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- PDB-8bbj: Secretagogin (mouse) in complex with its target peptide from Synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bbj
タイトルSecretagogin (mouse) in complex with its target peptide from Syntaxin-4
要素
  • Green fluorescent protein,Syntaxin-4
  • Secretagogin
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Calcium dependent / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Disinhibition of SNARE formation / sphingomyelin phosphodiesterase activator activity / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Other interleukin signaling / cornified envelope assembly / positive regulation of eosinophil degranulation / neuron projection membrane / storage vacuole / myelin sheath adaxonal region / lateral loop ...Disinhibition of SNARE formation / sphingomyelin phosphodiesterase activator activity / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Other interleukin signaling / cornified envelope assembly / positive regulation of eosinophil degranulation / neuron projection membrane / storage vacuole / myelin sheath adaxonal region / lateral loop / SNAP receptor activity / SNARE complex / specific granule / stereocilium / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of protein localization to cell surface / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / protein localization to cell surface / ER-Phagosome pathway / SNARE complex assembly / positive regulation of immunoglobulin production / transport vesicle membrane / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / phagocytic vesicle / positive regulation of cell adhesion / SNARE binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / sensory perception of sound / trans-Golgi network / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to type II interferon / long-term synaptic potentiation / lamellipodium / presynapse / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / dendritic spine / postsynapse / endosome / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Secretagogin, EF-hand domain / : / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE ...Secretagogin, EF-hand domain / : / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / EF hand / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Green fluorescent protein / Syntaxin-4 / Secretagogin
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Schnell, R. / Szodorai, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: A hydrophobic groove in secretagogin allows for alternate interactions with SNAP-25 and syntaxin-4 in endocrine tissues.
著者: Szodorai, E. / Hevesi, Z. / Wagner, L. / Hokfelt, T.G.M. / Harkany, T. / Schnell, R.
履歴
登録2022年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein,Syntaxin-4
B: Green fluorescent protein,Syntaxin-4
C: Secretagogin
D: Secretagogin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,32013
ポリマ－102,8634
非ポリマー4589
水21612
1
A: Green fluorescent protein,Syntaxin-4
C: Secretagogin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Confirming the sequence specific interaction observed in the crystal structure here between A-C chains and between B-D chains., isothermal titration calorimetry, Confirming ...根拠: gel filtration, Confirming the sequence specific interaction observed in the crystal structure here between A-C chains and between B-D chains., isothermal titration calorimetry, Confirming the sequence specific interaction observed in the crystal structure here between A-C chains and between B-D chains.
  • 51.7 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7297
ポリマ－51,4312
非ポリマー2975
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein,Syntaxin-4
D: Secretagogin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5926
ポリマ－51,4312
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.409, 103.134, 121.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein,Syntaxin-4


分子量: 29433.234 Da / 分子数: 2 / 変異: F64L,Q80R,I167T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GFP-fusion protein carrying a short peptide from mouse Syntaxin-4 (sequence: GLQNLREEIKQLGREVRAQLKAIEPQKE) on its C-terminus. The Chromophore of GFP is formed from residues Ser65-Tyr66-Gly67, ...詳細: GFP-fusion protein carrying a short peptide from mouse Syntaxin-4 (sequence: GLQNLREEIKQLGREVRAQLKAIEPQKE) on its C-terminus. The Chromophore of GFP is formed from residues Ser65-Tyr66-Gly67, and represented as non-peptide residue CRO (Chromophore / Fluorophore). This alteration results in an apparent mismatch when comparing the encoded polypeptide sequence (present in databases) and the residues present in the PDB file.
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: GFP, Stx4, Stx4a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: P70452
#2: タンパク質 Secretagogin


分子量: 21998.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Scgn / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91WD9
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: rod
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Na cacodylate pH 5.5, 0.2 M NH4SO4, 25% v/v PEGSM (PEG-smear)

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→78.68 Å / Num. obs: 28954 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3847 / CC1/2: 0.598 / Rpim(I) all: 0.574

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EMA, 8BAN

1ema

8ban


解像度: 2.65→48.289 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 1473 5.1 %
Rwork0.2132 --
obs0.216 28894 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6904 0 13 12 6929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.769465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.2334235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6501-2.73560.35461440.32652479X-RAY DIFFRACTION99
2.7356-2.83340.3691470.30112474X-RAY DIFFRACTION99
2.8334-2.94680.35011190.28972488X-RAY DIFFRACTION98
2.9468-3.08090.35961240.27132484X-RAY DIFFRACTION98
3.0809-3.24330.29761600.24472466X-RAY DIFFRACTION98
3.2433-3.44640.32091250.22432504X-RAY DIFFRACTION98
3.4464-3.71240.26851050.22682523X-RAY DIFFRACTION98
3.7124-4.08590.27181390.19572466X-RAY DIFFRACTION97
4.0859-4.67670.2511390.17922511X-RAY DIFFRACTION97
4.6767-5.89050.20851270.18682488X-RAY DIFFRACTION96
5.8905-48.2890.24121440.1992538X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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