PDB-8bgb: Structure of the citrate-bound extracytoplasmic PAS domain of his...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bgb

タイトル

Structure of the citrate-bound extracytoplasmic PAS domain of histidine kinase CitA from Geobacillus thermodenitrificans

要素

Histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PAS domain / extracytoplasmic / citrate-bound / sensor histidine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Becker, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism of sensor kinase CitA transmembrane signaling.
著者: Zhang, X.C. / Xue, K. / Salvi, M. / Schomburg, B. / Mehrens, J. / Giller, K. / Stopp, M. / Weisenburger, S. / Boning, D. / Sandoghdar, V. / Unden, G. / Becker, S. / Andreas, L.B. / Griesinger, C.

履歴

登録	2022年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bgb_validation.pdf.gz	501.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bgb_full_validation.pdf.gz	508.9 KB	表示
XML形式データ	8bgb_validation.xml.gz	47.1 KB	表示
CIF形式データ	8bgb_validation.cif.gz	66.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8biyC 8bjpC 2j80S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (10)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (5)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Histidine kinase

BBB: Histidine kinase

CCC: Histidine kinase

DDD: Histidine kinase

EEE: Histidine kinase

FFF: Histidine kinase

GGG: Histidine kinase

HHH: Histidine kinase

ヘテロ分子

115 kDa, 8 ポリマー
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1

AAA: Histidine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
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2

