+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8baq | ||||||
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Title | E. coli C7 DarT1 in complex with NAD+ | ||||||
Components | DarT ssDNA thymidine ADP-ribosyltransferase family protein | ||||||
Keywords | TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding | ||||||
Function / homology | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Schuller, M. / Ariza, A. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2023 Title: Molecular basis for the reversible ADP-ribosylation of guanosine bases. Authors: Schuller, M. / Raggiaschi, R. / Mikolcevic, P. / Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Zhang, Y. / Ledermann, R. / Tang, C. / Mikoc, A. / Ahel, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8baq.cif.gz | 132.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8baq.ent.gz | 79 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8baq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8barC 8basC 8batC 8bauC 7omwS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24180.104 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E152A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-NAD / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 4.0M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.976254 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976254 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→54.018 Å / Num. obs: 17764 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 5.8 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1267 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.723 / Rrim(I) all: 1.527 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7OMW Resolution: 2→54.018 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.229 / WRfactor Rwork: 0.176 / SU B: 14.808 / SU ML: 0.187 / Average fsc free: 0.9349 / Average fsc work: 0.947 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.169 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.664 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→54.018 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -27.8557 Å / Origin y: 13.0148 Å / Origin z: -8.8853 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |