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- PDB-8bjd: Full length structure of LpMIP with bound inhibitor JK095 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bjd
タイトルFull length structure of LpMIP with bound inhibitor JK095
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomeraseプロリルイソメラーゼ
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Macrophage (マクロファージ) / potentiator / soluble (溶解度) / protein. (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell outer membrane / フォールディング
類似検索 - 分子機能
Macrophage infectivity potentiator / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain superfamily / Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9QN / プロリルイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Whittaker, J.J. / Guskov, A. / Goretzki, B. / Hellmich, U.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)390713860 ドイツ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Legionella pneumophila macrophage infectivity potentiator protein appendage domains modulate protein dynamics and inhibitor binding.
著者: Wiedemann, C. / Whittaker, J.J. / Perez Carrillo, V.H. / Goretzki, B. / Dajka, M. / Tebbe, F. / Harder, J.M. / Krajczy, P.R. / Joseph, B. / Hausch, F. / Guskov, A. / Hellmich, U.A.
履歴
登録2022年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3126
ポリマ－22,4101
非ポリマー9035
水27015
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,62412
ポリマ－44,8192
非ポリマー1,80510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area4660 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area24200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.752, 76.752, 103.597
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / プロリルイソメラーゼ


分子量: 22409.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
遺伝子: C3927_03235 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23 (DE3) / 参照: UniProt: A0A2S6FAG4, プロリルイソメラーゼ

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非ポリマー , 5種, 20分子

#2: 化合物 ChemComp-9QN / (1~{S},5~{S},6~{R})-10-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonyl-5-(hydroxymethyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one


分子量: 484.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23Cl2N3O4S
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15 %(w/v) PEG 6000, 500 mM zinc acetate dihydrate, 100 mM MES, pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61.67 Å / Num. obs: 19644 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Rmerge(I) obs: 0.08 / Num. unique obs: 1218 / % possible all: 99.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FD9

1fd9


解像度: 2.4→52.24 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2943 --RANDOM
Rwork0.2455 ---
obs-19488 55.53 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→52.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1573 0 51 15 1639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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