BBB: Histidine kinase

ヘテロ分子

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3

CCC: Histidine kinase

ヘテロ分子

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4

DDD: Histidine kinase

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5

EEE: Histidine kinase

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6

FFF: Histidine kinase

ヘテロ分子

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7

GGG: Histidine kinase

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8

HHH: Histidine kinase

ヘテロ分子

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14.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.209, 101.140, 77.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.626, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	ARG	ARG	AAA	A	32 - 160	2 - 130
2	1	1	SER	SER	ARG	ARG	BBB	B	32 - 160	2 - 130
3	2	2	SER	SER	GLN	GLN	AAA	A	32 - 159	2 - 129
4	2	2	SER	SER	GLN	GLN	CCC	C	32 - 159	2 - 129
5	3	3	SER	SER	ASP	ASP	AAA	A	32 - 157	2 - 127
6	3	3	SER	SER	ASP	ASP	DDD	D	32 - 157	2 - 127
7	4	4	SER	SER	THR	THR	AAA	A	32 - 161	2 - 131
8	4	4	SER	SER	THR	THR	EEE	E	32 - 161	2 - 131
9	5	5	SER	SER	ASP	ASP	AAA	A	32 - 157	2 - 127
10	5	5	SER	SER	ASP	ASP	FFF	F	32 - 157	2 - 127
11	6	6	THR	THR	GLN	GLN	AAA	A	33 - 159	3 - 129
12	6	6	THR	THR	GLN	GLN	GGG	G	33 - 159	3 - 129
13	7	7	SER	SER	ILE	ILE	AAA	A	32 - 158	2 - 128
14	7	7	SER	SER	ILE	ILE	HHH	H	32 - 158	2 - 128
15	8	8	SER	SER	ARG	ARG	BBB	B	32 - 160	2 - 130
16	8	8	SER	SER	ARG	ARG	CCC	C	32 - 160	2 - 130
17	9	9	SER	SER	ILE	ILE	BBB	B	32 - 158	2 - 128
18	9	9	SER	SER	ILE	ILE	DDD	D	32 - 158	2 - 128
19	10	10	SER	SER	ARG	ARG	BBB	B	32 - 160	2 - 130
20	10	10	SER	SER	ARG	ARG	EEE	E	32 - 160	2 - 130
21	11	11	SER	SER	ILE	ILE	BBB	B	32 - 158	2 - 128
22	11	11	SER	SER	ILE	ILE	FFF	F	32 - 158	2 - 128
23	12	12	THR	THR	ARG	ARG	BBB	B	33 - 160	3 - 130
24	12	12	THR	THR	ARG	ARG	GGG	G	33 - 160	3 - 130
25	13	13	SER	SER	GLN	GLN	BBB	B	32 - 159	2 - 129
26	13	13	SER	SER	GLN	GLN	HHH	H	32 - 159	2 - 129
27	14	14	SER	SER	ASP	ASP	CCC	C	32 - 157	2 - 127
28	14	14	SER	SER	ASP	ASP	DDD	D	32 - 157	2 - 127
29	15	15	SER	SER	GLN	GLN	CCC	C	32 - 159	2 - 129
30	15	15	SER	SER	GLN	GLN	EEE	E	32 - 159	2 - 129
31	16	16	SER	SER	ASP	ASP	CCC	C	32 - 157	2 - 127
32	16	16	SER	SER	ASP	ASP	FFF	F	32 - 157	2 - 127
33	17	17	THR	THR	GLN	GLN	CCC	C	33 - 159	3 - 129
34	17	17	THR	THR	GLN	GLN	GGG	G	33 - 159	3 - 129
35	18	18	SER	SER	ILE	ILE	CCC	C	32 - 158	2 - 128
36	18	18	SER	SER	ILE	ILE	HHH	H	32 - 158	2 - 128
37	19	19	SER	SER	ASP	ASP	DDD	D	32 - 157	2 - 127
38	19	19	SER	SER	ASP	ASP	EEE	E	32 - 157	2 - 127
39	20	20	SER	SER	ILE	ILE	DDD	D	32 - 158	2 - 128
40	20	20	SER	SER	ILE	ILE	FFF	F	32 - 158	2 - 128
41	21	21	THR	THR	ASP	ASP	DDD	D	33 - 157	3 - 127
42	21	21	THR	THR	ASP	ASP	GGG	G	33 - 157	3 - 127
43	22	22	SER	SER	ASP	ASP	DDD	D	32 - 157	2 - 127
44	22	22	SER	SER	ASP	ASP	HHH	H	32 - 157	2 - 127
45	23	23	SER	SER	ASP	ASP	EEE	E	32 - 157	2 - 127
46	23	23	SER	SER	ASP	ASP	FFF	F	32 - 157	2 - 127
47	24	24	THR	THR	GLN	GLN	EEE	E	33 - 159	3 - 129
48	24	24	THR	THR	GLN	GLN	GGG	G	33 - 159	3 - 129
49	25	25	SER	SER	ILE	ILE	EEE	E	32 - 158	2 - 128
50	25	25	SER	SER	ILE	ILE	HHH	H	32 - 158	2 - 128
51	26	26	THR	THR	ASP	ASP	FFF	F	33 - 157	3 - 127
52	26	26	THR	THR	ASP	ASP	GGG	G	33 - 157	3 - 127
53	27	27	SER	SER	ASP	ASP	FFF	F	32 - 157	2 - 127
54	27	27	SER	SER	ASP	ASP	HHH	H	32 - 157	2 - 127
55	28	28	THR	THR	ILE	ILE	GGG	G	33 - 158	3 - 128
56	28	28	THR	THR	ILE	ILE	HHH	H	33 - 158	3 - 128

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	Histidine kinase 分子量: 14126.153 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) 株: NG80-2 / 遺伝子: GTNG_1840 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4IPE6, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1 M tri-sodium citrate, pH 9.0, 0.1 M imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.79 Å / Num. obs: 105114 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.85 % / R_rim(I) all: 0.0486 / Net I/σ(I): 16.47
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 3571 / R_rim(I) all: 0.295

