PDB-8bih: O-Methyltransferase Plu4890 in complex with SAH and AQ-284b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bih

タイトル

O-Methyltransferase Plu4890 in complex with SAH and AQ-284b

要素

Methyltransferase Plu4890

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / polyketide / anthraquinone

機能・相同性

機能・相同性情報

O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Huber, E.M. / Groll, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments.
著者: Huber, E.M. / Kreling, L. / Heinrich, A.K. / Dunnebacke, M. / Pothig, A. / Bode, H.B. / Groll, M.

履歴

登録	2022年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bih.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bih.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bih_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bih_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	8bih_validation.xml.gz	125.1 KB	表示
CIF形式データ	8bih_validation.cif.gz	160.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8bih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8bih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bgtSC 8bgxC 8bgyC 8bgzC 8bh0C 8bibC 8bicC 8bidC 8bieC 8bifC 8bigC 8biiC 8bijC 8birC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase Plu4890

B: Methyltransferase Plu4890

C: Methyltransferase Plu4890

D: Methyltransferase Plu4890

E: Methyltransferase Plu4890

F: Methyltransferase Plu4890

G: Methyltransferase Plu4890

H: Methyltransferase Plu4890

I: Methyltransferase Plu4890

J: Methyltransferase Plu4890

K: Methyltransferase Plu4890

L: Methyltransferase Plu4890

ヘテロ分子

446 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Methyltransferase Plu4890

L: Methyltransferase Plu4890

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Methyltransferase Plu4890

E: Methyltransferase Plu4890

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Methyltransferase Plu4890

G: Methyltransferase Plu4890

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Methyltransferase Plu4890

K: Methyltransferase Plu4890

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.3 kDa, 2 ポリマー
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5

F: Methyltransferase Plu4890

H: Methyltransferase Plu4890

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.5 kDa, 2 ポリマー
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6

I: Methyltransferase Plu4890

J: Methyltransferase Plu4890

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.000, 91.130, 150.410
Angle α, β, γ (deg.)	89.960, 106.180, 119.970
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Methyltransferase Plu4890 分子量: 36550.527 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JR93

-
非ポリマー , 6種, 212分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-QOT / 3,8-dimethoxy-1-oxidanyl-anthracene-9,10-dione 分子量: 284.263 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 28% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48 Å / Num. obs: 143304 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 16771 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BGT

8bgt

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 40.997 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.21 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2962	7163	5 %	RANDOM
R_work	0.2674	-	-	-
obs	0.2688	136095	92.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.88 Å² / B_iso mean: 54.099 Å² / B_iso min: 21.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.21 Å²	-1.05 Å²	2.09 Å²
2-	-	-2.98 Å²	1.47 Å²
3-	-	-	4.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30888	0	519	183	31590
B_iso mean	-	-	63.88	41.37	-
残基数	-	-	-	-	3828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	32101
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	29944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.152	1.637	43293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.045	1.587	68931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.86	5	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.427	22.882	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.718	15	5667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.147	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.034	0.2	3997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	36298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7708

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	542	-
R_work	0.401	10291	-
all	-	10833	-
obs	-	-	94.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3834	-0.0615	0.1196	0.3179	-0.3254	0.3707	-0.0534	0.0202	-0.0069	0	0.0346	0.0123	-0.0261	-0.0285	0.0188	0.0894	-0.0069	-0.0139	0.088	-0.1264	0.2048	63.9155	9.3024	44.4901
2	0.5511	-0.0633	0.0587	0.213	0.2222	0.291	0.0094	-0.0533	0.1009	-0.0221	0.0342	-0.0445	0.0241	0.0311	-0.0436	0.0741	0.0019	-0.0188	0.1014	-0.146	0.2152	34.6687	7.8621	-4.5138
3	0.4196	-0.1684	0.1873	0.5273	-0.3411	0.9429	0.0111	-0.0026	-0.0278	-0.0502	-0.0461	0.1066	-0.064	-0.0035	0.035	0.0404	0.0255	-0.0478	0.1081	-0.1502	0.2179	62.4369	6.1571	-26.9912
4	0.4273	-0.1691	-0.2459	0.2313	0.1628	0.3437	-0.0222	0.0386	0.0259	0.0434	-0.0716	0.0223	0.039	-0.0537	0.0937	0.0677	-0.0133	-0.0082	0.1008	-0.1247	0.2249	32.6457	-44.2483	-4.7533
5	0.2889	-0.015	-0.1042	0.1048	0.241	0.6421	-0.0118	0.0568	-0.0954	0.0363	-0.0219	-0.0045	0.0089	-0.0708	0.0338	0.0935	-0.0045	-0.0136	0.1498	-0.163	0.1899	20.3127	-18.4949	-27.4004
6	0.1721	-0.092	0.1729	0.4835	0.0306	0.2459	-0.0617	0.0226	0.026	0.1298	0.0046	-0.1058	-0.0238	-0.0225	0.0571	0.1553	0.0052	-0.0713	0.0925	-0.1127	0.1738	35.9485	7.124	66.9563
7	0.2979	-0.2119	0.1219	0.4133	-0.3989	0.6177	0.0164	0.0427	-0.1529	0.0218	-0.0662	0.0157	-0.0769	0.0145	0.0498	0.0459	-0.0099	-0.0192	0.125	-0.1443	0.262	78.8091	-19.8314	-5.08
8	0.6869	-0.359	0.0822	0.3284	0.1602	0.3764	0.0413	0.1127	-0.1895	-0.0026	-0.0645	0.1196	-0.0527	0.0198	0.0232	0.0979	-0.0079	-0.0334	0.1155	-0.1544	0.2288	19.8808	-18.4618	44.399
9	0.3264	-0.1331	-0.3407	0.3693	-0.1094	0.5842	-0.0398	-0.0229	0.0641	-0.0176	-0.0255	-0.0915	0.0572	-0.0078	0.0653	0.0803	0.0069	-0.0343	0.1139	-0.1404	0.2295	65.9939	-42.991	44.703
10	0.584	0.1069	-0.1624	0.0765	-0.0028	0.4723	-0.0174	-0.0396	0.1114	0.017	-0.0016	0.0328	0.0343	-0.0135	0.019	0.0864	0.0169	-0.0132	0.1201	-0.1614	0.2274	35.504	-41.8021	66.8783
11	0.41	-0.2042	-0.2696	0.2455	-0.0269	0.5485	0.0468	0.0164	0.1289	-0.0514	-0.0773	-0.0654	0.0424	-0.0152	0.0305	0.0472	0.0113	-0.0037	0.0703	-0.0854	0.2475	62.978	-43.2919	-27.2856
12	0.8546	-0.1799	-0.0179	0.2635	-0.2066	0.651	-0.1125	-0.1227	-0.3728	-0.0155	0.032	0.1316	-0.0772	0.0331	0.0805	0.056	0.0092	0.0185	0.0476	0.0025	0.3166	78.1423	-17.4398	67.131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 402
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 402
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 402
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 402
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	0 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	0 - 402
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	0 - 900
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	0 - 401
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	0 - 900

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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