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- PDB-8bf4: Crystal structure of Mouse Plexin-B1 (20-535) in complex with VHH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bf4
タイトルCrystal structure of Mouse Plexin-B1 (20-535) in complex with VHH15 and VHH14
要素
  • Plexin-B1
  • VHH14
  • VHH15
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / inhibitor / VHH / nanobody / Plexin / semaphorin / allosteric
機能・相同性
機能・相同性情報


Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / RHOD GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor activity / GTPase activating protein binding / inhibitory synapse assembly ...Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / RHOD GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor activity / GTPase activating protein binding / inhibitory synapse assembly / positive regulation of axonogenesis / ossification involved in bone maturation / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cytoskeleton organization / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of GTPase activity / neuron projection morphogenesis / regulation of cell shape / postsynaptic membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat ...Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Camelidae (哺乳類)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Cowan, R. / Hall, G. / Carr, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Nanobody inhibitors of Plexin-B1 identify allostery in plexin-semaphorin interactions and signaling.
著者: Cowan, R. / Trokter, M. / Oleksy, A. / Fedorova, M. / Sawmynaden, K. / Worzfeld, T. / Offermanns, S. / Matthews, D. / Carr, M.D. / Hall, G.
履歴
登録2022年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: VHH14
F: Plexin-B1
E: VHH15
A: VHH14
C: Plexin-B1
B: VHH15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,95015
ポリマ－168,3046
非ポリマー1,6469
水7,062392
1
D: VHH14
F: Plexin-B1
E: VHH15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0738
ポリマ－84,1523
非ポリマー9205
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: VHH14
C: Plexin-B1
B: VHH15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8787
ポリマ－84,1523
非ポリマー7264
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.267, 109.233, 95.478
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 DAEB

#1: 抗体 VHH14


分子量: 13442.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Huarizo / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 細胞株 (発現宿主): Expi293-T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 VHH15


分子量: 14258.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Huarizo / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 細胞株 (発現宿主): Expi293-T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 FC

#2: タンパク質 Plexin-B1


分子量: 56450.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxnb1, Kiaa0407 / 細胞株 (発現宿主): Expi293-T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8CJH3
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 394分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% (w/v) PEG 6000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 3% dextran sulphate (Mr 5000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873127 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.149→95.653 Å / Num. obs: 76707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.18 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
11.89-95.4730.0456630.9250.0450.063
2.48-2.543.40.67944820.3660.6450.938

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8BB7

8bb7


解像度: 2.15→95.26 Å / SU ML: 0.2761 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.5551
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 2019 2.63 %
Rwork0.2114 74662 -
obs0.2118 76681 72.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→95.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10920 0 103 392 11415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004611276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.800615349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12231722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01272017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.34334048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.2459130.2981394X-RAY DIFFRACTION5.4
2.2-2.260.3554290.3163980X-RAY DIFFRACTION13.36
2.26-2.330.3458490.32311835X-RAY DIFFRACTION24.91
2.33-2.40.325930.31423327X-RAY DIFFRACTION45.3
2.4-2.490.33351260.31344342X-RAY DIFFRACTION58.94
2.49-2.590.31611420.31075529X-RAY DIFFRACTION74.31
2.59-2.710.33541700.30546476X-RAY DIFFRACTION88.03
2.71-2.850.29811930.27637231X-RAY DIFFRACTION98.19
2.85-3.030.29881960.26247400X-RAY DIFFRACTION99.91
3.03-3.260.28421970.23837393X-RAY DIFFRACTION99.91
3.26-3.590.24312070.20367379X-RAY DIFFRACTION99.91
3.59-4.110.19592020.18187418X-RAY DIFFRACTION99.9
4.11-5.180.16322030.1517451X-RAY DIFFRACTION99.84
5.18-95.260.17191990.18177507X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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