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- PDB-8b1y: STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC ELASTASE BOUND TO A FRAGMENT OF A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b1y | ||||||
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Title | STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC ELASTASE BOUND TO A FRAGMENT OF A 5-AZAINDAZOLE INHIBITOR | ||||||
![]() | Chymotrypsin-like elastase family member 1 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferraroni, M. / Giovannoni, P. / Gerace, A. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: X-ray structural study of human neutrophil elastase inhibition with a series of azaindoles, azaindazoles and isoxazolones Authors: Gerace, A. / Masini, V. / Crocetti, L. / Giovannoni, M.P. / Ferraroni, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 125.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 93.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8b04C ![]() 8b49C ![]() 8b53C ![]() 3hgpS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 28845.398 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 357 molecules ![](data/chem/img/OTO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-OTO / |
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#3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() |
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() |
#5: Chemical | ChemComp-CA / |
#6: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.99 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.1 / Details: SODIUM SULFATE, SODIUM ACETATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 8, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.12→30 Å / Num. obs: 83858 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 10.816 % / Biso Wilson estimate: 14.089 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 17.84 / Num. measured all: 907029 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3HGP Resolution: 1.12→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.792 / SU ML: 0.017 / SU R Cruickshank DPI: 0.028 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.44 Å2 / Biso mean: 12.634 Å2 / Biso min: 4.95 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.12→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.12→1.147 Å / Rfactor Rfree error: 0
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