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- EMDB-15870: Subtomogram average of the human Sec61-TRAP-OSTA-translocon -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15870
タイトルSubtomogram average of the human Sec61-TRAP-OSTA-translocon
マップデータsubtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Sec61-TRAP-OSTA translocon complex
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
キーワードmembrane protein complex / protein translocation / N-glycosylation / signal peptide insertion / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharyltransferase complex binding / oligosaccharyltransferase complex A / oligosaccharyltransferase complex B / Asparagine N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / oligosaccharyltransferase complex / endoplasmic reticulum quality control compartment ...oligosaccharyltransferase complex binding / oligosaccharyltransferase complex A / oligosaccharyltransferase complex B / Asparagine N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / oligosaccharyltransferase complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / protein N-linked glycosylation via asparagine / : / XBP1(S) activates chaperone genes / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein N-linked glycosylation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / endoplasmic reticulum organization / epithelial cell apoptotic process / azurophil granule membrane / epidermal growth factor binding / retrograde protein transport, ER to cytosol / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein glycosylation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein transmembrane transporter activity / blastocyst development / response to type II interferon / rough endoplasmic reticulum / ERAD pathway / response to cytokine / endomembrane system / post-translational protein modification / response to endoplasmic reticulum stress / T cell activation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / enzyme activator activity / protein modification process / regulation of protein stability / calcium channel activity / melanosome / ribosome binding / ER-Phagosome pathway / protein-macromolecule adaptor activity / Maturation of spike protein / in utero embryonic development / nuclear body / inflammatory response / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / RNA binding / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / : / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / : / : / : / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) ...Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / : / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / : / : / : / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / Ribophorin II third domain / Ribophorin II second domain / : / Ribophorin II N-terminal domain / Ribophorin_II, C-terminal domain / : / : / OST48 middle domain / DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / OST48, N-terminal domain / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / : / AglB core domain / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Translocon-associated protein subunit alpha / Translocon-associated protein subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A / Translocon-associated protein subunit delta / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta ...Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Translocon-associated protein subunit alpha / Translocon-associated protein subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A / Translocon-associated protein subunit delta / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit TMEM258 / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 / Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / Translocon-associated protein subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Gemmer M / Fedry JMM / Forster FG
資金援助European Union, オランダ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)724425European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)724.016.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)212.152 オランダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Visualization of translation and protein biogenesis at the ER membrane.
著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C ...著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C Howes / Abhay Kotecha / Juliette Fedry / Friedrich Förster /
要旨: The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane ...The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane insertion, N-glycosylation, folding and disulfide-bond formation of nascent proteins. Although individual components of this machinery have been studied at high resolution in isolation, insights into their interplay in the native membrane remain limited. Here we use cryo-electron tomography, extensive classification and molecular modelling to capture snapshots of mRNA translation and protein maturation at the ER membrane at molecular resolution. We identify a highly abundant classical pre-translocation intermediate with eukaryotic elongation factor 1a (eEF1a) in an extended conformation, suggesting that eEF1a may remain associated with the ribosome after GTP hydrolysis during proofreading. At the ER membrane, distinct polysomes bind to different ER translocons specialized in the synthesis of proteins with signal peptides or multipass transmembrane proteins with the translocon-associated protein complex (TRAP) present in both. The near-complete atomic model of the most abundant ER translocon variant comprising the protein-conducting channel SEC61, TRAP and the oligosaccharyltransferase complex A (OSTA) reveals specific interactions of TRAP with other translocon components. We observe stoichiometric and sub-stoichiometric cofactors associated with OSTA, which are likely to include protein isomerases. In sum, we visualize ER-bound polysomes with their coordinated downstream machinery.
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.72 Å/pix.
x 348 pix.
= 599.952 Å		1.72 Å/pix.
x 348 pix.
= 599.952 Å		1.72 Å/pix.
x 348 pix.
= 599.952 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.724 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.0659893 - 0.08555481
平均 (標準偏差)0.00024772485 (±0.0019177131)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 599.95197 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon

ファイルemd_15870_half_map_1.map
注釈subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon

ファイルemd_15870_half_map_2.map
注釈subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sec61-TRAP-OSTA translocon complex

全体名称: Sec61-TRAP-OSTA translocon complex
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Sec61-TRAP-OSTA translocon complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Signal peptide mix
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A
    • タンパク質・ペプチド: Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein 258
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2

+
超分子 #1: Sec61-TRAP-OSTA translocon complex

超分子名称: Sec61-TRAP-OSTA translocon complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Translocon complex embedded in its native membrane and bound to cytosolic ribosomes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.304406 KDa
配列文字列: MAIKFLEVIK PFCVILPEIQ KPERKIQFKE KVLWTAITLF IFLVCCQIPL FGIMSSDSAD PFYWMRVILA SNRGTLMELG ISPIVTSGL IMQLLAGAKI IEVGDTPKDR ALFNGAQKLF GMIITIGQSI VYVMTGMYGD PSEMGAGICL LITIQLFVAG L IVLLLDEL ...文字列:
MAIKFLEVIK PFCVILPEIQ KPERKIQFKE KVLWTAITLF IFLVCCQIPL FGIMSSDSAD PFYWMRVILA SNRGTLMELG ISPIVTSGL IMQLLAGAKI IEVGDTPKDR ALFNGAQKLF GMIITIGQSI VYVMTGMYGD PSEMGAGICL LITIQLFVAG L IVLLLDEL LQKGYGLGSG ISLFIATNIC ETIVWKAFSP TTVNTGRGME FEGAIIALFH LLATRTDKVR ALREAFYRQN LP NLMNLIA TIFVFAVVIY FQGFRVDLPI KSARYRGQYN TYPIKLFYTS NIPIILQSAL VSNLYVISQM LSARFSGNLL VSL LGTWSD TSSGGPARAY PVGGLCYYLS PPESFGSVLE DPVHAVVYIV FMLGSCAFFS KTWIEVSGSS AKDVAKQLKE QQMV MRGHR ETSMVHELNR YIPTAAAFGG LCIGALSVLA DFLGAIGSGT GILLAVTIIY QYFEIFVKEQ SEVGSMGALL F

UniProtKB: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1

+
分子 #2: Protein transport protein Sec61 subunit beta

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.987456 KDa
配列文字列:
MPGPTPSGTN VGSSGRSPSK AVAARAAGST VRQRKNASCG TRSAGRTTSA GTGGMWRFYT EDSPGLKVGP VPVLVMSLLF IASVFMLHI WGKYTRS

UniProtKB: Protein transport protein Sec61 subunit beta

+
分子 #3: Protein transport protein Sec61 subunit gamma

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.752325 KDa
配列文字列:
MDQVMQFVEP SRQFVKDSIR LVKRCTKPDR KEFQKIAMAT AIGFAIMGFI GFFVKLIHIP INNIIVGG

UniProtKB: Protein transport protein Sec61 subunit gamma

+
分子 #4: Signal peptide mix

分子名称: Signal peptide mix / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.890321 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #5: Translocon-associated protein subunit alpha

分子名称: Translocon-associated protein subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.263219 KDa
配列文字列: MRLLPRLLLL LLLVFPATVL FRGGPRGLLA VAQDLTEDEE TVEDSIIEDE DDEAEVEEDE PTDLVEDKEE EDVSGEPEAS PSADTTILF VKGEDFPANN IVKFLVGFTN KGTEDFIVES LDASFRYPQD YQFYIQNFTA LPLNTVVPPQ RQATFEYSFI P AEPMGGRP ...文字列:
MRLLPRLLLL LLLVFPATVL FRGGPRGLLA VAQDLTEDEE TVEDSIIEDE DDEAEVEEDE PTDLVEDKEE EDVSGEPEAS PSADTTILF VKGEDFPANN IVKFLVGFTN KGTEDFIVES LDASFRYPQD YQFYIQNFTA LPLNTVVPPQ RQATFEYSFI P AEPMGGRP FGLVINLNYK DLNGNVFQDA VFNQTVTVIE REDGLDGETI FMYMFLAGLG LLVIVGLHQL LESRKRKRPI QK VEMGTSS QNDVDMSWIP QETLNQINKA SPRRLPRKRA QKRSVGSDE

UniProtKB: Translocon-associated protein subunit alpha

+
分子 #6: Translocon-associated protein subunit beta

分子名称: Translocon-associated protein subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.154986 KDa
配列文字列:
MRLLSFVVLA LFAVTQAEEG ARLLASKSLL NRYAVEGRDL TLQYNIYNVG SSAALDVELS DDSFPPEDFG IVSGMLNVKW DRIAPASNV SHTVVLRPLK AGYFNFTSAT ITYLAQEDGP VVIGSTSAPG QGGILAQREF DRRFSPHFLD WAAFGVMTLP S IGIPLLLW YSSKRKYDTP KTKKN

UniProtKB: Translocon-associated protein subunit beta

+
分子 #7: Translocon-associated protein subunit gamma

分子名称: Translocon-associated protein subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.106465 KDa
配列文字列:
MAPKGSSKQQ SEEDLLLQDF SRNLSAKSSA LFFGNAFIVS AIPIWLYWRI WHMDLIQSAV LYSVMTLVST YLVAFAYKNV KFVLKHKVA QKREDAVSKE VTRKLSEADN RKMSRKEKDE RILWKKNEVA DYEATTFSIF YNNTLFLVVV IVASFFILKN F NPTVNYIL SISASSGLIA LLSTGSK

UniProtKB: Translocon-associated protein subunit gamma

+
分子 #8: Translocon-associated protein subunit delta

分子名称: Translocon-associated protein subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.015547 KDa
配列文字列:
MAAMASLGAL ALLLLSSLSR CSAEACLEPQ ITPSYYTTSD AVISTETVFI VEISLTCKNR VQNMALYADV GGKQFPVTRG QDVGRYQVS WSLDHKSAHA GTYEVRFFDE ESYSLLRKAQ RNNEDISIIP PLFTVSVDHR GTWNGPWVST EVLAAAIGLV I YYLAFSAK SHIQA

UniProtKB: Translocon-associated protein subunit delta

+
分子 #9: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.60732 KDa
配列文字列: MTKFGFLRLS YEKQDTLLKL LILSMAAVLS FSTRLFAVLR FESVIHEFDP YFNYRTTRFL AEEGFYKFHN WFDDRAWYPL GRIIGGTIY PGLMITSAAI YHVLHFFHIT IDIRNVCVFL APLFSSFTTI VTYHLTKELK DAGAGLLAAA MIAVVPGYIS R SVAGSYDN ...文字列:
MTKFGFLRLS YEKQDTLLKL LILSMAAVLS FSTRLFAVLR FESVIHEFDP YFNYRTTRFL AEEGFYKFHN WFDDRAWYPL GRIIGGTIY PGLMITSAAI YHVLHFFHIT IDIRNVCVFL APLFSSFTTI VTYHLTKELK DAGAGLLAAA MIAVVPGYIS R SVAGSYDN EGIAIFCMLL TYYMWIKAVK TGSICWAAKC ALAYFYMVSS WGGYVFLINL IPLHVLVLML TGRFSHRIYV AY CTVYCLG TILSMQISFV GFQPVLSSEH MAAFGVFGLC QIHAFVDYLR SKLNPQQFEV LFRSVISLVG FVLLTVGALL MLT GKISPW TGRFYSLLDP SYAKNNIPII ASVSEHQPTT WSSYYFDLQL LVFMFPVGLY YCFSNLSDAR IFIIMYGVTS MYFS AVMVR LMLVLAPVMC ILSGIGVSQV LSTYMKNLDI SRPDKKSKKQ QDSTYPIKNE VASGMILVMA FFLITYTFHS TWVTS EAYS SPSIVLSARG GDGSRIIFDD FREAYYWLRH NTPEDAKVMS WWDYGYQITA MANRTILVDN NTWNNTHISR VGQAMA STE EKAYEIMREL DVSYVLVIFG GLTGYSSDDI NKFLWMVRIG GSTDTGKHIK ENDYYTPTGE FRVDREGSPV LLNCLMY KM CYYRFGQVYT EAKRPPGFDR VRNAEIGNKD FELDVLEEAY TTEHWLVRIY KVKDLDNRGL SRT

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A

+
分子 #10: Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC

分子名称: Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.844215 KDa
配列文字列:
METLYRVPFL VLECPNLKLK KPPWLHMPSA MTVYALVVVS YFLITGGIIY DVIVEPPSVG SMTDEHGHQR PVAFLAYRVN GQYIMEGLA SSFLFTMGGL GFIILDRSNA PNIPKLNRFL LLFIGFVCVL LSFFMARVFM RMKLPGYLMG

UniProtKB: Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC

+
分子 #11: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.196004 KDa
配列文字列:
MITDVQLAIF ANMLGVSLFL LVVLYHYVAV NNPKKQE

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4

+
分子 #12: Transmembrane protein 258

分子名称: Transmembrane protein 258 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.083804 KDa
配列文字列:
MELEAMSRYT SPVNPAVFPH LTVVLLAIGM FFTAWFFVYE VTSTKYTRDI YKELLISLVA SLFMGFGVLF LLLWVGIYV

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit TMEM258

+
分子 #13: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.503631 KDa
配列文字列:
MSASVVSVIS RFLEEYLSST PQRLKLLDAY LLYILLTGAL QFGYCLLVGT FPFNSFLSGF ISCVGSFILA VCLRIQINPQ NKADFQGIS PERAFADFLF ASTILHLVVM NFVG

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1

+
分子 #14: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.854578 KDa
配列文字列: MGYFRCARAG SFGRRRKMEP STAARAWALF WLLLPLLGAV CASGPRTLVL LDNLNVRETH SLFFRSLKDR GFELTFKTAD DPSLSLIKY GEFLYDNLII FSPSVEDFGG NINVETISAF IDGGGSVLVA ASSDIGDPLR ELGSECGIEF DEEKTAVIDH H NYDISDLG ...文字列:
MGYFRCARAG SFGRRRKMEP STAARAWALF WLLLPLLGAV CASGPRTLVL LDNLNVRETH SLFFRSLKDR GFELTFKTAD DPSLSLIKY GEFLYDNLII FSPSVEDFGG NINVETISAF IDGGGSVLVA ASSDIGDPLR ELGSECGIEF DEEKTAVIDH H NYDISDLG QHTLIVADTE NLLKAPTIVG KSSLNPILFR GVGMVADPDN PLVLDILTGS STSYSFFPDK PITQYPHAVG KN TLLIAGL QARNNARVIF SGSLDFFSDS FFNSAVQKAA PGSQRYSQTG NYELAVALSR WVFKEEGVLR VGPVSHHRVG ETA PPNAYT VTDLVEYSIV IQQLSNGKWV PFDGDDIQLE FVRIDPFVRT FLKKKGGKYS VQFKLPDVYG VFQFKVDYNR LGYT HLYSS TQVSVRPLQH TQYERFIPSA YPYYASAFSM MLGLFIFSIV FLHMKEKEKS D

