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Yorodumi- PDB-8bec: Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1375 scFV -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bec | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with pT1375 scFV | |||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Krey, T. | |||||||||||||||||||||
Funding support | Germany, 6items
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Citation | Journal: To be published Title: Activity of broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses: a trade-off between SARS-CoV-2 variants and distant coronaviruses? Authors: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / ...Authors: Stein, C.S. / Hansen, G. / Ssebyatika, G.L. / Stroeh, L. / Benecke, T. / Menz, S. / Waldmann, J.-Y. / Vollmer, B. / Tipp, S. / Ochulor, O. / Herold, E. / Schwarzloh, B. / Mutschall, D. / Zischke, J.-Y. / Cordes, A. / Puppe, W. / Schneider, T. / Hinrichs, I. / Blasczyk, R. / Kleine-Weber, H. / Hoffmann, M. / Hoeper, M. / Kaiser, F.K. / Gonzalez-Hernandez, M. / Armando, F.K. / Ciurkiewicz, M. / Beythien, G. / Poehlmann, S. / Baumgaertner, W. / Gruenewald, K. / Osterhaus, A. / Schulz, T. / Krey, T. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bec.cif.gz | 352 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bec.ent.gz | 285.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bec.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bec_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8bec_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 8bec_validation.xml.gz | 34.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8bec_validation.cif.gz | 51.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/8bec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/8bec | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8bg1C 8bg2C 8bg3C 8bg4C 8bg5C 8bg6C 8bg8C 7kgjS 7s4sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody / Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Antibody | Mass: 26394.203 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): S2 / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) #2: Protein | Mass: 22361.924 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Cell line (production host): S2 / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) / References: UniProt: P0DTC2 |
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-Sugars , 2 types, 2 molecules
#3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 2 types, 500 molecules
#5: Chemical | ChemComp-SO4 / |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: pT1375-RBD at 15,5 mg/ml using 1.5 M Ammonium sulfate, 15 % w/v glycerol, 100 mM Tris pH 8.5 as reservoir and micro seeds in 18% PEG 3350, 100 mM citrate pH 4, 200 mM Na3Cit stabilization solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 4, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→45.78 Å / Num. obs: 138573 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 29.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07894 / Rpim(I) all: 0.0225 / Rrim(I) all: 0.08214 / Net I/σ(I): 17.68 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.761 Å / Redundancy: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 13750 / CC1/2: 0.729 / CC star: 0.918 / Rpim(I) all: 0.4355 / Rrim(I) all: 1.594 / % possible all: 99.98 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7KGJ, 7S4S Resolution: 1.7→45.78 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.89 Å2 / Biso mean: 34.3085 Å2 / Biso min: 20.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→45.78 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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