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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bep | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII MPP domain) | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Plant / Mitochondria / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial processing peptidase / plant-type cell wall / respiratory chain complex III / plant-type vacuole / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / plastid / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / chloroplast ...mitochondrial processing peptidase / plant-type cell wall / respiratory chain complex III / plant-type vacuole / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / plastid / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / chloroplast / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / nucleolus / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
データ登録者 | Klusch, N. / Kuehlbrandt, W. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the respiratory I + III supercomplex from Arabidopsis thaliana at 2 Å resolution. 著者: Niklas Klusch / Maximilian Dreimann / Jennifer Senkler / Nils Rugen / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun / 要旨: Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis ...Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis respiratory supercomplex consisting of complex I and a complex III dimer, with a total of 68 protein subunits and numerous bound cofactors. A complex I-ferredoxin, subunit B14.7 and P9, a newly defined subunit of plant complex I, mediate supercomplex formation. The component complexes stabilize one another, enabling new detailed insights into their structure. We describe (1) an interrupted aqueous passage for proton translocation in the membrane arm of complex I; (2) a new coenzyme A within the carbonic anhydrase module of plant complex I defining a second catalytic centre; and (3) the water structure at the proton exit pathway of complex III with a co-purified ubiquinone in the Q site. We propose that the main role of the plant supercomplex is to stabilize its components in the membrane. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bep.cif.gz | 448.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bep.ent.gz | 352.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bep_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bep_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bep_validation.xml.gz | 82 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bep_validation.cif.gz | 128.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/8bep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/8bep | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16008MC 8bedC 8beeC 8befC 8behC 8belC 8bpxC 8bq5C 8bq6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Probable mitochondrial-processing peptidase subunit ... , 2種, 4分子 AKBL
#1: タンパク質 | 分子量: 54459.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9ZU25 #2: タンパク質 | 分子量: 59234.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q42290, mitochondrial processing peptidase |
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-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 2種, 4分子 DNFP
#3: タンパク質 | 分子量: 29645.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q94JS0, quinol-cytochrome-c reductase #4: タンパク質 | 分子量: 14620.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: F4JWS8 |
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-非ポリマー , 2種, 896分子
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII MPP domain) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 215000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1215138 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213993 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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