PDB-8bau: Phytophthora nicotianae var. parasitica NADAR in complex with ADP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bau

タイトル

Phytophthora nicotianae var. parasitica NADAR in complex with ADP-ribose

要素

NADAR domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

YbiA-like / NADAR / YbiA-like superfamily / NADAR domain / Tetracycline Repressor; domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chem-AR6 / NADAR domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Phytophthora nicotianae var. parasitica (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for the reversible ADP-ribosylation of guanosine bases.
著者: Schuller, M. / Raggiaschi, R. / Mikolcevic, P. / Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Zhang, Y. / Ledermann, R. / Tang, C. / Mikoc, A. / Ahel, I.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_validate_planes Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_validate_planes Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bau.cif.gz	118.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bau.ent.gz	70 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bau_validation.pdf.gz	744.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bau_full_validation.pdf.gz	745.3 KB	表示
XML形式データ	8bau_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	8bau_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bau	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8baqC 8barC 8basC 8batC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADAR domain-containing protein

ヘテロ分子

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.829, 66.593, 72.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADAR domain-containing protein 分子量: 21849.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phytophthora nicotianae var. parasitica (真核生物) 株: INRA-310 / 遺伝子: PPTG_15997 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: W2PSB7
#2: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5, 20% (w/v) PEG10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97629 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→49.212 Å / Num. obs: 29538 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 2.128 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1421 / CC_1/2: 0.596 / R_pim(I) all: 0.712 / R_rim(I) all: 2.246

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.6→49.212 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.217 / WR_factor R_work: 0.186 / SU B: 5.253 / SU ML: 0.089 / Average fsc free: 0.9335 / Average fsc work: 0.946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	1425	4.834 %
R_work	0.1976	28054	-
all	0.199	-	-
obs	-	29479	99.959 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.797 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.493 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.494 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→49.212 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1536	0	56	88	1680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.907	1.659	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.653	1.565	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.939	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.578	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.097	10	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.364	10	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.744	2.567	757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.744	2.567	757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.343	3.837	945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.341	3.836	946
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.325	3.063	869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.323	3.065	870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.082	4.379	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.079	4.383	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.173	36.264	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.169	35.843	1899

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.641	0.396	101	0.353	2015	0.355	2123	0.803	0.848	99.6703	0.355
1.641-1.686	0.306	109	0.335	1984	0.334	2094	0.863	0.856	99.9522	0.333
1.686-1.735	0.359	91	0.32	1956	0.321	2048	0.84	0.885	99.9512	0.313
1.735-1.788	0.315	120	0.275	1849	0.277	1969	0.918	0.923	100	0.263
1.788-1.847	0.273	72	0.245	1830	0.246	1902	0.943	0.941	100	0.229
1.847-1.912	0.254	95	0.219	1779	0.22	1874	0.94	0.961	100	0.199
1.912-1.984	0.242	102	0.204	1686	0.207	1788	0.962	0.969	100	0.184
1.984-2.065	0.235	77	0.199	1670	0.201	1749	0.965	0.973	99.8857	0.179
2.065-2.156	0.207	90	0.191	1579	0.192	1669	0.968	0.977	100	0.173
2.156-2.261	0.217	95	0.183	1495	0.185	1591	0.971	0.978	99.9371	0.167
2.261-2.383	0.279	53	0.189	1474	0.192	1527	0.961	0.977	100	0.171
2.383-2.528	0.226	62	0.178	1377	0.18	1439	0.976	0.981	100	0.164
2.528-2.702	0.223	70	0.187	1285	0.189	1355	0.971	0.978	100	0.174
2.702-2.917	0.29	56	0.193	1226	0.197	1282	0.959	0.977	100	0.182
2.917-3.195	0.227	65	0.207	1119	0.208	1184	0.969	0.974	100	0.2
3.195-3.57	0.235	36	0.221	1017	0.221	1053	0.969	0.972	100	0.215
3.57-4.118	0.18	44	0.178	926	0.178	970	0.985	0.983	100	0.177
4.118-5.035	0.16	34	0.152	787	0.152	821	0.988	0.989	100	0.154
5.035-7.084	0.232	34	0.191	617	0.193	651	0.976	0.985	100	0.192
7.084-49.212	0.179	19	0.154	383	0.155	402	0.973	0.983	100	0.151

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.4572 Å / Origin y: 7.5147 Å / Origin z: 14.1578 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0178 Å²	-0.0082 Å²	-0.0098 Å²	-	0.0295 Å²	0.0283 Å²	-	-	0.0886 Å²
L	0.5573 °²	0.2954 °²	-0.3963 °²	-	0.5809 °²	-0.0271 °²	-	-	0.47 °²
S	0.0035 Å °	-0.071 Å °	-0.0526 Å °	-0.0456 Å °	0.0388 Å °	-0.0056 Å °	-0.0369 Å °	0.0624 Å °	-0.0423 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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