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit

+
分子 #15: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.656156 KDa
配列文字列: MEAPAAGLFL LLLLGTWAPA PGSASSEAPP LINEDVKRTV DLSSHLAKVT AEVVLAHLGG GSTSRATSFL LALEPELEAR LAHLGVQVK GEDEEENNLE VRETKIKGKS GRFFTVKLPV ALDPGAKISV IVETVYTHVL HPYPTQITQS EKQFVVFEGN H YFYSPYPT ...文字列:
MEAPAAGLFL LLLLGTWAPA PGSASSEAPP LINEDVKRTV DLSSHLAKVT AEVVLAHLGG GSTSRATSFL LALEPELEAR LAHLGVQVK GEDEEENNLE VRETKIKGKS GRFFTVKLPV ALDPGAKISV IVETVYTHVL HPYPTQITQS EKQFVVFEGN H YFYSPYPT KTQTMRVKLA SRNVESYTKL GNPTRSEDLL DYGPFRDVPA YSQDTFKVHY ENNSPFLTIT SMTRVIEVSH WG NIAVEEN VDLKHTGAVL KGPFSRYDYQ RQPDSGISSI RSFKTILPAA AQDVYYRDEI GNVSTSHLLI LDDSVEMEIR PRF PLFGGW KTHYIVGYNL PSYEYLYNLG DQYALKMRFV DHVFDEQVID SLTVKIILPE GAKNIEIDSP YEISRAPDEL HYTY LDTFG RPVIVAYKKN LVEQHIQDIV VHYTFNKVLM LQEPLLVVAA FYILFFTVII YVRLDFSITK DPAAEARMKV ACITE QVLT LVNKRIGLYR HFDETVNRYK QSRDISTLNS GKKSLETEHK ALTSEIALLQ SRLKTEGSDL CDRVSEMQKL DAQVKE LVL KSAVEAERLV AGKLKKDTYI ENEKLISGKR QELVTKIDHI LDAL

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1

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分子 #16: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.347508 KDa
配列文字列: MAPPGSSTVF LLALTIIAST WALTPTHYLT KHDVERLKAS LDRPFTNLES AFYSIVGLSS LGAQVPDAKK ACTYIRSNLD PSNVDSLFY AAQASQALSG CEISISNETK DLLLAAVSED SSVTQIYHAV AALSGFGLPL ASQEALSALT ARLSKEETVL A TVQALQTA ...文字列:
MAPPGSSTVF LLALTIIAST WALTPTHYLT KHDVERLKAS LDRPFTNLES AFYSIVGLSS LGAQVPDAKK ACTYIRSNLD PSNVDSLFY AAQASQALSG CEISISNETK DLLLAAVSED SSVTQIYHAV AALSGFGLPL ASQEALSALT ARLSKEETVL A TVQALQTA SHLSQQADLR SIVEEIEDLV ARLDELGGVY LQFEEGLETT ALFVAATYKL MDHVGTEPSI KEDQVIQLMN AI FSKKNFE SLSEAFSVAS AAAVLSHNRY HVPVVVVPEG SASDTHEQAI LRLQVTNVLS QPLTQATVKL EHAKSVASRA TVL QKTSFT PVGDVFELNF MNVKFSSGYY DFLVEVEGDN RYIANTVELR VKISTEVGIT NVDLSTVDKD QSIAPKTTRV TYPA KAKGT FIADSHQNFA LFFQLVDVNT GAELTPHQTF VRLHNQKTGQ EVVFVAEPDN KNVYKFELDT SERKIEFDSA SGTYT LYLI IGDATLKNPI LWNVADVVIK FPEEEAPSTV LSQNLFTPKQ EIQHLFREPE KRPPTVVSNT FTALILSPLL LLFALW IRI GANVSNFTFA PSTIIFHLGH AAMLGLMYVY WTQLNMFQTL KYLAILGSVT FLAGNRMLAQ QAVKRTAH

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: Manual plunger.
詳細ER-derived vesicles decorated with cytosolic ribosomes.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 7-7 / 撮影したグリッド数: 8 / 平均露光時間: 0.7 sec. / 平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 79000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 42215
抽出トモグラム数: 869 / 使用した粒子像数: 134350
参照モデル: Subtomogram average of ER membrane-associated ribosome
手法: Template matching / ソフトウェア - 名称: PyTom (ver. 0.994)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8b6l:
Subtomogram average of the human Sec61-TRAP-OSTA-translocon

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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