PDB-8bat: Geobacter lovleyi NADAR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bat

タイトル

Geobacter lovleyi NADAR

要素

Geobacter lovleyi NADAR

キーワード

HYDROLASE / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / DNA binding / ANTITOXIN

機能・相同性

: / DarT1-associated NADAR antitoxin / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Trichlorobacter lovleyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for the reversible ADP-ribosylation of guanosine bases.
著者: Schuller, M. / Raggiaschi, R. / Mikolcevic, P. / Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Zhang, Y. / Ledermann, R. / Tang, C. / Mikoc, A. / Ahel, I.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_validate_planes Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_planes Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bat.cif.gz	134.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bat.ent.gz	79.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bat.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bat	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8baqC 8barC 8basC 8bauC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Geobacter lovleyi NADAR

ヘテロ分子

28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.279, 81.597, 86.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Geobacter lovleyi NADAR 分子量: 28644.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichlorobacter lovleyi (バクテリア) 株: ATCC BAA-1151 / DSM 17278 / SZ / 遺伝子: Glov_2583 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: B3E6E9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris pH 7.5, 18% (w/v) PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→59.468 Å / Num. obs: 12984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.173 / R_pim(I) all: 0.087 / R_rim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.475 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1242 / CC_1/2: 0.557 / R_pim(I) all: 0.699 / R_rim(I) all: 1.636 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model

解像度: 2.3→59.468 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 16.205 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	613	4.731 %
R_work	0.1807	12344	-
all	0.183	-	-
obs	-	12957	99.931 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.891 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.865 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.026 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→59.468 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1749	0	5	124	1878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.954	1.644	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.615	1.561	3883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.006	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.781	10	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.474	10	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.14	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.143	3.719	879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.141	3.718	879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.777	5.547	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.78	5.554	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.11	4.118	925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.107	4.121	926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.349	5.967	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.346	5.97	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.884	45.297	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.88	44.631	2057

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.359	0.303	39	0.313	893	0.312	933	0.906	0.908	99.8928	0.314
2.359-2.424	0.356	43	0.303	870	0.305	914	0.894	0.917	99.8906	0.304
2.424-2.494	0.31	40	0.29	848	0.291	890	0.909	0.921	99.7753	0.289
2.494-2.57	0.297	47	0.271	810	0.273	857	0.912	0.939	100	0.264
2.57-2.655	0.303	44	0.235	801	0.238	846	0.947	0.957	99.8818	0.23
2.655-2.748	0.305	44	0.221	762	0.225	806	0.943	0.966	100	0.212
2.748-2.851	0.296	37	0.205	757	0.209	794	0.943	0.972	100	0.19
2.851-2.967	0.267	39	0.167	707	0.171	746	0.958	0.983	100	0.151
2.967-3.099	0.157	30	0.164	714	0.164	744	0.988	0.985	100	0.146
3.099-3.25	0.225	31	0.162	664	0.165	695	0.975	0.983	100	0.143
3.25-3.425	0.258	37	0.166	628	0.17	665	0.961	0.983	100	0.15
3.425-3.632	0.171	25	0.165	609	0.165	634	0.976	0.984	100	0.152
3.632-3.881	0.255	32	0.158	572	0.163	604	0.958	0.986	100	0.143
3.881-4.191	0.172	28	0.15	534	0.151	564	0.981	0.986	99.6454	0.138
4.191-4.589	0.183	17	0.132	501	0.134	518	0.976	0.989	100	0.122
4.589-5.127	0.166	21	0.116	451	0.119	472	0.984	0.992	100	0.109
5.127-5.912	0.204	18	0.126	412	0.129	430	0.978	0.991	100	0.117
5.912-7.223	0.183	16	0.158	348	0.159	364	0.98	0.985	100	0.148
7.223-10.141	0.189	12	0.146	289	0.147	301	0.978	0.986	100	0.144
10.141-59.468	0.235	13	0.274	174	0.27	188	0.972	0.946	99.4681	0.276

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.1348 Å / Origin y: -18.8329 Å / Origin z: -17.664 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0184 Å²	0.031 Å²	0.0062 Å²	-	0.065 Å²	0.0162 Å²	-	-	0.0103 Å²
L	1.2356 °²	0.0584 °²	0.0195 °²	-	0.9645 °²	0.3169 °²	-	-	0.844 °²
S	0.1118 Å °	0.1989 Å °	0.0136 Å °	-0.0757 Å °	-0.0964 Å °	-0.0449 Å °	0.0044 Å °	-0.0009 Å °	-0.0154 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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