PDB-8bas: E. coli C7 DarT1 in complex with carba-NAD and DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bas

タイトル

E. coli C7 DarT1 in complex with carba-NAD and DNA

要素

DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*C)-3')
E. coli C7 DarT1

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DNA

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for the reversible ADP-ribosylation of guanosine bases.
著者: Schuller, M. / Raggiaschi, R. / Mikolcevic, P. / Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Zhang, Y. / Ledermann, R. / Tang, C. / Mikoc, A. / Ahel, I.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_validate_planes Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_planes Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bas.cif.gz	146.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bas.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bas.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bas	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8baqC 8barC 8batC 8bauC 7omzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: E. coli C7 DarT1

C: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

26.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.903, 61.903, 215.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	E. coli C7 DarT1 分子量: 24180.104 Da / 分子数: 1 / 変異: E152A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: C3F40_23400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(APAPGPAPC)-3') 分子量: 1513.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli* (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CNA / CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / カルバNAD⁺ 分子量: 662.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₀N₇O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.39 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 4.0 M Sodium formate, 0.1 M Tris pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976292 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976292 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→61.9 Å / Num. obs: 33191 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 2.472 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2151 / CC_1/2: 0.501 / R_pim(I) all: 0.818 / R_rim(I) all: 2.606 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OMZ

7omz

解像度: 1.92→59.568 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 6.721 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	1660	5.013 %
R_work	0.1704	31452	-
all	0.172	-	-
obs	-	33112	99.943 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.617 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.617 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.234 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→59.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1704	101	76	242	2123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.035	1.675	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.601	1.557	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.765	5	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.587	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.359	10	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.434	10	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	897
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.134	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.297	2.984	837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.297	2.983	836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.326	4.447	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.324	4.448	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.726	3.436	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.727	3.438	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.565	4.994	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.563	4.997	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.618	41.83	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.618	41.856	2295

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.92-1.97	0.339	112	0.325	2264	0.326	2380	0.889	0.891	99.8319	0.328
1.97-2.024	0.328	119	0.305	2216	0.306	2337	0.906	0.919	99.9144	0.306
2.024-2.082	0.271	132	0.27	2148	0.27	2281	0.95	0.944	99.9562	0.266
2.082-2.146	0.222	95	0.24	2113	0.239	2208	0.963	0.958	100	0.232
2.146-2.217	0.256	107	0.218	2038	0.219	2147	0.945	0.966	99.9068	0.207
2.217-2.294	0.263	91	0.214	1996	0.216	2087	0.945	0.967	100	0.201
2.294-2.381	0.242	109	0.189	1900	0.192	2010	0.963	0.975	99.9502	0.175
2.381-2.478	0.211	110	0.182	1832	0.184	1942	0.972	0.978	100	0.166
2.478-2.588	0.219	103	0.17	1757	0.173	1861	0.968	0.982	99.9463	0.155
2.588-2.714	0.201	75	0.157	1709	0.159	1784	0.973	0.985	100	0.141
2.714-2.861	0.186	87	0.156	1602	0.158	1689	0.979	0.985	100	0.141
2.861-3.034	0.209	88	0.161	1544	0.164	1633	0.968	0.983	99.9388	0.148
3.034-3.242	0.233	75	0.176	1467	0.178	1543	0.966	0.982	99.9352	0.164
3.242-3.501	0.22	75	0.169	1351	0.172	1426	0.98	0.985	100	0.16
3.501-3.834	0.179	54	0.145	1280	0.146	1334	0.984	0.989	100	0.136
3.834-4.285	0.173	60	0.115	1146	0.117	1206	0.984	0.992	100	0.106
4.285-4.943	0.156	55	0.102	1040	0.105	1095	0.987	0.994	100	0.09
4.943-6.044	0.183	44	0.148	893	0.149	937	0.977	0.988	100	0.14
6.044-8.504	0.217	38	0.173	713	0.175	752	0.976	0.984	99.867	0.158
8.504-59.568	0.169	31	0.189	443	0.188	479	0.982	0.981	98.9562	0.174

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.298	0.0233	-0.4243	0.5147	-0.0301	0.6384	-0.0393	-0.0175	0.0002	0.0652	0.059	-0.0114	-0.0089	0.0444	-0.0196	0.13	0.0028	0.0268	0.0531	-0.0036	0.0071	-9.2306	8.696	-34.2386
2	0.7584	0.0475	-0.9344	0.6969	1.3282	3.9231	0.1583	0.1781	0.2141	-0.0254	0.0994	0.0219	-0.2877	-0.0199	-0.2577	0.1446	0.0002	0.0522	0.0688	0.0481	0.0622	-6.3649	21.3767	-43.4828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	0 - 307
2	X-RAY DIFFRACTION	2		C	1 - 5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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