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- PDB-8b6l: Subtomogram average of the human Sec61-TRAP-OSTA-translocon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b6l
タイトルSubtomogram average of the human Sec61-TRAP-OSTA-translocon
要素
  • (Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ...) x 5
  • (Protein transport protein Sec61 subunit ...) x 3
  • (Translocon-associated protein subunit ...) x 4
  • Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit
  • Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC
  • Signal peptide mix
  • Transmembrane protein 258
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane protein complex / protein translocation / N-glycosylation / signal peptide insertion
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharyltransferase complex binding / : / : / Asparagine N-linked glycosylation / membrane-bounded organelle / oligosaccharyltransferase complex / endoplasmic reticulum Sec complex / co-translational protein modification / pronephric nephron development / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase ...oligosaccharyltransferase complex binding / : / : / Asparagine N-linked glycosylation / membrane-bounded organelle / oligosaccharyltransferase complex / endoplasmic reticulum Sec complex / co-translational protein modification / pronephric nephron development / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / endoplasmic reticulum quality control compartment / protein N-linked glycosylation via asparagine / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / XBP1(S) activates chaperone genes / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / protein N-linked glycosylation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / endoplasmic reticulum organization / retrograde protein transport, ER to cytosol / epidermal growth factor binding / epithelial cell apoptotic process / azurophil granule membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein glycosylation / blastocyst development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / protein transmembrane transporter activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / endomembrane system / rough endoplasmic reticulum / ERAD pathway / enzyme activator activity / response to endoplasmic reticulum stress / post-translational protein modification / response to cytokine / T cell activation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein modification process / regulation of protein stability / calcium channel activity / melanosome / ribosome binding / ER-Phagosome pathway / Maturation of spike protein / nuclear body / inflammatory response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / : / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / DAD/Ost2 ...Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / : / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / AglB core domain / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Translocon-associated protein subunit alpha / Translocon-associated protein subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A / Translocon-associated protein subunit delta / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta ...Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Translocon-associated protein subunit alpha / Translocon-associated protein subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A / Translocon-associated protein subunit delta / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta / Transmembrane protein 258 / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 / Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / Translocon-associated protein subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Gemmer, M. / Fedry, J.M.M. / Forster, F.G.
資金援助European Union, オランダ, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)724425European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)724.016.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)212.152 オランダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Visualization of translation and protein biogenesis at the ER membrane.
著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C ...著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C Howes / Abhay Kotecha / Juliette Fedry / Friedrich Förster /
要旨: The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane ...The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane insertion, N-glycosylation, folding and disulfide-bond formation of nascent proteins. Although individual components of this machinery have been studied at high resolution in isolation, insights into their interplay in the native membrane remain limited. Here we use cryo-electron tomography, extensive classification and molecular modelling to capture snapshots of mRNA translation and protein maturation at the ER membrane at molecular resolution. We identify a highly abundant classical pre-translocation intermediate with eukaryotic elongation factor 1a (eEF1a) in an extended conformation, suggesting that eEF1a may remain associated with the ribosome after GTP hydrolysis during proofreading. At the ER membrane, distinct polysomes bind to different ER translocons specialized in the synthesis of proteins with signal peptides or multipass transmembrane proteins with the translocon-associated protein complex (TRAP) present in both. The near-complete atomic model of the most abundant ER translocon variant comprising the protein-conducting channel SEC61, TRAP and the oligosaccharyltransferase complex A (OSTA) reveals specific interactions of TRAP with other translocon components. We observe stoichiometric and sub-stoichiometric cofactors associated with OSTA, which are likely to include protein isomerases. In sum, we visualize ER-bound polysomes with their coordinated downstream machinery.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
B: Protein transport protein Sec61 subunit beta
C: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
D: Signal peptide mix
E: Translocon-associated protein subunit alpha
F: Translocon-associated protein subunit beta
G: Translocon-associated protein subunit gamma
H: Translocon-associated protein subunit delta
I: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A
J: Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC
K: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4
L: Transmembrane protein 258
M: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1
N: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit
O: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
P: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)476,56816
ポリマ－476,56816
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area43340 Å2
ΔGint-388 kcal/mol
Surface area188330 Å2

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要素

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Protein transport protein Sec61 subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Sec61 alpha-1


分子量: 52304.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61619
#2: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit beta


分子量: 9987.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P60468
#3: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit gamma


分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P60059

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Signal peptide mix


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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Translocon-associated protein subunit ... , 4種, 4分子 EFGH

#5: タンパク質 Translocon-associated protein subunit alpha / TRAP-alpha / Signal sequence receptor subunit alpha / SSR-alpha


分子量: 32263.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43307
#6: タンパク質 Translocon-associated protein subunit beta / TRAP-beta / Signal sequence receptor subunit beta / SSR-beta


分子量: 20154.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43308
#7: タンパク質 Translocon-associated protein subunit gamma / TRAP-gamma / Signal sequence receptor subunit gamma / SSR-gamma


分子量: 21106.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNL2
#8: タンパク質 Translocon-associated protein subunit delta / TRAP-delta / Signal sequence receptor subunit delta / SSR-delta


分子量: 19015.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51571

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Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 5種, 5分子 IKMOP

#9: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A / STT3-A / B5 / Integral membrane protein 1 / Transmembrane protein TMC


分子量: 80607.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P46977, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#11: タンパク質・ペプチド Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4


分子量: 4196.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C6T2
#13: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 / Oligosaccharyl transferase subunit DAD1 / Defender against cell death 1 / DAD-1


分子量: 12503.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61803
#15: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 67 kDa subunit / Ribophorin I / RPN- ...Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 67 kDa subunit / Ribophorin I / RPN-I / Ribophorin-1


分子量: 68656.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04843
#16: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 63 kDa subunit / RIBIIR / Ribophorin ...Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 63 kDa subunit / RIBIIR / Ribophorin II / RPN-II / Ribophorin-2


分子量: 69347.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04844

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タンパク質 , 3種, 3分子 JLN

#10: タンパク質 Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / Hydrophobic protein HSF-28


分子量: 16844.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRP0
#12: タンパク質 Transmembrane protein 258 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit TMEM258 / Oligosaccharyl ...Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit TMEM258 / Oligosaccharyl transferase subunit TMEM258


分子量: 9083.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61165
#14: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / DDOST 48 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase 48 kDa subunit


分子量: 50854.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39656

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Sec61-TRAP-OSTA translocon complex / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Translocon complex embedded in its native membrane and bound to cytosolic ribosomes
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: ER-derived vesicles decorated with cytosolic ribosomes.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: Manual plunger

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 79000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 0.7 sec. / 電子線照射量: 2.3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 8
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 7-7

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1PyTom0.994volume selection
2SerialEM3.8画像取得
3DigitalMicrograph3.3.2画像取得
5WarpCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11ISOLDEモデル精密化
12Cootモデル精密化
14RELION3.1.1最終オイラー角割当
15RELION3.1.1分類
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 600 Å / B: 600 Å / C: 600 Å / 空間群名: C1 / 空間群番号: 1
CTF補正詳細: Estimation and correction in WARP/M / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42215 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
EM volume selection手法: Template matching / Num. of tomograms: 869 / Num. of volumes extracted: 134350
Reference model: Subtomogram average of ER membrane-associated ribosome
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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