[日本語] English
万見
- PDB-8b8g: Cryo-EM structure of Ca2+-free mTMEM16F F518H mutant in Digitonin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b8g
タイトルCryo-EM structure of Ca2+-free mTMEM16F F518H mutant in Digitonin
要素Anoctamin-6
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lipid Transport / Lipid Scrambling / Ion Channel / Plasma Membrane / Blood Clotting / Exocytosis / Membrane Fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / phospholipid scramblase activity / bone mineralization involved in bone maturation / intracellularly calcium-gated chloride channel activity ...calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / phospholipid scramblase activity / bone mineralization involved in bone maturation / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / cholinergic synapse / plasma membrane phospholipid scrambling / negative regulation of cell volume / voltage-gated monoatomic ion channel activity / bleb assembly / positive regulation of phagocytosis, engulfment / Stimuli-sensing channels / calcium-activated cation channel activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / chloride transport / dendritic cell chemotaxis / phospholipid translocation / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride channel complex / positive regulation of bone mineralization / Neutrophil degranulation / chloride transmembrane transport / establishment of localization in cell / synaptic membrane / calcium ion transmembrane transport / blood coagulation / positive regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anoctamin, dimerisation domain / Anoctamin, dimerisation domain / Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Arndt, M. / Alvadia, C. / Straub, M.S. / Clerico-Mosina, V. / Paulino, C. / Dutzler, R.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)339116European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the activation of the lipid scramblase TMEM16F.
著者: Melanie Arndt / Carolina Alvadia / Monique S Straub / Vanessa Clerico Mosina / Cristina Paulino / Raimund Dutzler /
要旨: TMEM16F, a member of the conserved TMEM16 family, plays a central role in the initiation of blood coagulation and the fusion of trophoblasts. The protein mediates passive ion and lipid transport in ...TMEM16F, a member of the conserved TMEM16 family, plays a central role in the initiation of blood coagulation and the fusion of trophoblasts. The protein mediates passive ion and lipid transport in response to an increase in intracellular Ca. However, the mechanism of how the protein facilitates both processes has remained elusive. Here we investigate the basis for TMEM16F activation. In a screen of residues lining the proposed site of conduction, we identify mutants with strongly activating phenotype. Structures of these mutants determined herein by cryo-electron microscopy show major rearrangements leading to the exposure of hydrophilic patches to the membrane, whose distortion facilitates lipid diffusion. The concomitant opening of a pore promotes ion conduction in the same protein conformation. Our work has revealed a mechanism that is distinct for this branch of the family and that will aid the development of a specific pharmacology for a promising drug target.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anoctamin-6
B: Anoctamin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,9092
ポリマ－226,9092
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1800 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area70110 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Anoctamin-6 / Small-conductance calcium-activated nonselective cation channel / SCAN channel / Transmembrane protein 16F


分子量: 113454.602 Da / 分子数: 2 / 変異: F518H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ano6, Tmem16f / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P9J9
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: mTMEM16F F518H / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM HEPES 150mM NaCl 2mM EGTA
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 69.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181753 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 112.9 / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6QP6

6qp6


Accession code: 6QP6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00412422
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52716852
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.7624510
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041836
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052098

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る