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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bdp | ||||||
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タイトル | A GH20 family sulfoglycosidase Bt4394 in complex with NAG-thiazoline and sulfite | ||||||
要素 | Beta-N-acetylhexosaminidaseHexosaminidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / intermediate complex / inhibitor (酵素阻害剤) / GH20 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase activity / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / He, Y. / Jin, Y. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Mechanistic and Structural Insights into the Specificity and Biological Functions of Bacterial Sulfoglycosidases 著者: Zhang, Z. / Dong, M. / Zallot, R. / Blackburn, G.M. / Wang, N. / Wang, C. / Chen, L. / Baumann, P. / Wu, Z. / Wang, Z. / Fan, H. / Roth, C. / Jin, Y. / He, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bdp.cif.gz | 574.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bdp.ent.gz | 361.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bdp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61751.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 遺伝子: BT_4394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaTM(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q89ZI3, beta-N-acetylhexosaminidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PROTEIN STOCK AT 45 MG/ML IN THE REMARK 280 BUFFER OF 50 MM NAPO4 AND 500 MM NACL IS MIXED WITH THE REMARK 280 PRECIPITANT OF 0.2 M KSCN, 21% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE REMARK 280 PH 6. ...詳細: PROTEIN STOCK AT 45 MG/ML IN THE REMARK 280 BUFFER OF 50 MM NAPO4 AND 500 MM NACL IS MIXED WITH THE REMARK 280 PRECIPITANT OF 0.2 M KSCN, 21% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE REMARK 280 PH 6.5, AT A RATIO OF 1.2: 1. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979183 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→70.63 Å / Num. obs: 91859 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3088 / CC1/2: 0.624 / % possible all: 65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3rcn 解像度: 1.47→70.628 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.142 / SU B: 3.759 / SU ML: 0.059 / Average fsc free: 0.9762 / Average fsc work: 0.9901 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→70.628 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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