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- PDB-8bar: E. coli C7 DarT1 in complex with ADP-ribosylated ssDNA and nicoti... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bar | ||||||
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Title | E. coli C7 DarT1 in complex with ADP-ribosylated ssDNA and nicotinamide | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding | ||||||
Function / homology | ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / NICOTINAMIDE / DNA![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schuller, M. / Ariza, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular basis for the reversible ADP-ribosylation of guanosine bases. Authors: Schuller, M. / Raggiaschi, R. / Mikolcevic, P. / Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Zhang, Y. / Ledermann, R. / Tang, C. / Mikoc, A. / Ahel, I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 147.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 717.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 718.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8baqC ![]() 8basC ![]() 8batC ![]() 8bauC ![]() 7omzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / DNA chain , 2 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 24180.104 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E152A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 1513.051 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 365 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NCA.gif)
![](data/chem/img/APR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NCA.gif)
![](data/chem/img/APR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-NCA / | #5: Chemical | ChemComp-APR / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 4.0 M Sodium formate, 0.1 M Tris pH 7.5 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: May 6, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976277 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.63→61.74 Å / Num. obs: 53204 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 1.63→1.66 Å / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2567 / CC1/2: 0.701 / Rpim(I) all: 0.551 / Rrim(I) all: 1.677 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7OMZ Resolution: 1.63→46.832 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.764 / SU ML: 0.048 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.661 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.63→46.832 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |