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- PDB-8bec: Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1375 scFV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bec
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1375 scFV
要素
  • Spike protein S1
  • pT1375 single-chain Fv
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 6件
組織認可番号国
Other government14-76103-184 CORONA-12/20
Other government14-76103-184 CORONA-15/20 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchCOVIM (FKZ: 01KX2021) ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchRAPID (FKZ: 01KI1723G) ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2155 ドイツ
German Research Foundation (DFG)2485 VIPER (398066876/GRK 2485/1) ドイツ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Activity of broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses: a trade-off between SARS-CoV-2 variants and distant coronaviruses?
著者: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / ...著者: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / Zischke, J.-Y. / Cordes, A. / Puppe, W. / Schneider, T. / Hinrichs, I. / Blasczyk, R. / Kleine-Weber, H. / Hoffmann, M. / Hoeper, M. / Kaiser, F.K. / Gonzalez-Hernandez, M. / Armando, F.K. / Ciurkiewicz, M. / Beythien, G. / Poehlmann, S. / Baumgaertner, W. / Gruenewald, K. / Osterhaus, A. / Schulz, T. / Krey, T.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pT1375 single-chain Fv
B: Spike protein S1
C: pT1375 single-chain Fv
D: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4147
ポリマ－97,5124
非ポリマー1,9023
水8,989499
1
A: pT1375 single-chain Fv
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5053
ポリマ－48,7562
非ポリマー7491
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
2
C: pT1375 single-chain Fv
D: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9094
ポリマ－48,7562
非ポリマー1,1532
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.446, 91.559, 156.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 pT1375 single-chain Fv / pT1375 scFV


分子量: 26394.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22361.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P0DTC2

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 500分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pT1375-RBD at 15,5 mg/ml using 1.5 M Ammonium sulfate, 15 % w/v glycerol, 100 mM Tris pH 8.5 as reservoir and micro seeds in 18% PEG 3350, 100 mM citrate pH 4, 200 mM Na3Cit stabilization solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.78 Å / Num. obs: 138573 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 29.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07894 / Rpim(I) all: 0.0225 / Rrim(I) all: 0.08214 / Net I/σ(I): 17.68
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 13750 / CC1/2: 0.729 / CC star: 0.918 / Rpim(I) all: 0.4355 / Rrim(I) all: 1.594 / % possible all: 99.98

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.89 Å49.21 Å
Translation3.89 Å49.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KGJ, 7S4S

7kgj

7s4s


解像度: 1.7→45.78 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 1677 1.21 %
Rwork0.1854 136864 -
obs0.1857 138541 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.89 Å2 / Biso mean: 34.3085 Å2 / Biso min: 20.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6496 0 126 499 7121
Biso mean--48.54 38.35 -
残基数----838
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.750.37571380.37011131311451
1.75-1.810.33871340.28861127011404
1.81-1.870.22851430.23311130711450
1.87-1.950.2791380.22031130111439
1.95-2.030.21521430.19561134911492
2.03-2.140.26111360.20671131311449
2.14-2.280.19681320.18591132311455
2.28-2.450.22031460.18831136611512
2.45-2.70.2211360.19461142811564
2.7-3.090.23091460.18171145611602
3.09-3.890.17091390.16471152611665
3.89-45.780.17731460.16841191212058
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3119-0.63841.06753.511-2.18635.01950.0743-0.0844-0.3129-0.0719-0.00510.35930.6483-0.1943-0.12350.2715-0.0360.0310.1711-0.02130.2372-5.883437.272981.3734
20.4829-0.6788-0.09633.6275-0.74413.4148-0.0447-0.016-0.17680.15450.0284-0.07370.35060.08220.01270.222-0.00940.01920.1917-0.0010.2565-0.12939.287478.8719
32.76225.0842-0.03492.86810.19921.5795-0.37720.0407-0.1358-0.27920.3468-0.3280.61690.2252-0.1240.34940.05840.01580.3068-0.01260.42466.071542.921687.9656
43.2633-1.23540.37684.81442.31972.5458-0.0441-0.14670.09350.00150.2855-0.2479-0.24560.4075-0.28820.1768-0.0067-0.00850.2081-0.00260.22969.044660.831893.4566
56.01750.8775-1.0643.4243-3.20069.88060.0581-0.26210.0581-0.09850.09470.25310.4105-0.3367-0.24030.2243-0.00320.02080.1513-0.03640.2021-0.817854.484187.6362
62.5299-1.92291.64547.40291.37177.6415-0.1158-0.15820.3450.1402-0.00470.0309-0.5713-0.15920.11840.1907-0.0133-0.00940.1807-0.01390.22740.675461.811490.1807
74.3118-2.5758-1.88648.69674.81512.2252-0.2083-0.286-0.18370.73560.11180.07320.91330.47310.03220.1268-0.03730.00510.16230.01960.25116.616752.558889.9326
87.62721.0672-7.09464.76810.62358.45830.28130.21540.3224-0.5913-0.1119-0.1099-1.074-0.2134-0.23090.34550.0335-0.03490.22750.03050.27112.580663.258545.6319
92.8176-0.6155-6.68051.84490.35135.86360.23240.27880.1106-0.4021-0.08650.0067-0.3132-0.2613-0.23040.26490.0356-0.02090.39160.00570.21088.052556.609543.1583
101.40170.94991.44012.41440.72984.5107-0.07760.1721-0.1096-0.21090.0373-0.29550.06530.42790.05260.20520.03160.01890.2485-0.00470.235121.336250.180745.0974
114.55510.9509-1.22784.5953-1.6962.41720.0282-0.1117-0.07880.0993-0.14090.03920.13440.03690.12190.13460.01580.00820.1717-0.03450.1517.743250.302257.524
122.81630.7893-0.40754.07722.19674.1967-0.09380.0713-0.0797-0.17370.0999-0.16760.06210.1401-0.01610.20960.0343-0.00820.23730.02410.139511.685452.816754.4785
136.88724.7438-0.2685.6723-0.63671.54730.1129-0.31840.76080.0809-0.17540.5749-0.2817-0.08490.10560.19680.06-0.00370.2554-0.0410.25120.686560.310363.8693
144.249-2.2059-4.10622.70932.04337.312-0.06790.4423-0.1481-0.1019-0.04440.51070.0539-0.77650.11230.1902-0.0235-0.04790.27230.01930.3-10.106353.820463.487
158.5841.28463.6896.1025-3.64014.78150.0733-0.84560.65540.6787-0.10480.2666-0.2422-0.06850.07080.2746-0.0350.04130.3468-0.0810.275311.929262.458668.7304
163.8905-3.1094-3.38614.1463.5513.35050.09180.13-0.0053-0.2844-0.3272-0.01470.0424-0.47820.20490.2749-0.005-0.01320.24480.02220.204612.451254.170750.5877
178.09177.09716.00639.5344.3436.6332-0.49470.5290.1756-0.60150.4260.0407-0.05320.27520.06660.29130.06150.00720.3276-0.01840.194812.678547.844731.7224
186.33752.75231.45158.05333.00724.34-0.00230.228-0.4913-0.49390.0833-0.44940.35450.1957-0.1050.43580.1025-0.01170.23730.02010.265544.630929.88568.0314
190.83630.5633-0.1433.45590.43032.6925-0.026-0.0217-0.2002-0.03640.0561-0.08140.38510.092-0.0410.2740.0365-0.00610.20020.00290.240541.136137.764874.5238
202.632-3.41970.59666.0407-1.29611.595-0.1062-0.039-0.2524-0.10080.13460.41190.4348-0.2245-0.04290.3134-0.0599-0.02490.25580.01070.253233.369439.970664.9861
217.0968-2.0726-3.99152.67361.04458.94060.07190.11950.0455-0.03640.06980.0480.083-0.3097-0.14670.2325-0.0223-0.0630.20730.04810.248431.691656.799556.2911
227.78810.1004-0.13518.28413.2478.07860.14640.4021-0.0452-0.3286-0.1165-0.419-0.16410.1435-0.10950.21340.00830.02080.16580.03540.158441.041750.745162.9213
234.61552.4635-0.04276.7312-1.19164.1190.01440.10820.1878-0.2676-0.0136-0.2151-0.29820.1157-0.03020.23830.0153-0.01050.21020.00340.193140.321357.518759.0917
244.94721.6229-3.45195.3364-4.35626.1099-0.15820.2138-0.1717-0.45340.1034-0.00331.1694-0.4360.09060.17230.0374-0.01250.1378-0.01660.237233.309548.694862.6233
252.1311-0.2777-1.72212.3211-1.0494.15420.053-0.39550.29040.49110.151-0.0583-0.45140.1774-0.20510.2651-0.0008-0.04430.2338-0.05790.226830.728865.0136104.1545
261.2623-0.04-0.53891.0285-0.15211.5558-0.0713-0.0427-0.04280.12370.00030.07660.0279-0.15020.07110.1969-0.0008-0.02670.1925-0.00440.167826.023854.226799.8437
273.07031.0015-1.20664.4746-2.02665.2539-0.0895-0.0854-0.03510.13290.16350.21180.0601-0.263-0.08130.1661-0.0182-0.02980.1689-0.0510.107828.876755.823595.7974
286.5698-2.63240.09496.10551.58641.1622-0.11460.68410.5756-0.3940.1051-0.2275-0.15370.10760.05770.2181-0.0929-0.02140.32340.04190.207739.360761.043384.8285
292.835-0.825-3.07782.15011.39925.2460.1466-0.63820.17970.11310.097-0.6418-0.28191.0297-0.28280.27660.002-0.06090.4115-0.04840.387951.379253.111187.6693
308.9063-1.3891-0.40711.98960.69490.5549-0.0370.74990.2963-0.24640.0387-0.1752-0.170.0789-0.02280.2382-0.03740.00940.31970.02130.191635.928260.889580.829
310.6247-0.60230.77742.1722-3.6026.96410.0273-0.1580.01450.13070.07670.0590.1464-0.0611-0.07560.2326-0.0115-0.03430.2018-0.00520.202228.973357.3635109.0416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 39 )A2 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 108 )A40 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 145 )A109 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 146 through 168 )A146 - 168
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 169 through 187 )A169 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 188 through 229 )A188 - 229
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 230 through 246 )A230 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 334 through 349 )B334 - 349
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 350 through 364 )B350 - 364
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 365 through 393 )B365 - 393
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 394 through 421 )B394 - 421
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 422 through 442 )B422 - 442
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 443 through 459 )B443 - 459
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 460 through 494 )B460 - 494
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 495 through 506 )B495 - 506
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 507 through 516 )B507 - 516
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 517 through 527 )B517 - 527
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1 through 17 )C1 - 17
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 18 through 108 )C18 - 108
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 109 through 145 )C109 - 145
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 146 through 168 )C146 - 168
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 169 through 187 )C169 - 187
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 188 through 229 )C188 - 229
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 230 through 245 )C230 - 245
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 334 through 364 )D334 - 364
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 365 through 421 )D365 - 421
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 422 through 442 )D422 - 442
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 443 through 459 )D443 - 459
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 460 through 487 )D460 - 487
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 488 through 506 )D488 - 506
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 507 through 527 )D507 - 527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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