[日本語] English
万見
- PDB-8bef: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bef
タイトルCryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)
要素
  • (Gamma carbonic anhydrase ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 3
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (Uncharacterized protein ...) x 2
  • AT3G07480.1
  • At2g46540/F11C10.23
  • At4g16450
  • Excitatory amino acid transporter
  • Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
  • NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B
  • Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial
  • P1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Plant / Mitochondria / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid outer membrane / anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / chloroplast outer membrane / mitochondrion targeting sequence binding / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / P450-containing electron transport chain / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / NADH dehydrogenase complex / photorespiration ...plastid outer membrane / anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / chloroplast outer membrane / mitochondrion targeting sequence binding / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / P450-containing electron transport chain / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / NADH dehydrogenase complex / photorespiration / protein insertion into mitochondrial inner membrane / embryo development ending in seed dormancy / response to abscisic acid / plant-type vacuole / respiratory chain complex I / regulation of reactive oxygen species metabolic process / plastid / porin activity / pore complex / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / protein homotrimerization / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / protein transmembrane transporter activity / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / electron transport coupled proton transport / monoatomic ion transport / ATP synthesis coupled electron transport / response to salt stress / aerobic respiration / chloroplast / mitochondrial membrane / carbonate dehydratase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / peroxisome / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / nucleolus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / At2g27730-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 ...Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / At2g27730-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Hexapeptide repeat / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / CHCH / CHCH domain / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Butyryl Coenzyme A / CARDIOLIPIN / : / Chem-PC7 / Chem-PGT / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-Q7G / Chem-UQ5 / Ubiquinone-9 ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Butyryl Coenzyme A / CARDIOLIPIN / : / Chem-PC7 / Chem-PGT / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-Q7G / Chem-UQ5 / Ubiquinone-9 / (thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / (thale cress) hypothetical protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / At4g16450 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / Uncharacterized protein At1g67785 / Excitatory amino acid transporter / Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B / Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / At2g46540/F11C10.23 / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Klusch, N. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the respiratory I + III supercomplex from Arabidopsis thaliana at 2 Å resolution.
著者: Niklas Klusch / Maximilian Dreimann / Jennifer Senkler / Nils Rugen / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis ...Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis respiratory supercomplex consisting of complex I and a complex III dimer, with a total of 68 protein subunits and numerous bound cofactors. A complex I-ferredoxin, subunit B14.7 and P9, a newly defined subunit of plant complex I, mediate supercomplex formation. The component complexes stabilize one another, enabling new detailed insights into their structure. We describe (1) an interrupted aqueous passage for proton translocation in the membrane arm of complex I; (2) a new coenzyme A within the carbonic anhydrase module of plant complex I defining a second catalytic centre; and (3) the water structure at the proton exit pathway of complex III with a co-purified ubiquinone in the Q site. We propose that the main role of the plant supercomplex is to stabilize its components in the membrane.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
O: AT3G07480.1
X: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
Y: Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
b: At2g46540/F11C10.23
d: Excitatory amino acid transporter
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B
f: At4g16450
i: P1
u: Uncharacterized protein At1g67785
v: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
x: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
y: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial
z: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)522,38653
ポリマ－497,72522
非ポリマー24,66131
水23,1311284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 AHJKLMN

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13969.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P92533, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#2: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 36020.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: B5TM92, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6


分子量: 23690.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A2P2CLG1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 11193.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q04614, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 74497.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: B5TM94, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 55995.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P93313, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 55486.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O05000, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
タンパク質 , 8種, 8分子 OYbdefix

#8: タンパク質 AT3G07480.1


分子量: 17626.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A384LA38
#10: タンパク質 Outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial / Chloroplastic outer envelope pore protein of 16 kDa 3 / AtOEP16-3 / OEP16-3 / Mitochondrial complex ...Chloroplastic outer envelope pore protein of 16 kDa 3 / AtOEP16-3 / OEP16-3 / Mitochondrial complex I subunit B14.7


分子量: 17017.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O48528
#13: タンパク質 At2g46540/F11C10.23 / Expressed protein / F11C10.23/F11C10.23 / Fiber


分子量: 6810.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZPY5
#14: タンパク質 Excitatory amino acid transporter


分子量: 9220.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94AL6
#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B


分子量: 9914.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LZI6
#16: タンパク質 At4g16450 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / Uncharacterized protein At4g16450


分子量: 11383.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q84W12
#17: タンパク質 P1


分子量: 11808.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A178W1I8
#20: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / GAMMA CAL2


分子量: 27985.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SMN1

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 3種, 3分子 XZa

#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B


分子量: 11985.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LGE7
#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / Protein MATERNAL EFFECT EMBRYO ARREST 4


分子量: 16145.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8RWA7
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 7349.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C9Z5

-
Uncharacterized protein ... , 2種, 2分子 uv

#18: タンパク質 Uncharacterized protein At1g67785


分子量: 7546.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VZ65
#19: タンパク質 Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial


分子量: 11965.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9ZUX4

-
Gamma carbonic anhydrase ... , 2種, 2分子 yz

#21: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / GAMMA CA2 / Transcription factor APFI


分子量: 30102.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C6B3, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#22: タンパク質 Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / GAMMA CA1


分子量: 30010.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FWR5, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類

-
非ポリマー , 12種, 1315分子

#23: 化合物
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物 ChemComp-UQ9 / Ubiquinone-9 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(2E,6E,10E,14Z,18E,22E,26E,30Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18 ,22,26,30,34-nonaen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 795.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H82O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物
ChemComp-Q7G / 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside


分子量: 1165.315 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O25 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物 ChemComp-UQ5 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5


分子量: 522.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物 ChemComp-PC7 / (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-PC


分子量: 763.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#30: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#32: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物 ChemComp-BCO / Butyryl Coenzyme A / S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} butanethioate (non-preferred name) / S-ブチリル補酵素A


分子量: 837.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#22 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis t (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 215000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
5CTFFIND4.1.13CTF補正
8Coot0.9.5モデルフィッティング
9RELION3.1.3初期オイラー角割当
10RELION3.1.3分類
11RELION3.1.3３次元再構成
12PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1215138
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213993 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 9.89 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00427087
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68436518
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.9054416
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0454081
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054373

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る