PDB-8bdp: A GH20 family sulfoglycosidase Bt4394 in complex with NAG-thiazol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bdp

タイトル

A GH20 family sulfoglycosidase Bt4394 in complex with NAG-thiazoline and sulfite

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / intermediate complex / inhibitor / GH20

機能・相同性

機能・相同性情報

: / beta-N-acetylhexosaminidase activity / glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Zhang, Z. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Mechanistic and Structural Insights into the Specificity and Biological Functions of Bacterial Sulfoglycosidases
著者: Zhang, Z. / Dong, M. / Zallot, R. / Blackburn, G.M. / Wang, N. / Wang, C. / Chen, L. / Baumann, P. / Wu, Z. / Wang, Z. / Fan, H. / Roth, C. / Jin, Y. / He, Y.

履歴

登録	2022年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bdp.cif.gz	574.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bdp.ent.gz	361.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bdp_validation.pdf.gz	415 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bdp_full_validation.pdf.gz	415.5 KB	表示
XML形式データ	8bdp_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	8bdp_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dupC 7dvaC 7dvbC 8balC 8bblC 3rcnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

61.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.832, 60.785, 74.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.905, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-N-acetylhexosaminidase 分子量: 61751.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 遺伝子: BT_4394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaTM(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q89ZI3, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PROTEIN STOCK AT 45 MG/ML IN THE REMARK 280 BUFFER OF 50 MM NAPO4 AND 500 MM NACL IS MIXED WITH THE REMARK 280 PRECIPITANT OF 0.2 M KSCN, 21% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE REMARK 280 PH 6. ...詳細: PROTEIN STOCK AT 45 MG/ML IN THE REMARK 280 BUFFER OF 50 MM NAPO4 AND 500 MM NACL IS MIXED WITH THE REMARK 280 PRECIPITANT OF 0.2 M KSCN, 21% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE REMARK 280 PH 6.5, AT A RATIO OF 1.2: 1.

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PROTEIN STOCK AT 45 MG/ML IN THE REMARK 280 BUFFER OF 50 MM NAPO4 AND 500 MM NACL IS MIXED WITH THE REMARK 280 PRECIPITANT OF 0.2 M KSCN, 21% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE REMARK 280 PH 6. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→70.63 Å / Num. obs: 91859 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3088 / CC_1/2: 0.624 / % possible all: 65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3rcn

3rcn

解像度: 1.47→70.628 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / WR_factor R_free: 0.199 / WR_factor R_work: 0.142 / SU B: 3.759 / SU ML: 0.059 / Average fsc free: 0.9762 / Average fsc work: 0.9901 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1823	4641	5.053 %
R_work	0.1299	87199	-
all	0.133	-	-
obs	-	91840	95.312 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.883 Å²	-0 Å²	1.716 Å²
2-	-	-0.916 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→70.628 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4252	0	1	457	4710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4389
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.652	5946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.547	1.565	9343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.467	5	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.662	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.23	10	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.437	10	215
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	788
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.126	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.549	2.247	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.549	2.247	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.019	3.394	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.023	3.394	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.326	2.687	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.326	2.688	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.969	3.84	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.968	3.841	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.587	34.204	5040
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.481	32.641	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.063	3	8381

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.47-1.508	0.261	227	0.244	4460	0.245	7086	0.96	0.975	66.1445	0.252
1.508-1.549	0.246	280	0.217	5153	0.219	6918	0.964	0.982	78.5343	0.22
1.549-1.594	0.262	331	0.194	5955	0.197	6728	0.967	0.985	93.4304	0.192
1.594-1.643	0.239	361	0.166	6176	0.17	6537	0.972	0.99	100	0.163
1.643-1.697	0.222	299	0.151	5997	0.154	6296	0.976	0.992	100	0.145
1.697-1.757	0.231	280	0.144	5849	0.148	6130	0.971	0.991	99.9837	0.136
1.757-1.823	0.193	299	0.128	5614	0.131	5923	0.983	0.993	99.8312	0.12
1.823-1.897	0.189	283	0.106	5414	0.11	5697	0.98	0.995	100	0.099
1.897-1.982	0.213	267	0.113	5209	0.118	5476	0.973	0.994	100	0.107
1.982-2.078	0.17	278	0.105	4917	0.109	5195	0.983	0.995	100	0.101
2.078-2.191	0.168	263	0.113	4729	0.116	5008	0.983	0.994	99.6805	0.111
2.191-2.323	0.171	267	0.11	4422	0.114	4693	0.981	0.993	99.9148	0.11
2.323-2.484	0.168	209	0.102	4193	0.105	4409	0.982	0.994	99.8412	0.105
2.484-2.682	0.157	189	0.104	3965	0.106	4165	0.985	0.994	99.7359	0.109
2.682-2.938	0.165	198	0.116	3557	0.119	3793	0.983	0.992	98.9982	0.125
2.938-3.284	0.174	173	0.126	3256	0.128	3438	0.98	0.991	99.7382	0.139
3.284-3.791	0.168	157	0.127	2901	0.129	3067	0.983	0.99	99.7066	0.147
3.791-4.639	0.133	127	0.116	2439	0.117	2591	0.991	0.992	99.0351	0.146
4.639-6.547	0.187	95	0.151	1904	0.153	2012	0.986	0.99	99.3539	0.189
6.547-70.628	0.262	58	0.229	1088	0.231	1167	0.933	0.958	98.2005	0.536

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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