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J80

2j80

解像度: 1.7→48.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.203 / WR_factor R_work: 0.17 / Average fsc free: 0.9329 / Average fsc work: 0.942 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1958	5202	4.956 %
R_work	0.1666	99771	-
all	0.168	-	-
obs	-	104973	99.866 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.333 Å²	-0 Å²	-0.513 Å²
2-	-	0.145 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.165 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7635	0	105	726	8466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	8075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.015	7913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.639	10923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.343	1.577	18162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.252	5	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.375	20.762	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.369	15	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.944	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.021	0.02	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	7406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.129	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.013	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.15	2.282	4227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.151	2.281	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.891	3.409	5312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.89	3.41	5313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.453	2.716	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.454	2.716	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.174	3.903	5611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.173	3.903	5612
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.373	28.779	8885
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.373	28.779	8886
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.092	0.05	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.109	0.05	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.113	0.05	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.084	0.05	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.102	0.05	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.078	0.05	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.097	0.05	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.111	0.05	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.104	0.05	3669
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.071	0.05	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.098	0.05	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.082	0.05	3791
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.098	0.05	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.075	0.05	4034
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.1	0.05	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.069	0.05	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.096	0.05	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.066	0.05	4089
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.097	0.05	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.08	0.05	3880
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.105	0.05	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.069	0.05	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.086	0.05	3736
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.069	0.05	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.084	0.05	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.095	0.05	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.051	0.05	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.095	0.05	3889

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09191	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09191	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10913	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10913	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1133	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1133	0.05009
4	7	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08382	0.0501
4	8	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08382	0.0501
5	9	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10202	0.05009
5	10	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10202	0.05009
6	11	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07756	0.0501
6	12	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07756	0.0501
7	13	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09698	0.05008
7	14	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09698	0.05008
8	15	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11051	0.05009
8	16	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11051	0.05009
9	17	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10357	0.05009
9	18	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10357	0.05009
10	19	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07138	0.0501
10	20	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07138	0.0501
11	21	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09806	0.05009
11	22	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09806	0.05009
12	23	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0822	0.0501
12	24	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0822	0.0501
13	25	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0983	0.05009
13	26	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0983	0.05009
14	27	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07453	0.05009
14	28	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07453	0.05009
15	29	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09984	0.05009
15	30	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09984	0.05009
16	31	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06941	0.05009
16	32	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06941	0.05009
17	33	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09612	0.05009
17	34	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09612	0.05009
18	35	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0661	0.05009
18	36	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0661	0.05009
19	37	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09723	0.05009
19	38	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09723	0.05009
20	39	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07963	0.05009
20	40	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07963	0.05009
21	41	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10451	0.05009
21	42	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10451	0.05009
22	43	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06877	0.05009
22	44	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06877	0.05009
23	45	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0857	0.05009
23	46	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0857	0.05009
24	47	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06867	0.0501
24	48	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06867	0.0501
25	49	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08424	0.05009
25	50	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08424	0.05009
26	51	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09474	0.05009
26	52	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09474	0.05009
27	53	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05095	0.05009
27	54	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05095	0.05009
28	55	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09526	0.05009
28	56	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09526	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.307	382	0.257	7332	X-RAY DIFFRACTION	99.4841
1.744-1.792	0.251	362	0.242	7142	X-RAY DIFFRACTION	99.8005
1.792-1.844	0.294	328	0.214	7039	X-RAY DIFFRACTION	99.7292
1.844-1.901	0.236	350	0.204	6791	X-RAY DIFFRACTION	99.8881
1.901-1.963	0.237	355	0.188	6509	X-RAY DIFFRACTION	99.8981
1.963-2.032	0.215	337	0.182	6333	X-RAY DIFFRACTION	99.985
2.032-2.108	0.208	363	0.177	6101	X-RAY DIFFRACTION	99.7377
2.108-2.194	0.206	310	0.167	5879	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.194-2.292	0.177	303	0.166	5705	X-RAY DIFFRACTION	99.9667
2.292-2.404	0.213	291	0.165	5383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.404-2.533	0.205	280	0.16	5163	X-RAY DIFFRACTION	99.9816
2.533-2.687	0.2	252	0.163	4876	X-RAY DIFFRACTION	99.9805
2.687-2.872	0.193	243	0.155	4598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-3.102	0.177	204	0.153	4292	X-RAY DIFFRACTION	99.9778
3.102-3.397	0.183	183	0.159	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.797	0.166	196	0.151	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.797-4.383	0.163	159	0.135	3141	X-RAY DIFFRACTION	99.9092
4.383-5.363	0.172	143	0.148	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
5.363-7.566	0.213	104	0.193	2085	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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