968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.03515117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.25458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.27980
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2530.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1670.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8173.5695375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1315.3656734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7393.9226440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3875.8069403
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.35670.62451565
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.8-2.8720.3851850.36634210.36738120.5220.54394.5960.364
2.872-2.9490.3541880.35634600.35636720.5920.59499.34640.356
2.949-3.0340.3881620.35133850.35335480.5240.55399.97180.35
3.034-3.1260.3411530.33632910.33634440.5960.6521000.337
3.126-3.2260.3411630.32232060.32333690.7370.6971000.323
3.226-3.3380.2981660.2831080.28132740.7510.81000.279
3.338-3.4610.2851750.2529590.25231340.8430.8511000.242
3.461-3.60.271260.21429030.21630290.8580.8981000.2
3.6-3.7560.241540.20427680.20629220.9040.9251000.188
3.756-3.9350.2111150.16626890.16828040.9390.9471000.147
3.935-4.1420.1791410.15324790.15526200.9550.9591000.131
4.142-4.3860.1741530.13723600.13925130.9550.9631000.119
4.386-4.6780.171170.12422540.12623710.9580.9691000.107
4.678-5.0380.166860.13121170.13222030.9550.9651000.112
5.038-5.4960.234990.15719440.16120430.9150.9481000.138
5.496-6.1080.248970.18917540.19218510.9150.9341000.167
6.108-6.9830.287710.19115820.19516530.9020.9391000.173
6.983-8.3880.187720.14613400.14814120.9530.9611000.133
8.388-11.240.166710.12310510.12511220.9690.9761000.124
11.24-24.8540.208440.1497000.1527440.9570.9661000.161
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.45070.9094-0.99563.0403-1.88041.5177-0.0176-0.62260.19130.66620.17010.4238-0.5041-0.443-0.15241.30320.01670.19120.6995-0.08710.806414.752952.462864.1285
21.97140.149-0.09743.10560.46462.13370.03280.1473-0.22670.4632-0.1660.054-0.01710.07030.13320.4926-0.14630.10190.0608-0.0150.718229.047727.659433.7295
38.15357.83671.71599.884-0.191.80780.26730.5068-0.73250.3278-0.0459-0.67340.060.516-0.22140.6369-0.03630.02120.16590.00760.8427.9386-4.425238.0777
48.4207-0.04261.71022.807-0.88590.6457-0.071-0.181-0.3347-0.10150.0845-0.04080.1424-0.1048-0.01350.8139-0.1310.00790.2043-0.01170.700410.8626-16.251545.2152
53.1734-1.5861-1.41663.04894.32376.6896-0.5537-0.9834-0.03740.42370.5097-0.0797-0.03540.61310.04411.2596-0.1218-0.07430.54430.03160.782634.307845.461861.0765
65.0182-0.6353-0.62921.01580.19882.44150.01230.610.2908-0.38280.0748-0.2378-0.56850.4148-0.0871.0552-0.060.17170.61090.12820.8504-3.534751.862916.3302
71.7752-0.0371-0.95383.1636-0.66272.51970.00120.0173-0.3005-0.1594-0.2026-0.03460.1155-0.0530.20140.2913-0.02950.04220.050.02970.7272-20.473430.903147.8874
83.8052-5.3-1.586611.66582.75590.73740.1184-0.1764-0.1228-0.0647-0.1180.0952-0.08260.0125-0.00050.7405-0.06840.0440.21440.00530.839-21.5112-1.418245.8161
99.1616-2.1589-0.11961.53711.35442.0181-0.15920.2786-0.12920.01840.01960.04910.03490.22410.13960.7633-0.17810.0190.10960.0450.6816-5.6747-15.208439.4922
103.02611.21830.40981.9791-2.73276.6777-0.42950.9418-0.0436-0.44110.41940.1083-0.0415-0.67940.01011.0940.1565-0.02850.8623-0.04440.8194-23.53146.729719.2412
114.2663-0.30160.19851.3473-0.13125.9883-0.53340.45610.5640.27180.06640.0617-0.7273-0.87620.46690.7396-0.13940.13840.2655-0.03760.772223.261448.773541.2006
127.22250.16883.23321.94930.00636.9838-0.5094-0.7420.7154-0.21210.23760.0204-0.57370.13940.27170.61390.06590.15420.17260.03070.6977-12.979950.448739.2643
132.15810.1693-0.12442.8484-2.77995.4032-0.11310.50040.43930.63660.03070.2919-1.1511-0.33210.08240.7663-0.22990.02760.3156-0.02640.75429.233955.090913.9245
142.57371.013-0.84643.89381.61134.1924-0.4409-0.24890.3668-0.11250.2959-0.4429-0.58380.54570.1450.72720.0523-0.15350.20350.06190.8505-17.996159.60965.7469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLB - BBB419 - 608
2X-RAY DIFFRACTION2ALLA - AAA29 - 244
3X-RAY DIFFRACTION2ALLA - AAA328 - 369
4X-RAY DIFFRACTION2ALLA - AAA461 - 489
5X-RAY DIFFRACTION3ALLA - AAA370 - 379
6X-RAY DIFFRACTION3ALLA - AAA445 - 460
7X-RAY DIFFRACTION4ALLA - AAA380 - 444
8X-RAY DIFFRACTION5ALLA - AAA11 - 28
9X-RAY DIFFRACTION5ALLB - BBB609 - 638
10X-RAY DIFFRACTION6ALLD - DDD419 - 608
11X-RAY DIFFRACTION7ALLC - CCC29 - 244
12X-RAY DIFFRACTION7ALLC - CCC328 - 369
13X-RAY DIFFRACTION7ALLC - CCC461 - 490
14X-RAY DIFFRACTION8ALLC - CCC370 - 379
15X-RAY DIFFRACTION8ALLC - CCC445 - 460
16X-RAY DIFFRACTION9ALLC - CCC380 - 444
17X-RAY DIFFRACTION10ALLC - CCC10 - 28
18X-RAY DIFFRACTION10ALLD - DDD609 - 639
19X-RAY DIFFRACTION11ALLE - EEE2 - 8
20X-RAY DIFFRACTION11ALLF - FbF2010 - 2019
21X-RAY DIFFRACTION12ALLE - EbE2010 - 2019
22X-RAY DIFFRACTION12ALLF - FFF2 - 8
23X-RAY DIFFRACTION13ALLA - AAA245 - 327
24X-RAY DIFFRACTION14ALLC - CCC245 - 327

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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