PDB-8bix: Cystathionine gamma-lyase N360S mutant from Toxoplasma gondii in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bix

タイトル

Cystathionine gamma-lyase N360S mutant from Toxoplasma gondii in complex with cystathionine

要素

Cystathionine beta-lyase, putative

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Transsulfuration pathway / hydrogen sulfide / cystathionine / toxoplasma

機能・相同性

機能・相同性情報

cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Fernandez-Rodriguez, C. / Conter, C. / Oyenarte, I. / Favretto, F. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M.L. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.

資金援助

スペイン,

イタリア, 3件

組織	認可番号	国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	BFU2010-17857	スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	PID2019-109055RB-I00	スペイン
Ministero dell Universita e della Ricerca	2017ZBBYNC	イタリア

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the inhibition of cystathionine gamma-lyase from Toxoplasma gondii by propargylglycine and cysteine.
著者: Fernandez-Rodriguez, C. / Conter, C. / Oyenarte, I. / Favretto, F. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M.L. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.

履歴

登録	2022年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bix.cif.gz	174.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bix.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8bix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8bix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nl1C 8bisC 8biuC 8bivC 8biwC 8bizC 2nmpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Cystathionine beta-lyase, putative

A: Cystathionine beta-lyase, putative

ヘテロ分子

92.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Cystathionine beta-lyase, putative

A: Cystathionine beta-lyase, putative

ヘテロ分子

C: Cystathionine beta-lyase, putative

A: Cystathionine beta-lyase, putative

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.427, 158.427, 93.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Cystathionine beta-lyase, putative / Putative cystathione gamma lyase 分子量: 45954.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: BN1205_096960, TGVEG_312930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6K8Y1, cystathionine gamma-lyase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% (w/v) PEG 3350, 0.1M sodium citrate pH 4.6, n-octyl-beta-D-thiomaltoside

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→55.38 Å / Num. obs: 177039 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 16.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / Num. unique obs: 7304 / CC_1/2: 0.576

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	1.18	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NMP

2nmp

解像度: 1.59→55.378 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1904	8741	4.94 %
R_work	0.1717	-	-
obs	0.1726	177011	97.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→55.378 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6092	0	38	414	6544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	6313
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.412	8571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.78	5156
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	968
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1101

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.6078	0.3366	205	0.297	4565	X-RAY DIFFRACTION	80
1.6078-1.6267	0.2873	244	0.2863	4767	X-RAY DIFFRACTION	83
1.6267-1.6465	0.3266	250	0.2718	5015	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6465-1.6674	0.2708	268	0.2501	5141	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6674-1.6893	0.2463	271	0.237	5357	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6893-1.7124	0.2395	304	0.2245	5453	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7124-1.7369	0.2264	284	0.218	5702	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7369-1.7628	0.2369	326	0.2056	5613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7628-1.7904	0.2321	298	0.2011	5710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7904-1.8197	0.2301	268	0.1893	5759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8197-1.8511	0.2013	314	0.1869	5677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8511-1.8848	0.2182	313	0.1818	5713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8848-1.921	0.2065	318	0.1836	5706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.921-1.9603	0.2022	288	0.1851	5726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9603-2.0029	0.2213	267	0.1804	5772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0029-2.0495	0.1981	334	0.177	5650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0495-2.1007	0.207	295	0.1763	5724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1007-2.1575	0.2083	302	0.174	5726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1575-2.221	0.1959	244	0.1705	5783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.221-2.2927	0.1879	327	0.1663	5730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2927-2.3747	0.1838	292	0.1723	5725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3747-2.4697	0.2074	279	0.1691	5776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4697-2.5821	0.1885	339	0.1697	5691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5821-2.7183	0.1809	277	0.1739	5793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7183-2.8886	0.1986	306	0.1679	5758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8886-3.1116	0.1887	319	0.1697	5767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1116-3.4247	0.1857	302	0.1617	5771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4247-3.9201	0.1556	334	0.1542	5786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9201-4.9384	0.1605	311	0.1436	5853	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9384-55.37	0.1815	262	0.1704	6061	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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