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- PDB-8biy: Citrate-free extracytoplasmic PAS domain mutant R93A of sensor hi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8biy
タイトルCitrate-free extracytoplasmic PAS domain mutant R93A of sensor histidine kinase CitA from Geobacillus thermodenitrificans
要素Histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / signal transduction / Geobacillus thermodenitrificans / sensor histidine kinase / CitA / sensor domain / extracytoplasmic PAS domain / R93A mutation / two-component signaling system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Becker, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism of sensor kinase CitA transmembrane signaling.
著者: Zhang, X.C. / Xue, K. / Salvi, M. / Schomburg, B. / Mehrens, J. / Giller, K. / Stopp, M. / Weisenburger, S. / Boning, D. / Sandoghdar, V. / Unden, G. / Becker, S. / Andreas, L.B. / Griesinger, C.
履歴
登録2022年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
B: Histidine kinase
C: Histidine kinase
D: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,51813
ポリマ－56,1604
非ポリマー1,3589
水3,981221
1
A: Histidine kinase
C: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0248
ポリマ－28,0802
非ポリマー9446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1362
ポリマ－14,0401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3573
ポリマ－14,0401
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.137, 120.053, 152.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Histidine kinase


分子量: 14040.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R93A mutant
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
遺伝子: dctS_2, GTHT12_01458 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W6VSR4, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.6
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.9M sodium di-hydrogen phosphate, 0.6M di-potassium hydrogen phosphate, 0.1M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→47.12 Å / Num. obs: 70580 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.94 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 16.33
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / Num. unique obs: 2137 / Rrim(I) all: 0.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XPREPデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8BGB

8bgb


解像度: 1.61→47.12 Å / SU ML: 0.1865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.4588
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 3585 5.08 %
Rwork0.1913 66995 -
obs0.1929 70580 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3720 0 83 221 4024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00674166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97455654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0624638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3289649
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.61-1.630.31831350.29322442X-RAY DIFFRACTION94.02
1.63-1.660.29641310.24672482X-RAY DIFFRACTION97.83
1.66-1.680.25841400.23782554X-RAY DIFFRACTION98.21
1.68-1.70.26541420.23132488X-RAY DIFFRACTION98.43
1.7-1.730.28331230.22982581X-RAY DIFFRACTION98.72
1.73-1.760.25051320.22722539X-RAY DIFFRACTION98.78
1.76-1.790.23311250.23932548X-RAY DIFFRACTION98.82
1.79-1.820.28521430.23572555X-RAY DIFFRACTION98.9
1.82-1.860.3281490.26672524X-RAY DIFFRACTION99.29
1.86-1.90.33021360.26012555X-RAY DIFFRACTION99.04
1.9-1.940.23741240.21792587X-RAY DIFFRACTION98.76
1.94-1.980.25481260.20642574X-RAY DIFFRACTION99.56
1.98-2.030.22161250.19512581X-RAY DIFFRACTION99.19
2.03-2.090.24011410.20142567X-RAY DIFFRACTION99.41
2.09-2.150.23551350.20432568X-RAY DIFFRACTION99.3
2.15-2.220.25211640.20522558X-RAY DIFFRACTION99.74
2.22-2.30.24141340.20532565X-RAY DIFFRACTION99.63
2.3-2.390.17771280.19222618X-RAY DIFFRACTION99.64
2.39-2.50.2331420.20822607X-RAY DIFFRACTION99.75
2.5-2.630.21291340.19882569X-RAY DIFFRACTION99.67
2.63-2.790.22621470.19052611X-RAY DIFFRACTION99.86
2.79-3.010.23811630.20092610X-RAY DIFFRACTION99.86
3.01-3.310.22451340.19042618X-RAY DIFFRACTION99.96
3.31-3.790.20141330.17472648X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.770.18991570.14942662X-RAY DIFFRACTION100
4.78-47.120.21431420.18472784X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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