PDB-8bjp: The N288D mutant cytoplasmic PAS domain of Geobacillus thermodeni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bjp

タイトル

The N288D mutant cytoplasmic PAS domain of Geobacillus thermodenitrificans histidine kinase CitA

要素

cytoplasmic PAS domain of CitA from Geobacillus thermodenitrificans

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cytoplasmic PAS domain / CitA / histidine kinase / transmembrane signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Becker, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism of sensor kinase CitA transmembrane signaling.
著者: Zhang, X.C. / Xue, K. / Salvi, M. / Schomburg, B. / Mehrens, J. / Giller, K. / Stopp, M. / Weisenburger, S. / Boning, D. / Sandoghdar, V. / Unden, G. / Becker, S. / Andreas, L.B. / Griesinger, C.

履歴

登録	2022年11月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bjp.cif.gz	58.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bjp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bgbC 8biyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: cytoplasmic PAS domain of CitA from Geobacillus thermodenitrificans

BBB: cytoplasmic PAS domain of CitA from Geobacillus thermodenitrificans

ヘテロ分子

24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.166, 49.295, 92.199
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cytoplasmic PAS domain of CitA from Geobacillus thermodenitrificans 分子量: 12445.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N288D mutant; MSE: seleno-methionine 由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A0A1W6VSR4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.4M magnesium chloride, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, 20.5% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.97957, 0.9800, 0.97188

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97957	1
2	0.98	1
3	0.97188	1

反射

解像度: 2.1→43.509 Å / Num. obs: 12630 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.12 % / R_rim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 20.96

反射シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 582 / R_rim(I) all: 0.267

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.509 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.937 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	640	5.067 %
R_work	0.1951	11990	-
all	0.197	-	-
obs	-	12630	92.203 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.255 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.347 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.602 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1594	0	1	33	1628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.614	1.648	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.324	1.571	3655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.95	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.302	22.055	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.512	15	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.077	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.042	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.099	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.257	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.716	4.308	884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.676	4.303	883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.909	6.446	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.91	6.45	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.329	4.936	748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.325	4.938	749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.897	7.144	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.893	7.144	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.475	52.418	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.456	52.388	1655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.152	0.295	43	0.242	732	X-RAY DIFFRACTION	77.2682
2.152-2.211	0.267	40	0.22	892	X-RAY DIFFRACTION	96.5803
2.211-2.275	0.235	48	0.219	843	X-RAY DIFFRACTION	96.2203
2.275-2.344	0.241	48	0.213	846	X-RAY DIFFRACTION	96.2325
2.344-2.421	0.339	40	0.201	787	X-RAY DIFFRACTION	95.2765
2.421-2.506	0.224	46	0.205	766	X-RAY DIFFRACTION	92.6941
2.506-2.6	0.294	47	0.217	755	X-RAY DIFFRACTION	96.2785
2.6-2.706	0.3	42	0.209	710	X-RAY DIFFRACTION	95.4315
2.706-2.826	0.264	37	0.22	695	X-RAY DIFFRACTION	94.4516
2.826-2.963	0.265	39	0.194	641	X-RAY DIFFRACTION	93.9227
2.963-3.123	0.226	29	0.205	645	X-RAY DIFFRACTION	92.8375
3.123-3.311	0.266	24	0.206	581	X-RAY DIFFRACTION	90.8408
3.311-3.538	0.257	28	0.205	560	X-RAY DIFFRACTION	92.5984
3.538-3.82	0.195	28	0.19	511	X-RAY DIFFRACTION	91.6667
3.82-4.182	0.263	18	0.188	482	X-RAY DIFFRACTION	91.2409
4.182-4.671	0.22	24	0.144	426	X-RAY DIFFRACTION	90.5433
4.671-5.384	0.121	26	0.166	378	X-RAY DIFFRACTION	89.3805
5.384-6.572	0.39	11	0.233	327	X-RAY DIFFRACTION	87.5648
6.572-9.201	0.168	14	0.176	254	X-RAY DIFFRACTION	86.7314
9.201-43.509	0.234	8	0.204	159	X-RAY DIFFRACTION	83.0846

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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